Thèse Connectivité Génétique Entre Structures Anthropiques Marines et Habitats Naturels chez les Moules et les Ciones H/F

Date limite de réception des candidatures : 17/06/25

L'unité ASIM (Adaptation et Santé des Invertébrés Marins, https://asim.ifremer.fr/Presentation), implantée à la station Ifremer de La Tremblade, s'intéresse à la santé des espèces d'intérêt en aquaculture marine, avec une attention particulière portée aux mollusques bivalves. Elle développe une expertise reconnue sur les interactions entre ces espèces et leurs organismes pathogènes associés, ainsi que sur les bases génétiques des réponses adaptatives mises en oeuvre dans un environnement ouvert et en constante évolution. Ses travaux s'articulent principalement autour de trois axes : 1) décrire la diversité des invertébrés marins et des micro-organismes pathogènes ; 2) comprendre les interactions entre invertébrés, agents pathogènes et facteurs environnementaux ; 3) anticiper l'émergence de nouvelles maladies ou de formes innovantes d'invertébrés marins.

Résumé de la thèse

Cette thèse de doctorat s'inscrit dans le cadre du projet GreyCo (Grey Connectivity, 2024-2028). Ce projet vise à mieux comprendre la "trame grise" de connectivité entre structures artificielles, dans un contexte d'urbanisation marine croissante, marqué par le développement de ports, de zones de mytiliculture et de parcs éoliens offshore (https://asim.ifremer.fr/Projets/Projets-en-cours/GREYCO-2024-2028).

L'objectif principal de cette thèse est d'évaluer les dynamiques génétiques liées à l'anthropisation des environnements marins, notamment en termes de connectivité génétique, pour deux complexes d'espèces benthiques emblématiques de la colonisation des substrats artificiels : les moules marines (Mytilus edulis et M. galloprovincialis) et les ascidies (Ciona robusta et C. intestinalis).

La question centrale est de savoir dans quelle mesure ces nouvelles structures artificielles modifient les flux de gènes entre populations : facilitent-elles la rencontre de lignées auparavant isolées ? Créent-elles des habitats relais favorisant la dispersion d'individus entre ports, bouées, éoliennes et milieux naturels (estran) ? Pour répondre à ces questions, des échantillons seront collectés sur différents types de sites (anthropisés et naturels), puis génotypés à l'aide de trois approches complémentaires : génotypage d'une dizaine de marqueurs SNPs diagnostiques par la méthode KASP sur l'ensemble des individus échantillonnés, puces de génotypage 60K SNP sur un sous-échantillonnage, et enfin séquençage de quelques génomes complets phasés par la technique haplotagging sur les individus les plus informatifs, couvrant ainsi un gradient de résolution croissante en termes de marqueurs moléculaires.

Après traitements bioinformatiques, les données permettront d'identifier les lignées et/ou l'origine des individus et de reconstruire les trajectoires évolutives à partir des profils génétiques (hybridation, admixture, introgression). Les analyses de génétique des populations (indices de diversité et de différenciation génétique, ACP, STRUCTURE, scans génomiques de différenciation, détection d'hybrides, inférences d'ancestrie...) permettront d'évaluer la connectivité entre les différents habitats et d'identifier les potentiels corridors de dispersion créés par les nouvelles infrastructures artificielles.



Conditions de travail

Vous serez supervisée.e par la coordinatrice du projet, Florentine Riquet (ASIM-Ifremer), ainsi que par Nicolas Bierne (CNRS - ISEM), chercheurs en écologie évolutive. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les partenaires du projet GreyCo (ASIM-Ifremer, ISEM-UM, Sebimer-Ifremer, Dyneco-Ifremer, Open-C, ULCO).

Vous recevrez une formation transdisciplinaire en acquérant une large gamme de compétences techniques dans de nombreuses disciplines (biologie moléculaire, évolution, écologie, bioinformatique) et en interagissant avec les différents partenaires, des experts de renom dans leur domaine de recherche. Il/elle participera activement aux différentes activités de diffusion et sera encouragé(e) à assister à des conférences internationales.

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète

Des abysses à la surface, de la côte au large, l’Ifremer est l’institut de recherche français entièrement dédié à l’Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.

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Les candidats devront détenir un Master dans un domaine pertinent (Génétique, Évolution).

Compétences techniques / métiers
- Biologie moléculaire : extraction d'ADN, quantification, compréhension des différentes techniques de séquençage utilisées
- Bioinformatique, et traitement des données (génomique des populations)
- Solides compétences en rédaction

Qualités personnelles
- Autonomie et rigueur
- Facilité de communication
- Curiosité et esprit d'initiative
- Capacité à travailler en équipe
- Capacité de synthèse