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PostDoc : Chercheur/e en écologie du phytoplancton (H/F)

ABG-93576 Job Any
2020-09-16 Fixed-term 12 Month Salaire à négocier
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IFREMER
Brest - Bretagne - France
Biology
  • Ecology, environment
Ecologie, phytoplancton
2020-10-06
Research and Development

Employer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

 

  • Présentation de la structure d’accueil

L’objectif de l’unité DYNECO (Dynamiques des Écosystèmes Côtiers) est d’étudier la réponse des écosystèmes côtiers à un certain nombre de pressions anthropiques et naturelles. Elle mène, dans ce domaine, des activités de recherche et d’expertise. L’approche générale repose sur l’analyse des processus physiques et biogéochimiques moteurs de l’écosystème et sur la mise en œuvre d’une démarche intégratrice basée sur l’expérimentation, l’observation in situ et la modélisation. Ses axes de recherche portent sur : i) les flux de matières dissoutes et particulaires dans les écosystèmes côtiers, ii) la diversité, le fonctionnement et le devenir des communautés et de leurs biotopes et iii) les perturbations à l’échelle des populations.

Au sein de DYNECO, le laboratoire Pélagos a pour objectif l’étude de l’écosystème pélagique côtier, plus particulièrement des cycles des nutriments et du plancton et leurs réponses à l’impact des activités anthropiques, notamment en ce qui concerne les algues toxiques. Il est aussi impliqué dans la mise en œuvre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) et de la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM) pour l’hydrologie et le phytoplancton. Il intègre des compétences diverses et complémentaires de laboratoire (chimie, taxonomie, génétique et écophysiologie du phytoplancton), tout comme de télédétection, de modélisation et d’instrumentation.

 

Position and assignments

  • Introduction du poste à pourvoir et de sa position dans l'organigramme

 

Base des réseaux trophiques, les communautés phytoplanctoniques jouent un rôle essentiel dans la réponse des écosystèmes aux changements environnementaux. Les travaux récents sur ces communautés ont montré l’importance de leur contrôle par des facteurs biotiques (prédation, parasitisme, symbiose, adaptation, acclimatation, etc.) en plus des facteurs abiotiques (température, éclairement, nutriments, etc.). Cela conduit à prendre en compte les interactions biotiques et à revoir la définition de groupes fonctionnels classiquement établis sur la distinction autotrophie/hétérotrophie.

Alexandrium minutum est une espèce de dinoflagellé toxique responsable d’efflorescences considérables en France et particulièrement en Bretagne, entraînant la fermeture des zones conchylicoles. Les efflorescences de cette algue toxique sont encore difficiles à prédire, et ce malgré le déploiement d’un important effort de recherche depuis plus d’une dizaine d’années. Un déficit de connaissances persiste sur les différents modes de nutrition d’A. minutum. En effet, A. minutum est un organisme mixotrophe présentant la double capacité d’effectuer au sein de la même cellule la phototrophie (i.e. photosynthèse) et la phagotrophie (i.e. englobement et digestion d’un organisme ou autres particules exogènes). Ces organismes, dit mixotrophes, récupèrent les substrats directement par phagotrophie ou par osmotrophie (i.e. absorption de molécules organiques dissoutes au travers des membranes cellulaires). Bien que ces modes de nutrition soient reconnus chez la plupart des espèces phytoplanctoniques, ils ne sont pas souvent pris en compte dans l’estimation de la production nette de la communauté planctonique et sont sous-estimés dans l’estimation de l’efficacité de la pompe biologique.

