Etude de la biologie des ARN chez des plantes soumises à des stress abiotiques par des approches de séquençage basées sur des lectures longues // Study of RNA biology in plants under abiotic stress using long reads-based sequencing approaches

Le séquençage direct de l'ARN par la technologie d'Oxford Nanopore (ONT-DRS) a révolutionné le domaine de la biologie des ARN. Il est désormais possible de séquencer des molécules d'ARN uniques sur toute leur longueur, ce qui permet de déterminer avec précision leurs diversités dans diverses conditions physiologiques. Grâce à l'utilisation de méthodologies spécifiques de « basecalling », l'ONT-DRS peut aussi cartographier avec précision les modifications post-transcriptionnelles des ARN (épitranscriptomique). L'ONT-DRS et les pipelines bioinformatiques sont basés sur des technologies de pointe en constante évolution. Dans le cadre de ce projet de thèse, l'équipe Epi2Trans du LGDP à l'université de Perpignan Via Domitia (UPVD) est associée à l'unité d'épigénétique des plantes du professeur Hidetoshi Saze à l'Okinawa Institute of Science and Technology (OIST) au Japon (projet IEA CNRS « EpiSplice ») pour décrypter la complexité de l'épissage des ARN et de l'épitranscriptomique chez deux espèces végétales (Arabidopsis thaliana et Solanum lycopersicum, tomate) soumises à des stress abiotiques, comme la chaleur.
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Oxford Nanopore Technologies-based Direct RNA Sequencing (ONT-DRS) has revolutionized the field of RNA biology. It is now possible to sequence full length single RNA molecules, allowing to precisely determine transcriptome diversity in any growing conditions. In addition, through the use of specific basecalling methodologies, ONT-DRS can precisely map post-transcriptional modifications occurring on RNA molecules (epitranscriptomic). ONT-DRS and downstream bioinformatic pipelines are based on fast-evolving technologies. In this PhD project, the team Epi2Trans at LGDP in the University of Perpignan associated with the Plant Epigenetic Unit led by Hidetoshi Saze at OIST Okinawa Japan (« EpiSplice » IEA CNRS research project) propose to decipher the complexity of RNA splicing and epitranscriptomics in model plant species (Arabidopsis thaliana et Solanum lycopersicum, tomato) that are subjected to abiotic stresses, such as heat.
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Début de la thèse : 01/10/2025
WEB : https://lgdp.univ-perp.fr/recherche/equipe-regulations-epigenetiques-de-la-transcription-et-des-transposons

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

Université de Perpignan Via Domitia

305 Energie et Environnement

intérêt pour la bioinformatique Biologie moléculaire
interest in bioinformatics Molecular biology