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Chercheur.e en pathogénomique des intéractions riz-champignons pathogènes

ABG-99931 Job Confirmed
2021-09-08 Permanent > €25,000 and < €35,000 annual gross
Logo de
Cirad
MONTPELLIER - Occitanie - France
Ecology, environment
Génomique, populations, évolution, phytopathologie
2021-11-01
Research and Development

Employer

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.

Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.  

Position and assignments

Le Cirad recrute un.e chercheur.e en pathogénomique pour l’UMR PHIM (Plant Health Institute of Montpellier) qui s’intéresse aux interactions entre le riz et les champignons pathogènes.

Une des finalités des travaux de recherche développés par l’Institut de santé des plantes de Montpellier (PHIM) est la conception de méthodes de lutte durables contre les maladies fongiques des céréales alimentaires, en particulier le riz, une filière clé de la sécurité et de la souveraineté alimentaire en Afrique de l’Ouest. PHIM produit des connaissances sur la biologie, la diversité et l’épidémiologie des agents pathogènes ainsi que des outils de diagnostic de terrain pour contribuer à la mise au point de méthodes de lutte prophylactiques (réduction de l’inoculum primaire), agronomiques (pratiques culturales limitant la propagation épidémique) et génétiques (résistances variétales).

En utilisant des approches de génomique des populations, vous étudierez l’émergence de maladies fongiques du riz (en premier lieu l’helminthosporiose) à travers l’analyse i) de la dynamique évolutive des populations de l’agent pathogène, ii) des facteurs génétiques gouvernant l’interaction entre l'hôte et l'agent pathogène, et iii) de l’impact des pratiques culturales et des facteurs climatiques sur ces interactions. Pour cela, vous mettrez en place une approche de pathogénomique de terrain (« field pathogenomics ») qui utilise un génotypage des populations de champignons phytopathogènes par séquençage de tissus de plantes infectés et collectés au champ. Cette méthode innovante sera déployée en Afrique de l’Ouest et mise en œuvre pour étudier la biologie des agents pathogènes, ainsi que la structure et la dynamique de leurs populations.

Le poste demandé par le CIRAD nécessite une formation en génomique et génétique des populations, une expérience en biologie moléculaire, en analyse de données de séquençage et utilisation d’outils bio-informatiques, et des connaissances en phytopathologie et statistiques. Des connaissances dans un des domaines suivants seront un plus : épidémiologie, amélioration des plantes et agronomie. Des expériences de recherche de terrain sont souhaitées et un goût pour le travail d’équipe est indispensable.

Vous développerez votre projet de recherche au sein de l'équipe Blast du pôle ITEM en collaboration avec nos partenaires en Afrique de l’Ouest, en particulier avec le Laboratoire Mixte International PathoBios à Bobo-Dioulasso au Burkina Faso et AfricaRice en Côte d’Ivoire. Vous contribuerez au transfert de technologies (y compris pour d’autres pathosystèmes), à la formation de jeunes chercheurs et chercheuses et au renforcement d’un réseau international et régional de phytopathologie du riz.

Geographic mobility:

International

Profile

Doctorat en biologie

Expertise pratique ou théorique en génétique et/ou génomique des populations

Expérience en biologie moléculaire, génomique, et bioinformatique

Expérience et goût prononcé pour le travail de terrain

Connaissances en phytopathologie et analyses statistiques

Connaissances en épidémiologie, amélioration des plantes et agronomie appréciées

Adaptabilité

Aptitude et goût pour le travail en équipe

Forte motivation pour vivre et travailler en expatriation dans les pays du Sud (résidence ou expérience dans ces pays appréciée)

Maîtrise de l’anglais scientifique (écrit et parlé)

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