Thèse Contaminants Organiques Hydrophobes d'Intérêt Émergent dans les Organismes Marins du Bassin d'Arcachon Occurrence et Impact H/F

Date de clôture de réception de candidatures : 17/06/2025

Qui sommes-nous ?

Au sein de l'Ifremer, institut de référence sur la recherche scientifique marine, l'unité Contamination Chimique des Ecosystèmes Marins (CCEM - https://ccem.ifremer.fr) développe des recherches sur la caractérisation de l'exposome chimique océanique et son impact sur les espèces marines. Ses objectifs sont notamment de comprendre la dynamique des contaminants chimiques dans le milieu marin, d'étudier leur transfert vers et dans les organismes marins, leurs effets biologiques, et d'évaluer la qualité du milieu marin et le risque chimique. Participant à plusieurs projets français et internationaux, l'unité CCEM dispose d'une expertise reconnue dans l'étude des sources, du devenir et des effets des contaminants organiques hydrophobes, dans des laboratoires équipés de moyens instrumentaux et préparatoires de pointe.

L'équipe encadrante, composée de Y. Aminot et A. Barranger à CCEM (Ifremer, Nantes) et de P. Labadie (UMR EPOC, Bordeaux) dispose ainsi d'une expertise reconnue sur les missions au coeur de la thèse. Les travaux s'intègrent dans un projet de recherche soutenu par le Parc Naturel Marin du Bassin d'Arcachon (office français de la biodiversité, OFB).

Quel est le sujet de la thèse ?

Parmi la diversité de molécules organiques composant l'exposome chimique des organismes marins, les substances per- et polyfluoroalkylées (PFAS) et les esters d'organophosphate (OPE) sont des contaminants d'intérêt émergent à la persistance, la bioaccumulation et l'écotoxicité préoccupantes. La biosurveillance de ces contaminants mise en oeuvre par l'Ifremer a révélé leur caractère ubiquiste le long des côtes françaises, et notamment dans le Bassin d'Arcachon, le site d'étude de cette thèse. Remarquable par sa richesse écologique, cette lagune subit néanmoins diverses pressions anthropiques qui peuvent affecter son équilibre. Le fond de bassin, avec un faible taux de renouvellement des eaux, est davantage vulnérable aux pressions en provenance des bassins versants (agriculture, rejets urbains) tandis que ses côtes sont soumises aux pressions liées aux activités de nautisme, conchyliculture, pêche, tourisme, etc.

Afin de mieux comprendre l'occurrence, le devenir dans les réseaux trophiques et l'impact des PFAS et des OPE, vos objectifs seront de : (1) évaluer l'imprégnation des espèces représentatives du bassin d'Arcachon ; (2) examiner leur transfert trophique éventuel ; (3) étudier les effets de ces contaminants chimiques sur deux espèces d'intérêt écologique et commercial, le bar européen Dicentrarchus labrax et l'huître creuse Crassostrea gigas

Quelle sera votre mission ?

Pour répondre aux objectifs listés précédemment, vous mènerez l'échantillonnage des espèces emblématiques du Bassin d'Arcachon et vous analyserez les contaminants chimiques (PFAS, OPE) présents dans ces organismes à l'aide de méthodes ciblées préalablement validées, basées sur l'extraction, la purification des échantillons, la chromatographie liquide et la spectrométrie de masse. L'étude de l'éventuel transfert trophique permettra de révéler le comportement des composés d'intérêt dans cet écosystème côtier.

Vous développerez et mettrez également en oeuvre des approches in vitro de cultures cellulaires afin d'évaluer d'une part la toxicité et les mécanismes d'action de ces composés à l'aide d'approches moléculaire et cellulaire, et d'autre part de caractériser la biotransformation des composés d'intérêt.

L'ensemble de ces données permettra de mieux caractériser les vulnérabilités du Bassin d'Arcachon vis-à-vis des contaminants étudiés, fournissant ainsi aux gestionnaires des données robustes permettant une gestion durable des milieux.

Inscrit dans le contexte mondial d'acquisition de données sur la contamination globale par les contaminants émergents, et le développement d'outils innovants d'évaluation des effets des contaminants, le projet de thèse adresse les questions essentielles en biogéochimie et en écotoxicologie d'évaluation de la contamination et du perfectionnement des méthodes.

Cette thèse vous offrira ainsi l'opportunité de développer une double compétence unique tant dans la biogéochimie des contaminants organiques qu'en écotoxicologie marine.

Quelles seront vos activités ?

Echantillonnages :

Conception d'un plan d'échantillonnage, conduite des campagnes

Analyses chimiques :

Mise en oeuvre de plusieurs protocoles d'analyse des échantillons (PFAS et OPE) incluant préparation, extraction, purification, analyse et quantification (LC-MS/MS / LC-HRMS)

Cultures cellulaires :

Développement et optimisation de cultures cellulaires sur huitres, mise en oeuvre de culture cellulaire d'hépatocytes de bar. Conduite des expériences d'exposition et d'évaluation des effets.

Développer et réaliser des tests en biologie cellulaire et moléculaire (e.g. tests sur plaque, analyses par microscopie à fluorescence pour l'expression de marqueurs cellulaires, cytométrie de flux, approches omiques, etc.)

Interprétations et valorisation des données :

Intégration de l'ensemble des résultats, présentations aux partenaires du projet et lors de conférences nationales et internationales, rédaction d'articles scientifiques



Comment se déroulera votre activité ?

- Taux d'activité de 100%
- Emploi basé à l'Ifremer, Nantes
- Des missions (indemnisées) seront à prévoir à Arcachon
- Déplacements ponctuels pour participation à des colloques ou congrès en France et à l'étranger
- Télétravail occasionnel possible hors phases de laboratoire

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète

Des abysses à la surface, de la côte au large, l’Ifremer est l’institut de recherche français entièrement dédié à l’Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.

L’Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l’océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d’armement Genavir, l’Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l’océan.

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Qui êtes-vous ?

Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :
- Niveau Master (Bac +5)
- Spécialisation en sciences marines, chimie de l'environnement, écotoxicologie
- Techniques d'analyse des contaminants organiques
- Connaissances en biologie cellulaire, biologie moléculaire
- Bioinformatique - Analyses de données
- Ce sujet interdisciplinaire requiert une appétence pour la chimie analytique et pour la biologie marine.

Vous avez les qualités suivantes :
- Goût du travail en laboratoire
- Intérêt pour le terrain
- Curiosité scientifique
- Bonne communication
- Bon niveau d'anglais