Où docteurs et entreprises se rencontrent
Menu
Connexion

Vous avez déjà un compte ?

Nouvel utilisateur ?

Développement d’un pipeline de post-traitement des images échographiques 3D dynamiques de cerveau

ABG-90993 Stage master 2 / Ingénieur 6 mois 500
24/03/2020
Logo de
Laboratoire CarMeN
Lyon Auvergne-Rhône-Alpes France
  • Sciences de l’ingénieur
  • Santé, médecine humaine, vétérinaire
Echographie, traitement de l’image, perfusion, neurosciences
30/06/2020

Établissement recruteur

Le laboratoire CarMeN est un laboratoire de recherche biomédicale dans le domaine des maladies métaboliques, de l’obésité, du diabète de type 2 et de leurs complications cardiovasculaires (infarctus du myocarde, accident vasculaire cérébral), de l’insuffisance rénale et des dyslipidémies.

En regroupant environ 180 chercheurs, enseignants et hospitaliers et en favorisant des interactions fortes entre la recherche cognitive et la recherche biomédicale et clinique, les objectifs du laboratoire CarMeN sont d’améliorer la connaissance de ces maladies graves et d’identifier de nouvelles stratégies thérapeutiques et préventives pour une meilleure prise en charge des patients.

Description

Contexte

 

L’accident vasculaire cérébral (AVC) est l’une des premières causes de mortalité dans le monde et la première cause de handicap acquis chez l’adulte. Dans la majorité des cas, il est d’origine ischémique c’est-à-dire qu’il provient de l’occlusion d’une artère cérébrale par un thrombus. Actuellement il n’existe pas de traitement en dehors de la recanalisation (le fait de déboucher l’artère) en urgence. Le but de la recherche thérapeutique dans ce contexte est de diminuer la taille de la région cérébrale endommagée afin de limiter les dommages cognitifs et moteurs. Pour chaque individu, dans un but de normalisation, il est nécessaire d’estimer la taille de la zone à risque de nécrose avant l’administration du traitement, c’est-à-dire la région présentant une chute sévère de débit sanguin cérébral (ou ‘perfusion cérébrale’) pendant l’occlusion artérielle. Pour cela, nous avons proposé, de manière originale, d’utiliser l’imagerie de perfusion à l’aide de l’échographie réhaussée par les microbulles.

 

L’objectif global du projet est de calculer la taille de la zone à risque de nécrose suite à une occlusion artérielle cérébrale à l’aide d’un appareil d’imagerie échographique de dernière génération. Des cerveaux présentant un AVC ont été échographiées afin de visualiser les flux sanguins et de mesurer la taille de la zone à risque en 3 dimensions (3D) grâce à différents types d’imagerie (B-mode, doppler color, imagerie de contraste dynamique avec injection de microbulles). Au-delà de l’analyse visuelle des résultats, nous avons besoin de pouvoir quantifier la zone présentant un hypodébit de manière automatique et reproductible et de la comparer avec la zone finale de nécrose qui a été mesurée à 24h post-AVC.

 

Objectif

 

Développer un pipeline de post-traitement des images échographiques dynamiques multicoupes pour déterminer la zone à risque de nécrose grâce à l’évaluation de la perfusion dans un cerveau présentant un AVC, de manière automatique, reproductible et conviviale.

 

Méthodologie

 

 

Le pipeline de post-traitement des images échographiques devra comprendre : 1) un test de qualité des données ; 2) un recalage des images dans le temps ; 3) un pré-traitement des images permettant le filtrage du bruit dans l’espace et/ou dans le temps ; 4) l’extraction des courbes pixel à pixel ou dans des régions d’intérêt ; 5) l’estimation d’indice de perfusion à partir de ces courbes ; 6) le calcul et le seuillage des cartographies de perfusion pour la segmentation des régions à risque de nécrose. L’objectif du stage est aussi de déterminer le paramètre de perfusion qui prédit le mieux les régions effectivement nécrosées à 24h post-AVC. L’ensemble de ces étapes pourra être réalisé à l’aide du logiciel de post-traitement de l’échographe et/ou à l’aide d’outils d’analyses d’images disponibles au laboratoire : ImageJ, Matlab, AMIRA. Les acquisitions ont déjà eu lieu et les données sont donc immédiatement disponibles.

 

Résultats attendus

 

A l’issue du stage, nous devrons disposer d’un pipeline d’analyse d’images échographiques convivial et validé nous permettant de réaliser des études de neuroprotection pré-cliniques à grande échelle dans le cadre la recherche de nouveaux traitements médicamenteux de l’AVC.

Profil

Niveau Master 2 ou 5ème année d'école d'ingénieur (satge de fin d'étude) dans le domaine du traitement de l'image et du signal et/ou de l'imagerie médicale. Analyse d’images 3D + temps, filtrage, recalage, segmentation. Codage en langage interprété (type Matlab). Intérêt pour les neurosciences. Autonomie, dynamisme, curiosité.

Prise de fonction

01/09/2020
Partager via
Postuler
Fermer

Vous avez déjà un compte ?

Nouvel utilisateur ?

Besoin d'informations ?

Vous souhaitez recevoir une ou plusieurs lettres d’information de l’ABG. Chaque mois des actualités, des offres, des outils, un agenda…

item1
Ils nous font confiance