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Ecologue spécialiste des réseaux d'interactions microbiennes F/H

ABG-93609 Job Confirmed
2020-09-18 Permanent > €25,000 and < €35,000 annual gross
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CIRAD
MONTPELLIER - Occitanie - France
Agronomy
Teaching and research

Employer

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.

Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.  

Position and assignments

chercheur.e spécialisé.e en analyses de réseaux d'interactions microbiennes aura pour mission de caractériser les interactions au sein des communautés virales et microbiennes associées aux plantes (microbiote des plantes). L'objectif à moyen terme de ses travaux sera de mieux comprendre le rôle du microbiote des plantes dans la santé végétale et plus largement dans le fonctionnement des agro-écosystèmes.

La compréhension des réseaux d'interactions qui sont à l'œuvre au sein du microbiote des plantes est un front de recherche très prometteur, encore peu exploré, malgré le potentiel de connaissances et d'applications qui en découle. Le microbiote des plantes joue un rôle important dans le développement, le métabolisme ou l'immunité de son hôte. Il est constitué d'un cortège de microorganismes vivant en étroite relation les uns avec les autres et répond dynamiquement aux perturbations biotiques et abiotiques environnementales. Cette réponse correspond à une modification de la composition en microorganismes et de leurs interactions (compétition, commensalisme, amensalisme et mutualisme) constituant un réseau dont les modulations peuvent impacter l'état de santé de la plante hôte. Identifier et caractériser ces réseaux d'interactions microbiennes permettrait donc de mieux comprendre les mécanismes complexes sous-jacents qui les influencent et qui impactent in fine la santé de la plante au sens large (croissance, développement, apparition de maladies, etc.).
Vous travaillerez en collaboration étroite avec les biologistes des pôles PhytobioM et ViroM de l'UMR PHIM. Plusieurs modèles viraux et microbiens étudiés dans ces deux pôles nécessitent en effet l'apport d'approches réseaux pour mieux comprendre l'écologie et l'évolution des microorganismes étudiés. Vos travaux s'appuieront initialement sur les données de géométagénomique virale, de génomique des virus multipartites et de métabarcoding microbien générées au sein de l'UMR PHIM afin (i) d'estimer l'impact de la structure du réseau sur l'évolution et l'écologie des phytovirus (transmission, virulence, spectre d'hôtes), (ii) d'évaluer l'influence des facteurs écologiques façonnant les assemblages des composants génomiques des virus multipartites et (iii) de déterminer les dynamiques d'assemblage du microbiote des plantes liés aux changements dans les itinéraires culturaux, à la diversité des génotypes de l'hôte, ainsi qu'à différentes perturbations abiotiques et biotiques. L'objectif principal étant de mieux appréhender les facteurs microbiens soutenant la fertilité des sols et la santé des plantes.
Le transfert des acquis de ces recherches sera un atout majeur pour le développement de bioindicateurs biologiques, savoir-faire central de la structure d'expertise MetaHealth hébergée par l'UMR PHIM, et sortie indispensable pour l'aide au management et au pilotage des agrosystèmes.

Geographic mobility:

No business trip

Profile

Titulaire d'une thèse en Ecologie microbienne / Métagénomique microbienne ou en Bioinformatique appliquée à l'analyse des réseaux, écologiques, vous développerez des travaux d'écologie microbienne centrés sur les réseaux d'interactions microbiennes actifs au sein des agrosystèmes. Vous étudierez les co-occurences directes et indirectes qui existent entre les membres du microbiote des plantes (virus, bactéries, champignons et autres microeucaryotes) ou entre les différents composants génomiques des virus multipartites en utilisant des approches de modélisations mathématique et statistique. En particulier, vous chercherez à adapter des algorithmes de construction et d'analyses statistiques des graphes aux particularités des données de séquençage massif de métagénomique. Vous pourrez par ailleurs réaliser une description fonctionnelle des effets entre éléments du réseau (antagonisme, synergie, etc.).Vous veillerez enfin à associer les matrices de données de séquençage massif de métagénomique à des co-variables environnementales.Vous devrez avoir
- De solides bases scientifiques en écologie et évolution des communautés, notamment microbiennes.
- De fortes compétences en analyses et inférences de réseaux d'interactions.
- Des compétences en mathématiques, bioinformatique et biostatistique. Vous devrez maîtriser plusieurs langages de programmation (logiciel statistique R, Python, etc.)

- Bonne maîtrise de l'anglais orale et écrite
- Capacité au travail en équipe et à transmettre son expertise
- Capacité et goût pour le travail en collaboration avec des équipes de différentes disciplines et pour la recherche avec les pays du sud.

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