Ingénieur.e en bioinformatique pour le déploiement d'application web

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.

Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.

En savoir plus sur le Cirad : www.cirad.fr  

L’UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et tropicales (AGAP institut) recrute un.e ingénieur.e en bio-informatique pour le déploiement d’application web (Genome Hub & Galaxy) pour 18 mois.

En effet, nous avons initié au sein de l’unité le concept de Genome Hubs, un système d’information ayant pour vocation de centraliser un large volume de données génomiques publiques ou privées relatives à une espèce (génomes de référence, larges projets de résequençage) ainsi que différentes données omiques (ex : GWAS, RNAseq, polymorphismes SNP, orthologie, synténie) générées dans le cadre de projets de recherche menés au sein l’unité. Le Genome Hub repose sur le CMS Drupal et le module Tripal qui permet d’interagir avec la base de données Chado (outils du projet GMOD), et intègre également un ensemble d’outils bioinformatiques (e.g. Blast, Jbrowse, Gigwa) permettant d’exploiter et d’analyser les données hébergées.

Dans ce contexte, vous serez en charge de la création de deux nouvelles instances de Genome Hubs sur l’Hévéa et le Palmier en lien respectivement avec les équipes BURST (projet RUBIS) et GSP (projet FreePalm).

Plus spécifiquement, les missions qui vous serons confiées porteront sur :

-          la mise en place d’une instance Drupal pour les 2 génomes (thèmes et module),

-          l’intégration de l’assemblage et de l’annotation structurale dans la base de données Chado via le module Tripal,

-          le déploiement des outils de recherche (Blast, Gene search) et visualisation associés (Jbrowse, Synvisio, Gigwa)

-          le recueil et l’intégration des ressources omiques (RNA Seq, SNP) accumulées par les équipes dans les outils appropriés.

Au travers du réseau South Green, nous avions mis en place une instance Galaxy (une application web qui permet la création, le partage et l’exécution de workflows d’analyses), aujourd’hui non fonctionnelle. Nous souhaiterions la redéployer sur l’infrastructure de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB). Vous serez donc en charge de mener cette action en interaction avec la communauté Galaxy France.

Dans un second temps, vous devrez y transférer les workflows originaux crées au sein de South Green ou relatifs à des projets d’AGAP Institut. Ce travail se fera avec les différents développeurs de South Green et pourra être réalisé en parallèle des autres missions.

Vous serez accueilli.e au sein du collectif bio-informatique de l’UMR AGAP Institut.

Avantages sociaux :
Vous bénéficiez d'un 13ème mois, d'une assurance sociale complète, des avantages du comité d'entreprise (activités sociales, culturelles et sportives à prix réduits), flexibilité et télétravail possible.

Formation et expérience demandées :

Diplôme de type master 2 ou école d’ingénieur en bio-informatique ou informatique.

Compétences scientifiques et techniques requises :

-    Programmation en Python, bash

-    Connaissance des technologies web (JavaScript, PHP, HTML5, CSS3, …)

-    Bonne connaissance du gestionnaire de version git

Compétences relationnelles :

-    Goût pour le travail en équipe dans un milieu multidisciplinaire

-    Autonomie et sens de l’initiative

-    Capacité à s’adapter face à un public de non spécialistes