Dynamique de la chromatine et reprogrammation transcriptionnelle pendant la germination // Chromatin dynamics and transcriptional reprogramming during the developmental transition from seed to seedling

L'organisation de l'ADN en chromatine essentielle pour la structure le génome et la régulation génique subit des remaniements majeurs lors des transitions développementales, telles que le passage de la graine quiescente à la plantule. Considérant l'importance de la germination des graines dans l'agriculture, comprendre comment l'organisation de la chromatine influence cette transition développementale représente un enjeu agronomique majeur. Ce projet vise à obtenir une vision intégrée des changements dans l'organisation de la chromatine au cours de la transition de la graine à la plantule, du niveau nucléosomal à l'architecture 3D du noyau. Pour ce projet, le candidat combinera des données NGS existantes (Hi-C, ChIP-seq de modifications des histones et RNA-seq) et de nouvelles données sur la dynamique des variants d'histones (dépôt/éviction), pendant la transition de la graine à la plantule. L'analyse comparée de graines sauvages et de mutants dépourvus de chaperonnes d'histones (HIRA, FACT) requises pour le dépôt des différents variants d'histones, permettra d'élucider leur rôle respectif dans la dynamique des histones.
Ce projet permettra de mieux comprendre les mécanismes essentiels qui assurent la maintenance des marques épigénétiques et leurs reprogrammations au cours de la germination, une transition développementale clé des plantes.
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The organization of DNA into chromatin, essential for genome structure and gene regulation, undergoes major changes during developmental transitions, such as the transition from the quiescent seed to the seedling. Given the importance of seed germination in agriculture, understanding how chromatin organization influences this developmental transition represents a major agronomic challenge. This project aims to provide an integrated view of changes in chromatin organization during the seed-to-seedling transition, from the nucleosomal level to the 3D architecture of the nucleus. For this project, the candidate will combine existing NGS data generated by the team (Hi-C, ChIP-seq of histone modifications and RNA-seq) and new data on the dynamics of histone variants (deposition/eviction), during the seed-to-seedling transition. Comparative analysis of wild-type seeds and mutants lacking the histone chaperones (HIRA, FACT) required for the deposition of different histone variants, will elucidate their respective roles in histone dynamics.
This project will provide a better understanding of the essential mechanisms that ensure inheritance of epigenetic marks and their reprogramming during germination, a key developmental transition in plants.
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Début de la thèse : 01/10/2025
WEB : https://www.igred.fr/en/team/chromatin-and-3d-nuclear-dynamics-coded/

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

Université Clermont Auvergne

65 Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement

- Diplôme de Master 2 classé parmi les 50% des meilleurs étudiants, avec une note d'au moins 12/20. - Nous recherchons un(e) étudiant(e) très motivé(e), soit avec une solide formation en bio-informatique et un intérêt pour les questions biologiques, soit un(e) biologiste moléculaire ayant un intérêt marqué pour l'acquisition et l'application de compétences en bio-informatique. - Bonne capacité de communication (orale et écrite) en anglais (C1).
- Master 2 diploma being classed among the best 50% of the students, with a grade of at least 12/20. - We are looking for a highly motivated student either with a strong background in bioinformatics and interest in biological questions or a molecular biologist with a strong interest to acquire and apply bioinformatic skills. - Good communications skills (spoken and written) in English (C1).