Biomarqueurs des effets de la contamination chimique chez des coraux d’eau froide et leurs espèces associées

L’Ifremer est l’institut français de recherche entièrement dédié à la connaissance de l’océan. Par ses recherches scientifiques et technologiques, ses innovations et ses expertises, l’Ifremer contribue à protéger et restaurer l’océan, à gérer durablement les ressources et milieux marins, et à partager des données et informations marines. L’Ifremer s’engage dans des initiatives et programmes scientifiques de portée nationale, européenne et internationale.

Contexte général et problématique scientifique
Jusqu’à présent, l’étude de la contamination chimique du milieu marin et de ses effets sur les organismes
s’est principalement intéressée à la zone côtière, voire la zone du plateau continental (e.g. Burgeot et al
2017, Vethaak et al 2017).
Les environnements profonds sont eux, largement inexplorés au regard de la contamination chimique et
de ses effets. Par exemple, dans le golfe de Gascogne, quelques études sur des organismes méso- et
bathy-pélagiques montrent que ces environnements peuvent être exposés à la contamination chimique
à des niveaux parfois proches de ceux retrouvés à la côte (Chouvelon et al., 2022, Munschy et al 2022,
Romero-Romero et al., 2017). Ces études parmi d’autres soulignent le besoin urgent d’accroître les
connaissances sur le devenir et l’impact des contaminants chimiques sur les organismes au niveau de ces
environnements profonds (Sanganyado et al., 2021). L’exploration de la contamination des
environnements profonds est à poursuivre, ainsi que les possibles effets de la contamination sur ces
organismes (Sanganyado et al., 2021). Les méthodes d’évaluation développées à la côte chez des espèces
sentinelles nécessitent d’être testées ou adaptées à des organismes profonds qui sont moins connus.
Le canyon de Lampaul fait partie des sites suivis dans le cadre du projet Européen MarHa (Marine
Habitats) qui vise à améliorer l’état de conservation des habitats marins en alimentant les connaissances
des sites Natura 2000 au large. Il se situe à 900 m de profondeur à l’ouest de la Bretagne et est colonisé
par des coraux d’eaux froides qui sont observés par le dispositif Marley (Monitoring deep sEa coRaL
EcosYstem) depuis Aout 2021. Lors de la campagne en mer CheReef 23
(https://doi.org/10.17600/18003189), pour la maintenance de cet observatoire, des coraux d’eaux
froides et des espèces associées aux coraux ou vivant dans leur environnement (e.g. polychaete, bivalves)
ont été prélevés pour caractériser la contamination chimique de cet environnement profond et ses
possibles effets sur les organismes.

Objectifs
L’objectif de ce stage sera en particulier de 1) réaliser un état de l’art des connaissances disponibles sur
une sélection d’espèces prélevées dans le canyon (écologie, physiologie, données génomiques
disponibles, biomarqueurs des effets de la contamination chimique déjà développés chez ces espèces) 2)
sélectionner un panel de paramètres biologiques à mesurer au regard de la recherche bibliographique, et
tester les protocoles identifiés sur les échantillons prélevés 3) analyser les données et identifier les
challenges/futurs développements à mettre en place.

Missions attendues et profil du candidat
Il est attendu du/de la stagiaire les missions suivantes :
- Rédaction d’un rapport bibliographique sur les connaissances actuelles sur ces espèces peu
étudiées et concluant sur les premiers protocoles à tester.
- Analyses de biomarqueurs chez une sélection d’espèces du canyon le Lampaul
- Rédaction du rapport final avec méthode optimisée et identification des améliorations
envisagées.

Compétences demandées :
- Bonnes connaissances théoriques et pratiques en écotoxicologie et biologie moléculaire
- Bases en biostatistiques, Utilisation du logiciel R
- Aisance à la rédaction
- Créatif, curieux, enthousiaste.

Contrat :
Positionnement du stage : Ifremer Nantes, Unité Contamination Chimique des Ecosystèmes Marins (RBECCEM)
Niveau du stage : Master 2
Durée du stage : 6 mois
Gratification : autour de 700 € mensuel

Compétences demandées :
- Bonnes connaissances théoriques et pratiques en écotoxicologie et biologie moléculaire
- Bases en biostatistiques, Utilisation du logiciel R
- Aisance à la rédaction
- Créatif, curieux, enthousiaste.