Doctorat (PhD) en biologie moléculaire, génétique et génomique fonctionnelle

Les intérêts de recherche du laboratoire s’articulent autour de la compréhension des mécanismes génétiques et moléculaires impliqués dans le développement et la progression des maladies cardiovasculaires, notamment la sténose aortique, les maladies de la valve mitrale et la maladie coronarienne. Longtemps perçue comme une succession d’évènements passifs liés au vieillissement, ces pathologies découlent d’un processus cellulaire complexe menant à l’altération de mécanismes moléculaires et/ou épigénétiques dérégulant ainsi le programme transcriptionnel. Dans ce contexte, plusieurs stratégies expérimentales et analytiques font l’objet d’une attention particulière au sein du laboratoire.  

Identification d’acteurs moléculaires impliqués dans la physiopathologie des maladies cardiovasculaires. En travaillant sur les ARN non codants long et les régions régulatrices du génome (promoteurs, enhancers) nous cherchons à déterminer comment ces régulateurs participent à l’établissement d’un phénotype pathologique, et les conséquences de la dérégulation de leurs gènes cibles sur la fonction biologique. Pour répondre à ces objectifs, nous utilisons des modèles de culture cellulaire (lignées et primaires) combinés à des approches de génomiques (CRISPR/Cas9/Cas13 et CRISPR-sceen, RNA-seq, csRNA-seq, RIP, MPRA, ChIP-seq, HiC/HiChIP, single-cell RNA-seq, ATAC-seq) ainsi que l’analyses des données qui en découlent.

Approche multimodale visant à comprendre la génétique des maladies cardiovasculaires. L'intégration des QTL d'expression et de protéines aux données d’études d’association pangénomique (GWAS) permet l'inférence causale par randomisation mendélienne (RM). En utilisant la RM, nous nous intéressons à la manière dont l'inférence causale peut aider à identifier les principaux gènes causaux de la maladie dans les voies prioritaires du réseau. Parallèlement nous intégrons des données multidimensionnelles (RNA-seq, ChIP-seq, HiC/HiChIP, scRNA-seq, etc.) qui permettent d’identifier les réseaux d’expression de gènes impliqués dans le développement de cette maladie. Nous mettons également en lumière de nouveaux marqueurs de la pathologie, ainsi que de nouvelles voies de régulation en mettant en œuvre des algorithmes informatiques permettant en bout de ligne de mieux définir les molécules à visée thérapeutique.

Le laboratoire du Dr Patrick Mathieu est à la recherche d’étudiants dynamiques et motivés pour se joindre à son équipe afin de réaliser une thèse de doctorat axé sur la compréhension des mécanismes génétiques et moléculaires impliqués dans le développement des maladies cardiovasculaires. Le laboratoire du Dr Mathieu est affilié à l’Université Laval et est situé à l’Institut de Cardiologie et de Pneumologie de Québec (IUCPQ), centre qui regroupe des axes de recherche en cardiologie, en pneumologie et en obésité/métabolisme, trois sphères à fort impact économique et sociétal considérant les maladies qui y sont liées. De par son expertise en traitement des maladies cardiovasculaires, l'IUCPQ procure à notre équipe de recherche une ressource unique et précieuse de cellules primaires, mises en culture à partir de tissus cardiaques provenant de patients opérés.

Qualifications:

Avoir obtenu un diplôme de master dans l’un des domaines suivants ou équivalent : Sciences biomédicales, Biologie, Biochimie, Microbiologie, Bio-informatique.

Le ou la candidate recherché(e) devra posséder :

• De fortes connaissances théoriques en biologie cellulaire et moléculaire;
• De solides compétences en travail de laboratoire (EX: qRT-PCR, western blot, culture cellulaire, ChIP, etc.)
• Un esprit analytique et qui aime résoudre des problèmes complexes;
• De très bonnes aptitudes en rédaction et présentation : anglais et français.

Seront favorisés les candidats possédant également : 

• Des compétences ou fort intérêt pour la bio-informatique et l’analyse des données génomique (e.g. ChIP-seq, ATAC-seq, GWAS, RNA-seq, génome 3D)
• Des compétences en programmation (Bash, R, Python)

Qualités recherchées :

• Personne hautement dynamique, rigoureuse, responsable et engagée;
• Bonne autonomie et polyvalence;
• Bonnes aptitudes à travailler en équipe.

Pour plus de renseignements :

• Centre de recherche de l’Institut de Cardiologie et de Pneumologie de Québec-Université Laval: https://iucpq.qc.ca/fr/recherche
• Programme de PhD en Médecine Moléculaire de l’Université Laval: https://www.ulaval.ca/etudes/programmes/doctorat-en-medecine-moleculaire#presentation-generale&recherche-domaine
• Site web du laboratoire Patrick Mathieu : https://www.patrickmathieulab.ca/