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Chercheur.e : développement d'Approches pangénomiques sur Coffea canephora et deux espèces sauvages

ABG-100589 Job Any
2021-10-14 Permanent > €25,000 and < €35,000 annual gross
Logo de
Cirad
MONTPELLIER - Occitanie - France
Computer science
2021-11-04
Research and Development

Employer

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.

Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.

Position and assignments

Le café joue un rôle environnemental, social et économique important dans plus de 50 pays de la zone tropicale. L'industrie européenne du café représente plus de 60% de l'industrie mondiale du café. L'industrie tout comme l'ensemble des acteurs de la chaine de valeur du café sont conscients des risques graves que pose le réchauffement climatique pour l'approvisionnement mondial en café. Le commerce mondial du café repose sur deux espèces : l'arabica (Coffea arabica), qui représente environ 60% du café commercialisé, et le robusta (Coffea canephora), les 40% restants. Le contrat Nestlé-Cirad a fait le choix de se focaliser sur le robusta et les espèces diploïdes sauvages associées (alliance canephora : C. congensis et C. brevipes) qui offrent de loin la plus grande diversité génétique et le plus grand potentiel d'amélioration variétale.

Le projet Nestlé-CIRAD a pour objectif de produire des connaissances génétiques fondamentales (études pan-génomique) pour permettre une utilisation et une préservation efficaces des ressources génétiques du caféier pour le développement de cultivars améliorés en termes de qualité et de réduction des coûts économiques et environnementaux.

Un des objectifs finaux de ce projet sera le développement de marqueurs moléculaires qui seront utilisés comme outil de génotypage pour sélectionner les plantes à des stades de développement précoces en champs dans le cadre de la sélection assistée par marqueurs, permettant d'une part, l'identification des plantes élites à conserver et d'autre part, l'élimination des plantes indésirables très tôt au cours des programmes de sélection.

Dans ce contexte, le CIRAD recrute un.e doctorant.e en bio-informatique pour mettre en place des méthodes bio-informatiques destinées à capturer toute la diversité et les variations de séquences représentatives de l'espèce Robusta via des approches pangénomiques (présence/absence de gènes, variations structurales) pour fournir des ressources et outils indispensables au développement de nouvelles variétés.

Plus spécifiquement, ses missions seront axées sur :
1. La construction du pangénome basée sur l'assemblage et les annotations de 8 accessions représentatives du maximum de la diversité Robusta (Coffea canephora)
2. La création d'un catalogue des variations structurales (insertions, délétions, inversions, translocation) en intégrant les données de reséquençage de 32 accessions supplémentaires représentatives de la diversité génétique et phénotypique pour des traits agronomiques d'intérêts contrastés (tolérance à la sécheresse, tolérance aux maladies, rendement, teneur en caféine…)

Geographic mobility:

National

Starting date

2022-02-01

Profile

Doctorat en bio-informatique, informatique ou domaines similaires, diplômé en 2019-2020 ou 2020-2021.

Compétences scientifiques et techniques requises :
- Bonne connaissance théorique des approches de bio-informatique pour l'analyse de données NGS
- Programmation en Python, bash
- Utilisation courante d'environnements de calcul haute-performance (cloud ou cluster)

Compétences complémentaires appréciées :
- Connaissance en génomique, génétique des populations, structure et évolution des génomes
- Expérience dans l'utilisation et le développement avec des gestionnaires de workflow (Snakemake, Nextflow, …)
- Utilisation courante du logiciel de gestion de version git

Compétences relationnelles :
- Goût pour le travail en équipe dans un environnement multidisciplinaire
- Autonomie et sens de l'initiative
- Capacité à s'adapter pour communiquer même face à un public de non spécialistes

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