M2 Microbiologie : Sélection de résistance aux antibiotiques par les contaminants chimiques présents dans les effluents hospitaliers.

L’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT) est un établissement public d’enseignement supérieur et de recherche sous tutelle du Ministère de l’Agriculture, et de l’Alimentation. En matière de recherche, l’Etablissement accueille plusieurs équipes de scientifiques (la plupart sont des UMR avec une cotutelle INRA, INSERM, UT3, …) en lien avec la santé animale, l’hygiène des aliments ou la génétique.

Le laboratoire d'accueil, situé sur le site de l'ENVT, est l'UMR1436 INRAE/ENVT, INTHERES (Innovations thérapeutiques et résistances). Cette unité multidisciplinaire est constituée d'une trentaine de personnes : microbiologistes, parasitologues, chimistes, mathématiciens, vétérinaires et pharmaciens. Elle dispose d'un plateau analytique. Trois axes de recherche y sont développés : (i) résistance aux antihelminthiques et insecticides, (ii) antibiotiques : pathogènes, microbiote et environnement, et (iii) thérapeutiques individualisées.

Cette proposition de stage s’inscrit en partie dans le projet HOSP_ATB qui a pour objectif l’étude de l'impact d’effluents hospitaliers sur la dissémination de résistance aux antibiotiques dans le réseau d’assainissement (PNREST Anses 2023-073).  

En effet, certaines études ont montré que ces déversements hospitaliers seraient des sources d’enrichissement du résistome¹ des eaux usées domestiques. Cet enrichissement pourrait être du soit à un apport important de gènes de résistance, soit à la pression de sélection exercée par les agents chimiques déversés, voire une combinaison de ces deux phénomènes. L’objectif de ce stage de M2 est de documenter la contribution relative du volet chimique de l’exposome² « effluent hospitalier » sur la dynamique de l’antibiorésistance dans les eaux usées. L’étudiant participera à la caractérisation des prélèvements d’effluents hospitaliers et eaux usées, et à la réalisation d’expérimentations d’exposition des eaux usées domestiques à un effluent hospitalier en microcosmes. Il sera plus particulièrement chargé de mettre au point, au sein de notre laboratoire, la méthode « SELECT » (SELection End points in Communities of bacTeria) qui permettra d’évaluer la sélection d’antibiorésistance. Cette méthode est une approche basée sur le suivi de la croissance bactérienne après exposition à un antibiotique à une concentration donnée (Murray et al., 2020). Elle sera ensuite adaptée afin d’évaluer l’impact de la composante chimique sur la sélection de résistance au sein du microbiote des eaux usées domestiques. Par ailleurs, les antibiotiques qui sont présents dans le mélange des contaminants de ces différents prélèvements seront quantifiés, afin d’identifier si leur concentration présentent un risque de sélection de bactéries résistantes dans les eaux usées grâce aux données publiées sur les effets de faibles concentrations d’antibiotiques sur la sélection de résistance (Murray et al., 2021). La méthode « SELECT » permettra d’évaluer cet effet de manière expérimentale.

¹Le résistome est l’ensemble de gènes capables de conférer une résistance à des antibiotiques.

² L’exposome a été défini en épidémiologie des maladies humaines comme étant l’ensemble des expositions auxquelles est soumis un individu pendant sa vie entière. Par extension, ce terme est utilisé ici pour désigner l’ensemble des expositions (agents chimiques, microbiote) auxquelles sont soumises les eaux usées domestiques en lien avec le déversement d’effluents

Références :

Murray, A. K., Stanton, I. C., Wright, J., Zhang, L., Snape, J., and Gaze, W. H. (2020). The “SELection End points in Communities of bacTeria” (SELECT) Method: A Novel Experimental Assay to Facilitate Risk Assessment of Selection for Antimicrobial Resistance in the Environment. Environ. Health Perspect. 128, 107007. doi: 10.1289/EHP6635.

Murray, A. K., Stanton, I., Gaze, W. H., and Snape, J. (2021). Dawning of a new ERA: Environmental Risk Assessment of antibiotics and their potential to select for antimicrobial resistance. Water Res. 200, 117233. doi: 10.1016/j.watres.2021.117233.

Le candidat devra avoir un bon niveau académique et scientifique en microbiologie. Il devra avoir un goût prononcé pour le travail expérimental en laboratoire, et être à l’aise avec la recherche et synthèse de ressources bibliographiques. Un intérêt pour la résistance aux antibiotiques serait un atout.