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Mise au point de la technique de SiRNA chez l’amibe Acanthamoeba castellanii

ABG-87357 Stage master 2 / Ingénieur 6 mois 568,76
10/09/2019
Laboratoire EBI, UMR CNRS 7267 / Université de Poitiers
Poitiers Nouvelle Aquitaine France
  • Biologie
amibes, siRNA
31/10/2019

Établissement recruteur

Le laboratoire d’Écologie et Biologie des Interactions (EBI) est une Unité Mixte de Recherche (UMR CNRS 7267) de l’Université de Poitiers. L’Unité, rattachée à l’Institut Ecologie et Environnement (InEE) du CNRS, a été créée en 2012 et renouvelée en 2018. Les membres des trois équipes qui constituent le laboratoire, Ecologie, Evolution, Symbiose (EES), Sucres & Echanges Végétaux-Environnement (SEVE) et Microbiologie de l’Eau (MDE), développent des thématiques de recherche portant sur les interactions entre espèces hôtes, microorganismes et facteurs du milieu. Ces thèmes sont abordés par une approche intégrée qui va de la molécule à l’organisme et jusqu’aux écosystèmes. Nos modèles d’études sont extrêmement divers puisqu’ils correspondent aux divers types de microorganismes (du virus aux champignons en passant par les bactéries) en interaction avec différents modèles : plantes, arthropodes ou amibes. Les travaux de recherche de l’UMR ont pour but d’apporter des réponses aux grandes problématiques liées à la fois au changement climatique global, aux conséquences des activités humaines sur l’environnement et à leurs effets, directs ou indirects, sur la santé. Dans une approche plus finalisée, ces recherches permettent également de développer des technologies éco-innovantes.

Description

 

Les amibes libres sont des protozoaires répartis de façon ubiquitaire dans l'environnement. Elles se nourrissent de bactéries qu'elles phagocytent puis digèrent. Toutefois, de nombreuses bactéries pathogènes résistent à la digestion amibienne. Elles survivent et prolifèrent à l'intérieur de l'amibe avant d'induire la lyse de la cellule hôte. Les bactéries qui en résultent présentent un phénotype plus résistant et plus virulent. Les amibes libres servent donc de réservoir et de vecteur pour de nombreuses bactéries pathogènes. L'association entre les amibes et les bactéries peut donc représenter un problème majeur de santé publique.

Les amibes libres ont un cycle de vie qui oscille entre une forme végétative, lorsque les conditions sont favorables, appelée "trophozoïte" et une forme de résistance appelée "kyste". L'utilisation de biocides dans le traitement de l'eau élimine les trophozoïtes et sélectionne les amibes en kystes. Cette forme permet la survie de l'amibe jusqu'à ce que les conditions redeviennent favorables (présence de nutriments, osmolarité et pH adéquats, ...).  De nombreuses études ont montré la présence de bactéries à l'intérieur des kystes. Ainsi, en plus de leur rôle dans la prolifération bactérienne, les amibes libres protègent les bactéries contre les traitements anti-microbiens. Une meilleure connaissance des fonctions amibiennes est donc nécessaire pour l'élimination des bactéries et de leurs hôtes amibiens.

 

L’étude de la physiologie des amibes libres se heurte à la difficulté à manipuler génétiquement ces organismes. Il existe peu de transfectants lipidiques efficaces contre les amibes ; à ce jour, seuls deux plasmides sont disponibles et les expériences d’interférence à l’ARN (comme le siRNA), bien que rapportée dans la littérature, sont difficiles à reproduire.

 

Comment réprimer l’expression de gènes d’amibes libres ? Quelles sont les données présentent dans la littérature ? Comment mettre au point une technique d’inhibition de l’expression génique (reproductible) par si, mi, ou sh RNA ? Voilà les principales questions associées à ce stage. Nous utiliserons l'amibe Acanthamoeba castellanii dont le génome a été séquencé. 

 

 

Profil

L'étudiant devra avoir une bonne connaissance de la physiologie des cellules eucaryotes; de la culture cellulaire et du système d'interférence à l'ARN (siRNA).

Prise de fonction

06/01/2020
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