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Développement d'inhibiteur de la sérine-protéase Kallikrein-6 pour le traitement de la sclérose en plaque

ABG-99797 Master internship 6 months 600€
2021-08-31
CNRS - Institut des Biomolécules Max Mousseron - Université de Montpellier
Montpellier Occitanie France
  • Biochemistry
  • Computer science
Modélisation Moléculaire, docking moléculaire, criblage virtuelle, dynamique moléculaire, analyse structurale de protéine

Employer organisation

L'Institut des Biomolécules Max Mousseron de Montpellier est un institut pluri-disciplinaire à l'interface entre biologie et chimie. L'équipe de Pharmacologie cellulaire dirigée par Jean-Louis Banères s'intéresse plus particulièrement à la dynamique des macromolécules et leurs intéractions avec leur environnement.

Description

Au sein de l’équipe de pharmacologie cellulaire de l’Institut des Biomolécules Max Mousseron (IBMM) à Montpellier, dirigée par Jean-Louis Banères, le projet de stage sur 6 mois à partir de janvier 2022, portera sur l’identification et le développement de nouveaux inhibiteurs de la sérine-protéase Kallikrein-6 (KLK6) par modélisation moléculaire. KLK6 joue un rôle clé dans le processus de démyélinisation/remyélinisation des axones. Son implication a été démontrée dans la sclérose en plaque et en font une cible de choix pour son traitement. Le développement d’inhibiteur de KLK6 s’inscrit dans un projet plus large financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) incluant le développement in silico de candidats médicaments, leurs synthèses ainsi que leurs tests in vitro et in vivo. Une stratégie d’optimisation d’inhibiteurs récemment identifiés1 sera conduite par le/la stagiaire, en parallèle d’un criblage virtuel à partir de librairies de composés pour identifier de nouvelles molécules capables d’inhiber spécifiquement KLK6. Ces deux objectifs seront menés à bien à l’aide de méthodes de docking moléculaire et de dynamique moléculaire, deux méthodes très largement maîtrisées au laboratoire. Les composés proposés au cours de ce projet seront synthétisés par notre laboratoire et testés par nos partenaires sur différentes isoforme de l’enzyme. L’étudiant(e) rejoindra le sous-groupe de modélisation moléculaire animé par Nicolas Floquet et Maxime Louet (https://www.ibmmpharmaco.com/copie-de-modelling). Le/la stagiaire(e) disposera d’une station de calcul GPU haute performance neuve et d’un accès à des supercalculateurs pour mener à bien ce projet.

1 Aït Amiri S et al. Identification of First-in-Class Inhibitors of Kallikrein-Related Peptidase 6 That Promote Oligodendrocyte Differentiation. J Med Chem. 2021 64(9):5667-5688.

Profile

Le/la candidat(e) devra maîtriser parfaitement l’environnement Linux, et avoir des connaissances en bio-informatique structurale et plus particulièrement en modélisation moléculaire. La connaissance d’au moins un langage de programmation pour l’analyses des données de modélisation est également requis. Le/la candidat(e) partagera ses résultats à des chimistes et biologistes dans le cadre du projet ANR et doit donc savoir communiquer avec ces différents partenaires.

Starting date

2022-01-03
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