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Séquençage ciblé de transgène à l’aide du séquenceur MinION

ABG-93623 Master internship 6 months 554
2020-09-18
ANSES-Laboratoire de la santé des végétaux
Angers Pays de la Loire France
  • Biology
  • Biotechnology
OGM, détection, séquençage haut débit, MinION, NGS
2020-12-31

Employer organisation

L'unité de Bactériologie, Virologie et OGM (BVO) du Laboratoire de la santé des végétaux de l’Anses est Laboratoire National de Référence (LNR) dans le domaine de la détection des OGM. Le laboratoire réalise des analyses officielles de contrôle de la présence fortuite d’OGM sur diverses espèces et matrices végétales. Il réalise des travaux de recherche visant à améliorer les technologies et méthodes de détection disponibles.

Description

Actuellement, la détection des OGM est réalisée à l’aide de méthodes de PCR en temps réel, ciblant des éléments transgéniques de criblage classiquement utilisés lors de la création des OGM (promoteur, terminateur). Lorsqu’un OGM est détecté, celui-ci doit être identifié et quantifié par PCR en temps réel, à l’aide de méthodes ciblant des séquences spécifiques à chacun des OGM connus. Si un OGM détecté n’est pas identifiable, la présence d’un OGM non autorisé est suspectée. Afin de pouvoir développer une méthode d’identification spécifique d’un nouvel OGM, la connaissance de la séquence du transgène et de sa jonction avec la plante est indispensable.

 

Dans ce contexte, le laboratoire a récemment développé une méthode permettant d’obtenir la séquence du transgène ainsi que la jonction avec la plante, avec pour seule connaissance préalable la présence de l’élément de criblage ciblé lors du diagnostic :

https://www.nature.com/articles/s41598-020-71614-6

Cette méthode est basée sur une circularisation de l’ADN fragmenté de la plante suivie d’une amplification spécifique du transgène et des régions flanquantes à l’aide d’une PCR inverse « long range » et enfin d’un séquençage ciblé du transgène et des régions flanquantes à l’aide du séquenceur MinION. L’objectif du stage sera d’améliorer et optimiser ce protocole afin de le tester sur d’autres plantes OGM et en ciblant d’autres éléments de criblage que le promoteur P35S. De plus, le pipeline bio-informatique sera également amélioré. L’objectif final sera de transférer ce protocole aux laboratoires nationaux de référence en charge de la détection des OGM.

 

Objectifs : Optimiser une méthode de séquençage ciblée de transgènes à l’aide du séquenceur MinION et la transférer vers la référence.

 

 

 

Profile

Compétences:

  • Biologie moléculaire : extraction ADN, PCR, séquençage, analyse de séquences nucléotidiques
  • Bio-informatique
  • Travail en laboratoire
  • Autonomie
  • Capacité rédactionnelle

Starting date

2021-01-04
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