Chercheur Postdoctoral en Écologie Basée sur l'Adne des Communautés Benthiques des Grands Fonds Marins . H/F

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète

Des abysses à la surface, de la côte au large, l’Ifremer est l’institut de recherche français entièrement dédié à l’Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines. 

L’Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l’océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d’armement Genavir, l’Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l’océan.

Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer. 

Date limite de réception des candidatures : 20/06/2025

L'unité Ifremer, qui fait partie de l'Unité Mixte de Recherche (https://umr-marbec.fr) MARBEC, mène des recherches sur la biodiversité marine, ses usages et sa conservation, avec un accent particulier sur l'écologie halieutique et l'aquaculture durable, et l'écologie évolutive. Dans ce contexte, l'équipe du Laboratoire Évolution et Génétique des Populations Marines (LEGPM) est spécialisée dans les approches génomiques pour décrire la diversité et l'évolution des populations/espèces/écosystèmes et développe des activités de recherche dans deux domaines : (i) comprendre et prédire l'évolution darwinienne des biocénoses marines naturelles ou exploitées et des services écosystémiques et (ii) développer de nouvelles approches pour l'étude de la biodiversité marine. Le projet Lifedeeper (https://lifedeeper.ifremer.fr), est un effort collaboratif visant à caractériser les communautés benthiques associées ou non à l'activité hydrothermale par métarbacodage de l' ADN environnemental (ADNe) extrait des sédiments des grands fonds.

Implantée sur deux sites (Montpellier et Sète), l'équipe du LEGPM dispose d'un accès à de nombreuses plateformes de biologie moléculaire dont un laboratoire d'ADNe, et le serveur de calcul Ifremer DATARMOR.

Rattaché(e) au Responsable de Laboratoire (LEGPM), vous travaillerez sous la responsabilité scientifique de Sophie Arnaud-Haond et sous la co-tutelle à distance de la responsable du projet Lifeedeeper (Marie-Anne Cambon, Brest), en collaboration avec un spécialiste en écologie des grands fonds (Lenaick Menot, Brest), sur la caractérisation des communautés des grands fonds à partir de données de métabarcoding (analyse bioinformatique et biostatistique).

Tâches principales

Les communautés benthiques des grands fonds marins et les facteurs environnementaux dans et autour des cheminées hydrothermales de la dorsale médio-atlantique ont été explorés par métabarcodage de l'ADN environnemental.

Contexte

La biodiversité des grands fonds marins habite plus de la moitié de la surface de la Terre et reste largement inconnue. De nouvelles approches moléculaires basées sur l'ADN environnemental peuvent améliorer notre exploration de ce vaste biome afin de mieux comprendre l'étendue de la biodiversité des grands fonds marins et la façon dont sa distribution est façonnée par les paramètres environnementaux et biogéographiques. Cette lacune est particulièrement importante à combler dans le contexte des pressions anthropiques croissantes sur les grands fonds, y compris les perspectives croissantes de leur exploitation minière.

Alors que la biodiversité liée aux sources hydrothermales actives a fait l'objet de nombreuses expéditions et études depuis environ un demi-siècle, la faune vivant surles sites inactifs et la faune benthique des zones abyssales environnantes sont encore largement méconnues et peuvent présenter des caractéristiques différentes nécessitant des mesures de conservation spécifiques et une évaluation d'impact dans le cadre de l'exploitation minière en eaux profondes.

Objectifs du poste

Vous travaillerez, dans ce contexte, sur les données produites par le projet Lifedeeper et collectées lors de la croisière BICOSE3 sur la dorsale médio-atlantique, en particulier à l'intérieur et à proximité des zones associées aux permis d'exploration minière, y compris les champs hydrothermaux actifs et inactifs et les environs abyssaux. Vous aurez pour mission de caractériser les communautés benthiques des grands fonds associées ou non à l'activité hydrothermale, sur la base de l'analyse bioinformatique et biostatistique des données de métabarcodage de l'ADNe à partir de 5 jeux d'amorces conçus pour couvrir à la fois la diversité microbienne (procaryote et protiste) et animale (i.e. animalia/métazoaire) avec des protocoles et des données de référence développés au cours du projet eDNAbyss. Les objectifs de l'étude sont i) de tester l'hypothèse d'une distribution différentielle des communautés de ces différentes lignées à l'intérieur et à la périphérie des champs hydrothermaux, ainsi qu'à l'intérieur et à l'extérieur de la dorsale, ii) d'identifier, le cas échéant, les lignées qui peuvent représenter une signature de l'activité hydrothermale ou de processus biogéochimiques spécifiqueset iii) d'interpréter les modèles d'association d'espèces au sein des assemblages caractérisés par des conditions biogéochimiques.

Principales activités

- Analyse bioinformatique du métabarcoding
- Analyses biostatistiques en écologie des communautés
- Rédaction d'articles scientifiques

- Doctorat en écologie des grands fonds marins et/ou en écologie des communautés, et avec une expérience préalable dans l'analyse de données de métabarcodes.
- Doctorat obtenu au cours des 3 dernières années.

Compétences techniques/ Parcours scientifique

Compétences techniques/métier

Connaissances et compétences
- Solide connaissance de l'écologie des communautés et de la biostatistique
- Expérience en analyse bio-informatique
- Une expérience antérieure en écologie benthique des grands fonds marins sera appréciée
- Sens de l'organisation.
- Anglais écrit et parlé

Qualités personnelles
- Compétences relationnelles
- Autonomie
- Sens du travail d'équipe