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CIFRE - Evaluation des diversités phénotypique et génotypique de Ralstonia solanacearum en France métropolitaine et des risques d’émergence d’autres espèces du complexe Ralstonia

ABG-100550 Thesis topic
2021-10-13 Cifre
ANSES-Laboratoire de la santé des végétaux-UBVO
Angers + déplacements sur Le Rheu (35) - Pays de la Loire - France
CIFRE - Evaluation des diversités phénotypique et génotypique de Ralstonia solanacearum en France métropolitaine et des risques d’émergence d’autres espèces du complexe Ralstonia
  • Agronomy, agri food
  • Biology

Topic description

Contexte socioéconomique et scientifique :

Le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum est responsable du flétrissement bactérien chez plus de 250 espèces végétales dont la pomme de terre chez qui il provoque la pourriture brune et est responsable de pertes économiques annuelles estimées à l’échelle mondiale à 1 milliard de dollars pour le secteur industriel. Il regroupe depuis 2014 trois espèces distinctes : R. solanacearum (Phylotype II), R. pseudosolanacearum (Phylotypes I et III) et R. syzygii (Phylotype IV). Ce complexe d’espèces est considéré comme l’un des plus préjudiciable à l’échelle mondiale et à ce titre, le nouveau règlement Santé des végétaux (UE) 2016/2031 considère ces trois espèces comme des organismes de quarantaine de l’Union (annexes du règlement 2019/2072UE). Jusqu’à récemment, en Europe, seul le phylotype II était présent. En 2015, la détection d’une souche de R. pseudosolanacearum phylotype I sur plants de rosier importés d’Afrique dans une pépinière aux Pays Bas a interpellé la communauté quant au risque d’émergence en Europe de phylotypes exotiques autres que le phylotype II B déjà présent en zone tempérée. De plus, le contexte actuel de changement climatique global, ainsi que l’intensification des échanges de matériel végétal à l’échelle mondiale, pourraient favoriser l’introduction et l’adaptation en Europe de souches provenant de zones plus chaudes.

 

Questions posées :

Les questions de recherche posées dans le cadre de ce travail de recherche sont :

  • Existe-t-il une diversité phénotypique et une diversité génotypique des souches de Ralstonia solanacearum isolées de foyers ayant fait l’objet de mesures de lutte obligatoire en France métropolitaine ?
  • Existe-t-il un risque d’émergence et d’établissement en Europe des souches du complexe Ralstonia solanacearum appartenant aux autres phylotypes que le II-B ?

Grandes étapes de la thèse :

  • Axe 1 : Caractérisation des diversités génotypique et phénotypique des souches de Ralstonia solanacearum isolées de foyers en France métropolitaine. Différents outils d’analyse seront utilisés, optimisés, ou développés si besoin (MLSA/MLST, MLVA, …). Les voies d’introduction et/ou de dissémination de Ralstonia solanacearum en France pourront être formulées en effectuant des comparaisons de données génomiques et phénotypiques d’une core collection constituée des souches isolées de foyers avec des souches d’autres origines et en utilisant des concepts de génétique des populations.
  • Axe 2 : Caractérisation de la gamme d’hôtes et du pouvoir pathogène de souches du complexe Ralstonia solanacearum isolées en France et représentatives des différents phylotypes. Des études de virulence et de d’agressivité des souches du complexe d’espèces de Ralstonia solanacearum sur une gamme d’hôtes (cultures et adventices) majoritaires en France métropolitaine permettront d’évaluer si le changement climatique peut avoir un impact sur l’établissement de nouveaux phylotypes en France.
  • Axe 3 : Développement et évaluation d’outils de détection et d’identification des bactéries pathogènes sur pomme de terre. Des outils de détection et d’identification de la bactérie cible, ainsi que d’autres agents bactériens pathogènes sur pomme de terre seront développés et évalués afin de mettre à disposition des professionnels des méthodes performantes permettant une détection fiable de ces bio-agresseurs et de limiter leur introduction et installation sur le territoire. Le développement de ces méthodes se fera aussi en cohérence avec les exigences réglementaires et les évolutions attendues des méthodes officielles.

Funding category

Cifre

Funding further details

Presentation of host institution and host laboratory

ANSES-Laboratoire de la santé des végétaux-UBVO

L’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) est un établissement public administratif placé sous la tutelle des ministères chargés de l’Agriculture, de la Consommation, de l’Environnement, de la Santé et du Travail. Elle intervient dans les domaines du travail, de l'environnement, de l'alimentation, de la santé et du bien-être des animaux, de la santé des végétaux avec un objectif prioritaire : contribuer à assurer la sécurité des travailleurs et des consommateurs.

Pour élaborer des recommandations de santé publique, l'Anses met en œuvre une expertise scientifique indépendante, pluridisciplinaire, collective et contradictoire. Elle s’appuie sur un réseau de 9 laboratoires de référence et de recherche sur 18 sites. Ils ont des missions d'expertise, de surveillance épidémiologique, d'alerte et de conseil scientifique et technique. Ils assurent, ainsi, un rôle essentiel dans la qualification des dangers par la collecte des données issues des réseaux de laboratoires agréés.

 

Le Laboratoire de la santé des végétaux (LSV) intervient sur les risques biologiques pour la santé des végétaux, la détection d’OGM, la détermination d’auxiliaires et de vecteurs, et dans la mise en quarantaine de végétaux importés sous dérogation sur 6 sites.

Il est laboratoire national de référence (LNR) sur tous les organismes nuisibles aux végétaux et 3 de ses unités sont laboratoire de référence pour l’Union européenne (LRUE), pour les champignons et oomycètes, les insectes et acariens et les nématodes. Il participe à de nombreux projets collaboratifs de recherche et de développement de méthodes aux niveaux européen et international.

 

L’unité "Bactériologie, virologie, OGM" (BVO) est implantée sur Angers, au sein d'un campus dédié au végétal, qui réunit des activités de recherche, de développement et d'enseignement supérieur. Intégrée à la structure fédérative de recherche Qualité et santé du végétal (SFR QUASAV), elle est organisée en trois équipes (bactériologie, virologie, OGM) travaillant chacune dans son domaine de compétence.

Candidate's profile

Le candidat devra être diplômé d’un Master 2 de microbiologie/génomique, ou diplômé d’une Ecole d’Ingénieur en Agronomie avec une équivalence pour une inscription en doctorat, avec un intérêt réel pour la thématique des bactéries phytopathogènes et de l’épidémiologie.

Des compétences de laboratoire en microbiologie, en biologie moléculaire, ainsi que des compétences en épidémiologie et en analyse de données génomiques voire bio-informatique sont souhaitables.

2021-11-30
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