Where PhDs and companies meet
Menu
Login

Already registered?

New user?

Ingénieur bioinformatique (H/F)

ABG-93181 Job Any
2020-08-05 Permanent Salaire à négocier
Logo de
IFREMER
Roscoff - Bretagne - France
Biology
  • Ecology, environment
  • Computer science
traitement de données, bioinformatique
2020-09-30
Research and Development

Employer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

 

  • Présentation de la structure d’accueil

La SBR constitue un environnement scientifique et logistique idéal au développement du projet de l’équipe Génomique des Vibrios de par la présence des différentes plateformes technologiques auxquelles l’équipe a recours (bioinformatique, imagerie, cristallographie, service mer) et les projets de recherche fondamentaux développés dans les unités (écologie, biologie de microorganismes marins). Réciproquement l’équipe enracine ses questions scientifiques et ses modèles expérimentaux dans les besoins de recherche appliquée que l’Ifremer doit mener (bactéries pathogènes d’huîtres).

 

  • Introduction du poste à pourvoir et de sa position dans l'organigramme

Le poste s’intègre dans l’équipe du projet ERC advanced DYNAMIC qui vise à comprendre le rôle des phages dans la dynamique éco-évolutive de vibrios pathogènes d’huîtres creuses.

. Sous la supervision de la responsable scientifique du projet, il/elle travaillera en étroite collaboration avec les membres de l’équipe pour l’analyse in silico des données.

 

Position and assignments

Missions principales

Il/elle sera en charge des analyses de genomes, transcriptomes (vibrio/phage) ainsi que de métagenomes viraux. Il/elle sera en charge de la traçabilité des données de séquençage, assemblage et du dépôt dans les banques de données dont Mage au CEA. Un effort particulier sera demandé à la rédaction du cahier de laboratoire. Il/elle participera aux réunions d’équipes ainsi qu’aux séminaires de laboratoire.

Activités principales

  • En utilisant la bioinformatique, il/elle caractérisera les genes candidats impliqués dans l'interaction vibriophage (récepteur, mécanisme de defenses et de contre attaque).
  • Il/elle caractérisera les différentes familles de gènes dans les génomes des phages et des bactéries ainsi que par la classification des gènes selon leur distribution, leur fonction et leur origine.
  • Il/elle étudiera l'évolution de gènes spécifiques afin de déchiffrer les relations supposées avec la biologie des espèces/souches/groupes, et à caractériser les éléments génétiques mobiles impliqués dans la résistance.
  • Une etude de métagénomique de phages permettra d’étudier la dynamique des phages à la fois au niveau temporel (échantillonnage une fois par jour pendant les bloom de V. crassostreae) et spatial (huître versus eau de mer).
  • Une participation aux taches commune de l’équipe impliquera i) la mise à jour de notre site web ; ii) la mise à jour du stockage des données de séquençage et d’assemblage sur le site de la station et à Pasteur. iii) la mise à jour de notre plate forme VibrioScope et Phage sur Mage (CEA).

Il/elle bénéficiera des données expérimentales obtenues par les membres de l’équipe et sera co-supervisé par notre collaborateur Eduardo Rocha de l’institut Pasteur. Cette co-supervision impliquera de courts séjours à l’Institut Pasteur et des échanges réguliers par visio conférence.

 

Champs relationnel

  • En interne : Equipe du projet,  (8 personnes), de l’unité LBI2M à Roscoff (100 personnes et de la station (350 personnes) diverses réunions et séminaires favoriseront les interactions. Des échanges réguliers auront lieu avec l’unité PFOM – centre Ifremer Bretagne – sites Plouzané/Argenton.
  • En externe (hors Ifremer et hors SBR) : CNRS, Institut Pasteur et CEA.

Geographic mobility:

No business trip

Profile

PhD en génomique microbienne ou bioinformatique

  • Compétences techniques / métiers

- une bonne connaissance de la microbiologie, de l'écologie et de l'évolution

- une forte expertise en bio-informatique du génome, notamment dans l'analyse des données relatives aux séquences d'ADN, ARN et de protéines

- une bonne connaissance de l'analyse statistique et de la gestion des données biologiques (y compris les données multivariées)

- une bonne connaissance d'au moins un langage de programmation (de préférence R ou Python)

 

  • Qualités personnelles

- un enthousiasme élevé pour le projet proposé

- Désir d’apprendre, curiosité et adaptabilité

- Capacité à travailler en équipe et à communiquer

Travail essentiellement en bioinformatique, un ordinateur sera mis à disposition dans le bureau. De court séjour à l’Institut Pasteur pour formation et réunion de suivi de projet.

 

Partager via
Apply
Close

Vous avez déjà un compte ?

Nouvel utilisateur ?

More information?

Get ABG’s monthly newsletters including news, job offers, grants & fellowships and a selection of relevant events…

item1 item1
item1
They trusted us