Dynamique de la contamination par Alternaria spp. dans les agroécosystèmes de tomate destinés à la transformation

UMR QualiSud

Développement d’une démarche intégrée pour la production maitrisée et durable d’aliments de qualités organoleptique, sanitaire et nutritionnelle optimales.

QualiSud œuvre dans le domaine de la transformation de l’aliment, de son processus d’élaboration après récolte ou abattage jusqu’à l’appréciation de sa qualité sensorielle en bouche, de sa qualité nutritionnelle, de son bénéfice santé, de son innocuité et de ses propriétés technologiques. Les mécanismes dynamiques de construction de cette qualité nécessitent une bonne connaissance de la matrice alimentaire et de son interaction avec le milieu. Les compétences pluridisciplinaires requises pour traiter ces questions sont réunies au sein de l’unité.

Equipe de Recherche « Communautés microbiennes et sûreté des aliments ».

L’enjeu global de notre équipe de recherche est d’assurer une qualité sanitaire des aliments par l’étude de l’écologie microbienne, des dynamiques microbiennes et des interactions entre souches pathogènes et non pathogènes et d’utiliser, à des fins positives, certaines souches (actinomycètes, bactéries lactiques, levures, moisissures) pour stabiliser les aliments ou pour faire du contrôle biologique.

Les toxines d’Alternaria sont des métabolites secondaires très préoccupants pour la santé des consommateurs produits par différentes espèces fongiques du genre Alternaria souvent seulement considérées comme phytopathogènes qui peuvent contaminer les céréales, les oléagineux, les légumes, les fruits et en particulier les tomates.

Les mycotoxines les plus fréquemment retrouvées dans les tomates et leurs produits dérivés sont l’alternariol, l’alternariol methyl éther, et l’acide tenuazonique avec des effets cytotoxique, génotoxiques in vitro et/ou fœtotoxiques chez le rat. Connues depuis plusieurs dizaines d'années, elles sont toujours considérées comme émergentes car non encore réglementées au niveau européen, les niveaux de toxicité ayant été jugés assez faibles par rapport au niveau de contamination et de consommation. Cependant les travaux des 10 dernières années demandés à l’EFSA par la commission européenne ont donné lieu à la recommandation (UE) 2022/553 de la commission du 5 avril 2022 sur le contrôle de la présence de toxines d’Alternaria dans les denrées alimentaires et laissent présager une future réglementation qu’il vaut mieux anticiper. En effet, les niveaux d’exposition estimés en 2016 par l’EFSA étant pour certaines mycotoxines au-dessus des seuils de préoccupation toxicologique (TTC).

Les objectifs du projet de recherche TOMALT sont d’évaluer le risque de présence de toxines d’Alternaria dans les productions de tomates et d’anticiper la future réglementation européenne en identifiant les points critiques de contamination (par les champignons du genre Alternaria et leurs toxines) afin de mieux les prévenir et maîtriser a) par des bonnes pratiques au sein de la production primaire, b) par l’évaluation de traitements alternatifs aux produits phytosanitaires antifongiques en post-récolte et c) par des procédés de transformation permettant de mieux réduire le risque de présence des toxines dans les produits finis.

Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet TOMALT et vise à mieux comprendre le rôle du sol, des feuilles et des fruits dans la transmission d’Alternaria, en comparant des zones contaminées et non contaminées, à différents stades de maturité. L’approche combinera des analyses de microbiote par métabarcoding, une quantification ciblée d’Alternaria par qPCR, et un dosage des toxines fongiques par HPLC-MS/MS.