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Mise au point d’une méthode de criblage et étude du métabolome des cellules immunitaires par spectrométrie à masse haute résolution LC-HRMS

ABG-5639 Stage master 2 / Ingénieur 6 mois
12/10/2017
CEA centre de Saclay
Saclay Ile-de-France France
  • Biochimie
  • Chimie
spestrometrie de masse, metabolomique, réponse immunitaire
15/11/2017

Établissement recruteur

Situé au CEA dans le 91, l'activité du Laboratoire d'Etudes du Métabolisme des Médicaments (LEMM) repose sur le développement de techniques de chimie analytique (immunoanalyse et spectrométrie de masse), de méthodes de biologie cellulaire et de biologie moléculaire pour la recherche biomédicale dans le cadre de partenariats industriels et académiques.

Description

Laboratoire d’accueil :
Laboratoire d’étude du métabolisme des médicaments (LEMM) au CEA centre de Saclay (91)
(site internet : )

Contexte :
Dans le domaine de la santé, quelle que soit la maladie étudiée, la compréhension de la mise en place d'une réponse immunitaire efficace et l'identification des cellules et molécules impliquées dans cette réponse sont primordiales pour le développement de tests diagnostiques, pronostiques ou de nouveaux traitements. Les facteurs génétiques, l’âge ou l’environnement sont autant d’éléments qui façonnent notre système immunitaire (SI), conférant à chacun une capacité de réponse différente à une infection ou une pathologie donnée. De manière prometteuse, la métabolomique (analyse de l’ensemble des petites molécules <1 kDa) se développe rapidement et tente de répondre aux problèmes que pose cette variabilité interindividuelle. Dans ce contexte, la question est de savoir comment anticiper ces différences de réponses afin d’adapter le traitement prescrit. Lors d’une infection, les cellules du SI sont activées et sont alors le théâtre de changements métaboliques majeurs. Ces dernières années, de nombreuses publications montrent que certains intermédiaires métaboliques jouent un rôle clé dans le processus de mise en place de la réponse immunitaire. A ce jour, aucune étude exhaustive de l’immunométabolome n’a été publiée. Nous proposons donc d’utiliser l’analyse métabolomique par spectrométrie de masse haute résolution afin de cartographier le plus grand nombre de métabolites au sein de cellules sanguines et y déceler les signaux immunologiques spécifiquement émis lors de l’activation du SI.
Objectifs et démarche scientifique :
L’objectif principal de ce stage est d’optimiser et valider une méthode d’analyse LC-HRMS pour cartographier l’ensemble des métabolites concernés par le switch métabolique observé dans les cellules immunitaires activées. Notre modèle sera l’étude comparative des métabolites retrouvés dans des cellules dendritiques stimulées ou non avec le lipopolysaccharide (LPS, connu pour déclencher des réponses immunitaires contre les bactéries gram négatives (E.coli)). Dans un premier temps, il s’agira de valider les paramètres de la méthode instrumentale par LC-HRMS conformément à la démarche du laboratoire tout d’abord sur quelques échantillons (2 donneurs sains) et dans un deuxième temps d’appliquer ce protocole à un plus grand nombre d’échantillons (au moins 10 donneurs sains) afin d’obtenir la cartographie des métabolites impactés lors de l’activation des cellules dendritiques.

Travail demandé :
- Bibliographie sur le sujet
- Traitement des échantillons : extraction des métabolites
- Analyse métabolomique non ciblée par spectrométrie de masse haute résolution HR-LCMS
- Expériences de LC-MS/MS pour valider les annotations des métabolites cartographiés
- Traitement informatique des données obtenues
- Analyse et synthèse des résultats et rédaction du rapport.

Encadrement :
Florence Castelli (PhD Immunologie /spécialisée en métabolomique)

Envoi des candidatures avant le 15 novembre 2017
Contact : 01 69 08 13 18 – florence.castelli@cea.fr

 

Profil

Profil du stagiaire recherché :
- Etudiant en dernière année d’école d’ingénieur ou M2 en chimie analytique ou biochimie
- Compétences techniques recherchées : techniques d’extraction d’échantillons, chromatographie liquide et couplage avec de la spectrométrie de masse, analyse de données OMICS
- Des connaissances en immunologie seraient un plus

Prise de fonction

15/02/2018
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