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Effets d’une inhibition de la méthanisation sur les populations virales de l’écosystème microbien

ABG-84696 Sujet de Thèse
15/04/2019 < 25 K€ brut annuel
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Irstea
Antony - Ile-de-France - France
Effets d’une inhibition de la méthanisation sur les populations virales de l’écosystème microbien
  • Biologie
  • Biotechnologie
  • Ecologie, environnement
écologie virale, métagénomique, approches cellules uniques, diversité, bioinformatique, génomique environnementale, écologie microbienne, écologie moléculaire

Description du sujet

Contexte. Les bioprocédés anaérobies de valorisation des déchets organiques, tels que la méthanisation, reposent sur l’activité catalytique de communautés microbiennes complexes.  Dans l’optique d’améliorer leur efficience, des approches méta-omiques sont régulièrement déployées afin de comprendre finement le déterminisme des performances, en lien avec les paramètres biologiques et écologiques. Toutefois, alors que les virus microbiens sont connus pour être ubiquitaires et pour être des acteurs importants de la structuration et du fonctionnement des écosystèmes, les virus de ces bioprocédés anaérobies n’ont été que très peu étudiés par les approches haut-débit, pourtant adaptées.

Sujet. Le projet de thèse vise à analyser l’effet d’une inhibition de la méthanisation de biodéchets sur les populations virales de l’écosystème, en se basant principalement sur des expériences en laboratoire à plusieurs échelles (microcosmes, pilotes), afin de déterminer si le phénomène d’inhibition peut provoquer une induction significative de virus lysogènes, et ainsi potentiellement aggraver le phénomène d’inhibition. Des approches « cellules uniques » et haut-débit de pointe en écologie moléculaire seront mises en œuvre (epicPCR, cytométrie en flux) afin d’accéder au contenu génétique des virus et de pouvoir identifier leur hôte microbien, une tâche qui reste non-triviale en écologie virale.

Portée du projet. L’écologie virale des bioprocédés anaérobies étant très peu développée, les résultats du projet représenteront un apport de connaissances très significatif sur la diversité et la dynamique virale, dans des conditions opératoires liées à des problématiques de terrain.

Nature du financement

Contrat doctoral

Précisions sur le financement

Le candidat sélectionné sera présenté au concours de l'Ecole Doctorale ABIES

Présentation établissement et labo d'accueil

Irstea

Laboratoire d’accueil : Unité Hydrosystèmes et Bioprocédés (HBAN), équipe Procédés biotechnologiques au service de l’environnement (PROSE), au sein de l’institut de recherche Irstea, à Antony (92). 

Collaboration : Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution (UMR8079), équipe Diversité, Ecologie et Evolution Microbiennes, Université de Paris Sud, à Orsay (91) 

Une collaboration à l’international est également prévue.

Profil du candidat

Le/la candidat(e) devra être titulaire d’un master 2 ou équivalent (au 30 Juin 2019) en microbiologie, écologie microbienne, génomique environnementale ou bioinformatique.

Le candidat devra détenir un excellent dossier académique. Il devra posséder des compétences en microbiologie moléculaire, un goût pour le travail expérimental et de bonnes capacités de réflexion scientifique. Des compétences en bioinformatique, statistique ou programmation seront un avantage.

Enfin, seront aussi recherchées des qualités comme l’autonomie à développer un projet, des aptitudes à travailler au sein d'un collectif et des capacités de communication écrites et orales en anglais.

Date limite de candidature

17/05/2019
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