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Chercheur en génétique des microorganismes pathogènes (H/F)

ABG-87365 Emploi Confirmé
11/09/2019 CDI Salaire à négocier
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Ifremer
La Tremblade - Pays de la Loire - France
Biologie
agents pathogènes, mollusques marins, génétique
04/10/2019
Recherche et Développement

Employeur

Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer, l’Ifremer, a pour mission de contribuer à la connaissance des océans et de leurs ressources, à la surveillance du milieu marin et littoral et au développement durable des activités maritimes. L’Ifremer est source de connaissance, d’innovation, de données de surveillance et d’expertise pour le monde de la mer, à la fois en matière de politique publique et d’activité socio-économique. Il est la seule structure de ce type en Europe.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), placé sous la tutelle conjointe du ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, du ministère de la Transition écologique et solidaire et du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.

L'Institut est structuré en quatre composantes principales :

une composante scientifique et technologique organisée en quatre départements ;

l’appui à la recherche organisé en cinq directions fonctionnelles (ressources humaines, affaires juridiques et financières, innovation, communication, affaires internationales et européennes) et en une agence comptable ;

une composante territoriale organisée en cinq centres (Bretagne, Méditerranée, Mer Manche du Nord, Atlantique, Pacifique) ;

la direction de la flotte océanographique française en charge de cette très grande infrastructure de recherche.

Aujourd’hui, l’Institut compte environ 1 500 collaborateurs.

Poste et missions

La structure d’accueil
 

Les principaux objectifs de l’unité SG2M sont centrés sur l’acquisition de connaissances dans les domaines de (1) l’amélioration génétique, du contrôle des performances et de la santé des espèces d’intérêt en aquaculture marine avec une spécificité pour les mollusques marins et (2) la qualité sanitaire du milieu côtier littoral et des zones de production de coquillages, en lien avec la santé publique, le changement climatique et l’aménagement durable.

Au sein de l’unité SG2M, le Laboratoire de Génétique et Pathologie des Mollusques Marins (LGPMM) situé à la station de La Tremblade mène des projets relatifs à : 1) l’étude des maladies affectant les mollusques marins, et 2) la connaissance des génomes, la domestication et l’amélioration des bivalves.

Placée sous la responsabilité du chef du laboratoire, la personne recrutée développe des projets de recherche dans un objectif d’une meilleure compréhension des processus évolutifs des agents pathogènes affectant les mollusques marins, tout particulièrement en explorant les processus de transmission des informations génétiques chez ces agents dans un contexte environnemental complexe et changeant.



Missions principales
 

Elle/il développe plus particulièrement des travaux scientifiques sur les génomes d’agents infectieux affectant les mollusques marins, plus particulièrement viraux et parasitaires : leur structuration, les processus de transmission et d’échange de matériel génétique sous-tendant leur plasticité/diversité génétique et les interactions complexes entre ces processus et les facteurs extrinsèques impliquant les hôtes, l’environnement marin et leur propre variabilité.

Elle/il participe à des travaux scientifiques en collaboration avec les chercheurs du laboratoire LGPMM ciblant :

Les dynamiques de dispersion des agents pathogènes affectant certaines espèces de bivalves ;

La compréhension des déterminants génétiques de la virulence des agents pathogènes et son l’évolution en lien avec l’évolution de la résistance des hôtes.



Activités principales
 

Décrire et étudier la structure et la plasticité des génomes d’agents infectieux affectant les mollusques marins (virus et parasites en particulier)

Participer à la compréhension de processus génétiques à l’origine de la diversité de ces agents

Identifier le déterminisme génétique de la virulence d’agents pathogènes d’intérêt.

Comprendre comment la diversité génétique des microorganismes est impacté par les processus démographiques liée aux infections et les pressions de sélection de l’hôte (ou autre).

Développer et coordonner des projets de recherche, en particulier en répondant aux appels d’offre nationaux et internationaux

Valoriser les résultats scientifiques par la rédaction d’articles à comité de lecture et de rapports

Participer à la formation à la recherche par la recherche d’étudiants (Master, doctorant(e)s) et à l’accompagnement de post-doctorant(e)s et personnels techniques.

Répondre aux appels d’offre nationaux et internationaux

Concevoir et conduire des expérimentations en lien avec les hypothèses formulées

Participer à des réseaux scientifiques



Champs relationnel
 

En interne : SG2M, IHPE, LEMAR, cellule bio-informatique, …

En externe : IRBI (université de Tours), Institut Pasteur, EBI (université de Poitiers), …

 

Mobilité géographique :

Nationale

Profil

Profil recherché

Doctorat dans les domaines de la génétique avec une sensibilité en biologie évolutive

Maîtrise de la génétique des agents infectieux (virus / parasites)

Expérience post doctorale souhaitée

Expérience souhaitée en enseignement et encadrement



Compétences mises en œuvre
 

Compétences techniques / métiers

Maitrise des concepts (et des outils) en génétique des populations et quantitative

Culture générale sur les différentes thématiques en HTS (génotypage par séquençage, annotations fonctionnelles et appui en métabarcoding), approches de novo avec génome de référence

Bio-statistique (connaissances des formats utilisés en génomique) ou bonne bases en programmation et langages plus spécifiques (R, Python)

Expérience souhaitée sur cluster de calcul

Maîtrise de l'anglais oral et écrit (rédactions d’articles et présentations orales de résultats)

Capacités de coordination de projet

Capacités rédactionnelles

 

Qualités personnelles

Rigueur

Autonomie et esprit d’initiative

Aptitude au travail d’équipe et au travail transdisciplinaire,

Capacités de communication, de valorisation des résultats

Dynamisme, curiosité, capacité à se former

 

Travail de terrain.

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