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Chercheur.e bactériologiste spécialisé.e en génomique comparative et fonctionnelle F/H

ABG-93497 Job Confirmed
2020-09-09 Permanent > €25,000 and < €35,000 annual gross
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CIRAD
MONTPELLIER - Occitanie - France
Agronomy
Research and Development

Employer

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.

Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.  

Position and assignments

Vous serez recruté.e au sein de l'UMR CIRAD-INRAE, ASTRE « Animal, Santé, Territoires, Risques, Ecosystèmes » du CIRAD, dont l'objectif est l'amélioration de la santé animale et de la santé publique vétérinaire au Sud en mettant en œuvre des approches intégrées, intersectorielles et interdisciplinaires (microbiologie, épidémiologie, sciences humaines et sociales). Vous intégrerez le Collectif Microbiologie de Montpellier (CMM), composé d'une quarantaine de chercheurs, ingénieurs et techniciens. Plus concrètement, vous intégrerez le Laboratoire de Référence OIE/FAO pour la péripneumonie contagieuse bovine (PPCB), la pleuropneumonie contagieuse caprine (PPCC) et l'agalaxie contagieuse des petits ruminants (AC), maladies causées par des bactéries du genre Mycoplasma. Le mandat du Laboratoire est de mener des recherches scientifiques et techniques visant à développer des outils de diagnostic, de surveillance et contrôle et de réaliser des activités d'expertise et de formation.
Vous mènerez principalement des recherches sur les mycoplasmoses des ruminants dans le but d'améliorer la surveillance et le contrôle de la PPCB, la PPCC et l'AC, dans un contexte d'utilisation massive d'antibiotiques. Vos recherches viseront à :
- Analyser la diversité de souches de mycoplasmes circulantes, leur origine et évolution (épidémiologie moléculaire, phylogéographie, évolution génétique de souches vaccinales), ainsi que l'émergence de la résistance aux antibiotiques sous la pression des traitements systématiques
- Identifier les mécanismes de virulence et d'atténuation des mycoplasmes pathogènes, ainsi que les réponses de l'hôte à l'infection et à la vaccination (comparaison des souches virulentes et atténuées par des approches « omics », caractérisation de mutants par l'étude des interactions hôte-pathogène). Pour ce faire, vous produirez de mutants issus des procédés de biologie synthétique, les analyserez par des études d'interaction hôte-pathogène et les évaluerez expérimentalement comme nouveaux vaccins.
- Développer et valider des nouveaux outils de diagnostic (qPCRs ciblées, tests multi-pathogènes, sans a priori)
-Développer et valider des outils de contrôle innovants (vaccins marqués DIVA, vaccins multivalents) et adaptés au contexte d'émergence de résistance aux antibiotiques.
Pour mener ces recherches, vous travaillerez en interaction étroite avec une chercheuse spécialiste des mycoplasmoses de ruminants, ainsi qu'avec les techniciens/ingénieurs, bioinformaticiens, immunologistes du CMM et, plus largement, avec les chercheurs en épidémiologie et sciences sociales.
Vous monterez et coordonnerez des projets de recherche, participerez à la création et animation de réseaux internationaux et encadrerez des stagiaires et des doctorants.
Vous participerez aux activités de référence menées par le laboratoire: notamment au diagnostic PPCC/PPCB sous accréditation ISO17025, formation pour le transfert de compétences vers les pays du Sud

Geographic mobility:

International

Profile

Biologiste ou vétérinaire, titulaire d'une thèse de troisième cycle (PhD) en bactériologie
Connaissances approfondies en génomique comparative et fonctionnelle.
Capacités pour :

1) l'analyse de génomes bactériens et autres données issues des approches « omics », notamment les méthodes de séquençage haut débit « NGS » et la protéomique bactérienne

2) les techniques de génie génétique (manipulation de génomes microbiens)

Expérience souhaitée en laboratoire de confinement (BSL2 et 3)
Expérience souhaitée de travail ou de collaboration avec Afrique, Moyen Orient ou Asie
Expérience souhaitée en développement de méthodes de diagnostic et/ou outils de control et en démarche qualité ISO17025
Goût pour le travail en équipe et les recherches interdisciplinaires
Goût pour la transmission et le transfert de connaissances
Bon niveau d'anglais oral et écrit

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