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Études génomiques du mode d'action et de la résistance pour les agents antimicrobiens / Genomics of antimicrobial mode of action and resistance mechanisms

ABG-109168 Emploi Confirmé
23/11/2022 CDD 36 Mois > 25 et < 35 K€ brut annuel
Université Laval
Québec - Canada
Biologie
genomics, Next Generation Sequencing, antimicrobials, antibiotics, resistance, Streptococcus pneumoniae, Leishmania
09/01/2023
Recherche et Développement

Employeur

Vous avez envie d'évoluer au sein du plus grand centre de recherche francophone en Amérique du Nord et de participer à des projets de recherche des plus stimulants?  Le Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval est une organisation qui offre un environnement de travail stimulant où les nouvelles idées, le partage des connaissances et le dépassement de soi sont valorisés.

Le Dr. Marc Ouellette, titulaire d’une Chaire de Recherche du Canada sur la résistance aux antimicrobiens, œuvre au sein de l’Axe des Maladies Infectieuses et Immunitaires au Centre de Recherche du CHU de Québec-Université Laval et est professeur au département de microbiologie-infectiologie et d’immunologie de la Faculté de Médecine de l’Université Laval. Ses travaux portent sur le mode d'action et les mécanismes impliqués dans la résistance aux antimicrobiens chez le protozoaire Leishmania, un parasite responsable de maladies tropicales négligées dont plus de 12 millions de personnes sont atteintes à travers le monde, et chez les bactéries, pour lesquelles la résistance aux antibiotiques est un problème de santé publique mondial. L’équipe du Dr Ouellette utilise des techniques de criblage génomique couplées au séquençage de nouvelle génération (NGS) pour l'identification de biomarqueurs de la résistance, pour la caractérisation de nouvelles cibles thérapeutiques et pour mieux définir les voies cellulaires impliquées dans le mode d'action de molécules établies ou en développement. Un poste de stagiaire postdoctoral est disponible au laboratoire pour le volet bactérien ou le volet protozoaire.

Do you want to evolve within the largest French-speaking research center in North America and participate in the most stimulating research projects? The CHU de Québec-Université Laval Research Center is an organization that offers a stimulating work environment where new ideas, knowledge sharing and surpassing oneself are valued.

Dr. Marc Ouellette, holder of a Canada Research Chair in Antimicrobial Resistance, is a Professor at the department of microbiology-infectiology and immunology of the Faculty of Medicine at Laval University. His work focuses on the mode of action of antimicrobials and the mechanisms enabling antimicrobial resistance in the protozoan Leishmania, a parasite responsible for neglected tropical diseases affecting more than 12 million people worldwide, and in pathogenic bacteria, for which antibiotic resistance is a major public health concern. Dr. Ouellette's team uses genomic screening techniques coupled with next-generation sequencing (NGS) for the identification of resistance biomarkers, for the characterization of new therapeutic targets and to better define the cellular pathways involved in the mode of action of established or developmental drugs. A postdoctoral position is available for the bacterial or the protozoan component of the laboratory.

Poste et missions

Le candidat devra s’acquitter de diverses tâches liées au projet de recherche susmentionné. Sous la supervision minimale du chercheur, le stagiaire postdoctoral devra:

- Séquencer le génome de microorganismes résistants aux antimicrobiens par NGS.

- Caractériser le transcriptome de microorganismes résistants aux antimicrobiens par RNA-seq.

- Analyser les données de NGS générées (génomes et transcriptome).

- Utiliser des techniques conventionnelles de biologie moléculaire afin de valider la contribution des événements moléculaires détectés par NGS (mutations, amplification ou délétion de gènes, altération de l’expression génique, …) au phénotype de résistance.

- Rédiger les manuscrits découlant de ses projets de recherche, pour publication dans des journaux scientifiques.

Le candidat sera financé via une subvention de recherche provenant des Instituts de Recherche en Santé du Canada (IRSC). Possibilités de participer à des congrès internationaux.

The candidate will be required to carry out various tasks related to the aforementioned research project. Under the minimum supervision of the researcher, the postdoctoral fellow will be responsible to:

- Sequence the genome of antimicrobial-resistant microorganisms by NGS.

- Characterize the transcriptome of antimicrobial-resistant microorganisms by RNA-seq.

- Analyze the data generated by NGS (genomes and transcriptome).

- Use standard molecular biology techniques to validate the contribution of molecular events detected by NGS (mutations, gene amplification or deletion, alteration of gene expression, etc.) to the resistance phenotype.

- Write manuscripts from his research data, for publication in scientific journals.

The candidate will be supported through a research grant allocated by the Canadian Institutes of Health Research (CIHR). There will be possibilities to attend international conferences.

Mobilité géographique :

Pas de déplacement

Télétravail :

Impossible

Prise de fonction :

01/02/2023

Profil

Nous recherchons un stagiaire postdoctoral :

- Ayant obtenu son diplôme de doctorat en biologie moléculaire, biologie cellulaire ou autre domaine connexe au cours de la dernière année, ou étant en voie de l’obtenir.

- Démontrant une excellence pour la recherche au niveau du doctorat (publications, bourses, prix).

- Ayant une expérience démontrée en biologie moléculaire.

- Motivé, dynamique et autonome.

- Rigoureux et ayant une excellente éthique de travail.

Atout : Avoir des antécédents de recherche en résistance microbienne.

Atout: Connaissance théorique ou expérience pratique avec le NGS.

Atout: Connaissance des outils bio-informatiques associés au NGS.

We are looking for a postdoctoral fellow:

- Having obtained a doctoral degree in molecular biology, cell biology or related field within the last year, or being in the process of obtaining it.

- Demonstrating excellence for research at the doctoral level (publications, fellowships, awards).

- With demonstrated experience in molecular biology.

- Motivated, dynamic, self-governing and with an excellent work ethic.

Asset: Having a background in antimicrobial resistance research.

Asset:Theoretical knowledge or practical experience with NGS.

Asset: Knowledge of bioinformatics tools associated with NGS.

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