Caractérisation de l'activation des systèmes toxine-antitoxine bactériens de type I // Study of bacterial type I toxin-antitoxin activation

La plupart des bactéries, dont des agents pathogènes, codent dans leur génome pour des gènes de suicide. L'expression de ces gènes est fortement régulée par les bactéries. Le projet s'intéresse aux systèmes toxine-antitoxine de type 1 (T1TA), qui sont composés d'une toxine et d'un petit ARN antitoxine qui peut s'hybrider à l'ARNm de la toxine et empêcher sa traduction. Il est crucial de comprendre comment la production de ces toxines est contrôlée afin de détourner ces systèmes pour développer de nouvelles stratégies antibiotiques. Le projet du doctorant sera de caractériser l'activation des systèmes toxine-antitoxine de type I codés. Le doctorant utilisera des cribles génétiques couplés au séquençage haut débit pour étudier les voies d'activation de ces toxines. Les résultats seront validés par l'analyse de cellules uniques en vidéo-microscopie. Le sujet inclut une composante bioinformatique de recherche de nouveaux system toxine-antitoxine qui pourra être ajustée en fonction du profil du candidat.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Suicide genes are encoded in the genomes of most bacteria, including pathogens. Due to their killing activity, the expression of these genes needs to be tightly regulated. This project focuses on type I toxin-antitoxin (T1TA) systems where small RNA antitoxins prevent the translation of complementary toxin coding mRNAs. It is crucial to understand how the production of the toxin is controlled in order to hijack these systems for the development of targeted antibiotic strategies. The project of the Ph.D. candidate will be to characterize the activation of type I toxin. The Ph.D. candidate will use robust genetic screenings coupled with deep-sequencing to evaluate the toxin activation pathways. The results will be validated using single-cell live microscopy. The project includes a bioinformatics component to look for novel toxin-antitoxin systems that can be adjusted based on the candidate's profile.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Début de la thèse : 01/10/2025
WEB : https://lerhun.u-bordeaux.fr

Contrat doctoral libre

Université de Bordeaux

154 Sciences de la Vie et de la Santé

Connaissances en biologie moléculaire, bactériologie ou bioinformatique. Intérêt pour l'étude de l'ARN et la régulation de l'expression des gènes.
Knowledge of molecular biology, bacteriology or bioinformatics. Interest in RNA and bacterial gene expression regulation.