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Doctorat (PhD) en biologie moléculaire, génétique et génomique fonctionnelle

ABG-100080 Thesis topic
2021-09-15 Other public funding
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Université Laval, Institut de Cardiologie et de Pneumologie de Quebec
Québec - Canada
Doctorat (PhD) en biologie moléculaire, génétique et génomique fonctionnelle
  • Biology
  • Health, human and veterinary medicine
ARN non codants, expression/régulation génique, chromatine, enhancers, facteurs de transcriptions, maladies cardiovasculaires, randomisation mendélienne, GWAS.

Topic description

Les intérêts de recherche du laboratoire du Dr Patrick Mathieu s’articulent autour de la compréhension des mécanismes génétiques et moléculaires impliqués dans le développement et la progression des maladies cardiovasculaires notamment la sténose aortique et la maladie coronarienne. Longtemps perçue comme une succession d’évènements passifs liés au vieillissement, ces pathologies découlent d’un processus cellulaire actif incluant un dépôt de lipides, une réponse inflammatoire chronique, et une altération de la fonction endothéliale. Selon les signaux environnementaux qu’elles perçoivent, les cellules doivent continuellement moduler leurs programmes transcriptionnels pour maintenir leurs intégrités. Bien souvent en situation pathologique, l’altération de mécanismes moléculaires et/ou épigénétiques va conduire à l’expression aberrante du programme transcriptionnel normal. Dans ce contexte, plusieurs stratégies expérimentales et analytiques font l’objet d’une attention particulière au sein du laboratoire.  

 

  • Thématique #1 : Identification d’acteurs moléculaires impliqués dans la physiopathologie des maladies cardiovasculaires. En travaillant sur les long ARN non codants, et des régions enhancers, nous cherchons à déterminer comment ces régulateurs participent à l’établissement d’un phénotype pathologique, et les conséquences de la dérégulation de leurs gènes cibles sur la fonction biologique. Pour répondre à ces objectifs, nous utilisons des modèles de culture cellulaire combinés à des approches de génomiques (CRISPR/Cas9, RNA-sequencing, ChIP-sequencing, HIChIP, single-cell RNA-sequencing) ainsi que l’analyses des données qui en découlent. **Projet expérimentale ayant une composante analytique. Une expertise en analyse serait un atout.

 

  • Thématique #2 : Approche intégrée de la génétique des maladies cardiovasculaires. A l’aide d’études d’association pangénomique (GWAS) et de données multidimensionnelles (RNA-seq, ChIP-seq, HiChIP) nous identifions les réseaux d’expression de gènes impliqués dans le développement des maladies chroniques. Nous utilisons les techniques de randomisation Mendélienne et d’inférence causale par réseaux d’interactions afin de prioriser les gènes et les voies impliquées en condition pathologique. Une approche intégrée de génétique des systèmes avec le génome pharmacologique permet de découvrir de nouvelles voies de régulation et de mieux définir les molécules à visée thérapeutique. **Projet analytique exclusivement.

Funding category

Other public funding

Funding further details

Bourse d'étude

Presentation of host institution and host laboratory

Université Laval, Institut de Cardiologie et de Pneumologie de Quebec

Le laboratoire du Dr Patrick Mathieu est à la recherche d’étudiants dynamiques et motivés pour se joindre à l’équipe afin de réaliser un doctorat. Le laboratoire est affilié à l’Université Laval et est situé à l’Institut de Cardiologie et de Pneumologie de Québec.

 

PhD title

Doctorat (PhD) en biologie moléculaire, génétique et génomique fonctionnelle

Country where you obtained your PhD

Canada

Institution awarding doctoral degree

Université Laval

Graduate school

Candidate's profile

Qualifications: Avoir obtenu un diplôme dans l’un des domaines suivants ou équivalent : Sciences biomédicales, Biologie, Biochimie, Microbiologie, Bio-informatique.

 

Le ou la candidate recherché(e) devra posséder :

  • De fortes connaissances théoriques en biologie cellulaire et moléculaire;
  • Pour la thématique #1, de solides compétences en travail de laboratoire (q-PCR, western blot, culture cellulaire, Co-IP, ChIP…)
  • Un esprit analytique et qui aime résoudre des problèmes complexes;
  • De très bonnes aptitudes en rédaction et présentation : anglais et français.
  • Des compétences ou intérêt pour la bio-informatique et l’analyse des données génomique (e.g. ChIP-sequencing, ATAC-sequencing, GWAS, RNA-sequencing, génome 3D)
  • Pour la thématique #2, de fortes compétences en programmation et analyse de données génomiques

 

Qualités recherchées :

  • Personne hautement dynamique, rigoureuse, responsable et engagée;
  • Bonne autonomie et polyvalente;
  • Bonnes aptitudes à travailler en équipe.
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