 

Pendant ce contrat post-doctoral supervisé par le Dr Aurore Regaudie de Gioux, le/la chercheur/e étudiera l’importance de la phagotrophie chez A. minutum sous différentes conditions environnementales : stress par manque de nutriment (phosphore) et sa co-limitation avec une lumière limitante. Lors de ce projet, nous proposons de quantifier la phagotrophie d’A. minutum à partir des bactéries présentes dans son milieu de culture mais également de cyanobactéries comme Synechococcus en fonction des différentes conditions environnementales (i.e. limitation lumière, température, stress en nutriment et leur co-limitation conjointe). Tout d’abord, des expériences en laboratoire seront réalisées. La contribution de la phototrophie et de la phagotrophie sera quantifiée lors des expérimentations combinant différentes sources de substrats et de proies. Des expériences additionnelles en microcosme seront réalisées in situ lors d’efflorescences estivales d’A. minutum en rade de Brest à partir de juin 2021. Grâce au suivi REPHY et du projet Daoulex/AlexBreizh à l’estuaire de la Mignonne en Rade de Brest, nous pourrons connaître en temps réel (à 2-3 jours près) le début d’un bloom d’A. minutum.

  • Missions principales

Le laboratoire PELAGOS développe et met en œuvre depuis plusieurs années des techniques automatisées innovantes d’observation, de détection et de détermination du compartiment planctonique et des paramètres abiotiques associés (systèmes de prélèvement et de concentration d'espèces phytoplanctoniques, système vidéo et fluorescence in situ, cytomètre en flux, systèmes automatisés embarqués, etc). Le laboratoire PELAGOS possède une importante collection de culture d’espèces phytoplanctoniques et la capacité de réaliser des expériences sous différentes conditions expérimentales (chambres d’incubation avec modulation de température et de lumière). En s’appuyant sur ce parc instrumental et sur les autres compétences présentes au laboratoire, le/la chercheur/e aura pour mission principale d’organiser, de mettre en œuvre et de valoriser des expériences de phagotrophie en laboratoire et in situ.

Ce projet permettra d’estimer pour la première fois la contribution relative de la phagotrophie et de la phototrophie sous différentes contraintes expérimentales mais également de suivre les voies de transfert des atomes d’azote et de carbone chez une espèce modèle de phytoplancton mixotrophe et pour des communautés naturelles phytoplanctoniques.

  • Activités principales

Le/la chercheur/e devra :

Prendre en charge le maintien de culture d’A. minutum et des bactéries associées nécessaire pour les expériences du projet

Concevoir et mettre en place les différentes expériences de limitation en laboratoire

Concevoir et mettre en place les expériences en microcosmes à réaliser in situ

Prendre en charge les analyses résultantes des expériences comme à l’aide de la cytométrie en flux et en microscopie à épifluorescence

Rédaction de publications scientifique et participation à des congrès nationaux et internationaux

  • Champs relationnel

En interne : écologistes, biogéochimistes, généticiens, modélisateurs (DYNECO)

En externe : Partenariats universitaires avec les laboratoires impliqués dans ISBlue, collaborations avec les principaux laboratoires spécialistes de l’écologie du phytoplancton au niveau national et international.

Geographic mobility:

International

Profile

Le candidat recherché aura un diplôme de thèse (ou équivalent) en océanographie biologique et avoir passé au minimum 18 mois à l’étranger entre le 1er mai 2016 et le démarrage du projet

 

  • Compétences techniques / métiers

 

- Compétences scientifiques recherchées : Fortes connaissances en écologie et écophysiologie du phytoplancton marin, et plus particulièrement concernant les interactions biologiques et la réponse au stress. Des connaissances en biologie moléculaire seront appréciées.

- Compétences techniques recherchées : Microscopie à épifluorescence, cytométrie en flux, culture du phytoplancton, capacité de travailler avec les radio-éléments (3H3, 35S et 14C), travail de terrain.

- Compétences en communication : Très bonne capacité de rédaction et de retranscription des résultats en anglais, autonomie dans la rédaction d’article scientifique, bonne aptitude et motivation pour le travail en équipe.

 

  • Qualités personnelles

- Sens de l’organisation, rigueur scientifique, esprit d’initiative

- Aptitude à communiquer, bon relationnel et travailler en équipe

- Maîtrise de l’anglais scientifique

 

  • Conditions de travail

Le contrat de post-doctorat aura une durée totale de 12 mois + possibilité de 6 mois additionnelles.

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