Offre de thèse - Dynamique spatio-temporelle des oiseaux sentinelles du littoral : stratégies comparées des adultes et des juvéniles face aux pressions environnementales

La Rochelle Université recrute au sein du Laboratoire CEBC en contrat doctoral d’une durée de 3 ans sur le sujet de thèse suivant :

« Dynamique spatio-temporelle des oiseaux sentinelles du littoral : stratégies comparées des adultes et des juvéniles face aux pressions environnementales le long d’un gradient terre-mer. »

Contexte de recherche:

Les écosystèmes littoraux, situés à l’interface entre les milieux marin et terrestre, constituent des habitats essentiels pour de nombreuses espèces d’oiseaux, notamment marins et côtiers. Cependant, ces zones sont soumises à de nombreuses pressions environnementales d’origine anthropique, qui s’ajoutent aux dynamiques naturelles telles que les marées, l’érosion ou la sédimentation.

Parmi les principales pressions figurent la perte et la dégradation des habitats liées à l’urbanisation et au développement côtier, les pollutions, les perturbations dues aux activités humaines, ainsi que les effets du changement climatique, affectant notamment les conditions océaniques et la disponibilité des proies. L’évaluation des effets cumulatifs de ces multiples pressions demeure un enjeu majeur pour la conservation.

Dans ce contexte, les oiseaux sont fréquemment utilisés comme espèces « sentinelles » ou indicatrices de l’état de santé des écosystèmes. Comprendre leurs réponses aux pressions environnementales nécessite une analyse fine de leur dynamique spatio-temporelle, c’est-à-dire de la manière dont ils utilisent l’espace et le temps. Les technologies de suivi des oiseaux par biologging permettent désormais d’acquérir en temps réel des données de haute précision sur les déplacements et comportements des individus, fournissant les bases nécessaires à l’analyse de la sélection d’habitats, des stratégies de recherche alimentaire ou encore des interactions avec les perturbations anthropiques. Ces comportements varient selon les différentes phases du cycle de vie (migration, reproduction, prospection, etc.), qui façonnent à leur tour les stratégies individuelles de survie et de reproduction.

Les progrès récents du biologging et de la biotélémétrie, notamment avec l’usage combiné de balises GPS-GSM et d’accéléromètres, ont considérablement élargi les possibilités d’étude. Ces dispositifs permettent non seulement un suivi à long terme (grâce à l’alimentation solaire et à la transmission via le réseau GSM), mais aussi la détection précise des comportements (p. ex. repos, transit, alimentation). L’analyse de ces larges jeux de données, via des modèles de sélection d’habitat (Habitat Selection Function) ou de sélection de pas (Step Selection Function), est essentielle pour comprendre les choix d’habitat, la flexibilité comportementale face aux risques et les mécanismes de réponse aux gradients environnementaux.

Dans ce cadre, des espèces côtières du littoral de la façade atlantique comme la cigogne blanche (Ciconia ciconia), les goélands (Larus spp.), les sternes (Sterna, Thalasseus spp.) ou la bernache cravant (Branta bernicla) sont particulièrement pertinentes. En effet, leur diversité de stratégies d’utilisation des milieux terrestres et marins permet d’explorer les réponses différenciées aux pressions environnementales tout au long du gradient terre-mer. Cette approche multi-espèces, qui inclura des taxons aux écologies contrastées le long du gradient terre-mer, permettra d’analyser de manière intégrée comment différentes espèces sentinelles occupent et exploitent les habitats côtiers en fonction des pressions anthropiques auxquelles elles sont confrontées.

Les stades précoces de la vie des oiseaux marins et côtiers sont encore peu documentés, alors même qu’ils représentent une période critique pour le développement des comportements, l’apprentissage de l’utilisation de l’espace et l’exposition aux risques. Les juvéniles, souvent moins expérimentés, affichent des trajectoires de dispersion et des stratégies d’exploration plus larges que celles des adultes, ce qui peut entraîner des différences notables en termes de sélection de l’habitat et de vulnérabilité face aux pressions environnementales. Leur suivi devrait donc offrir une opportunité unique de détecter précocement les signaux de changement dans les écosystèmes côtiers et d’améliorer notre compréhension du potentiel adaptatif des espèces.

Sujet de thèse et objectifs :

L’originalité de ce projet de thèse sera double : 1) il s’appuiera sur des jeux de données existants, analysés dans un cadre comparatif entre espèces le long du gradient littoral ; 2) il combinera l’acquisition et l’utilisation de nouveaux suivis de juvéniles couplés à des données existantes, afin de quantifier la plasticité comportementale, les stratégies de dispersion, ainsi que les différences d’utilisation de l’habitat et d’exposition aux risques du littoral entre juvéniles et adultes. Cette approche permettra de mieux comprendre les dynamiques de population et les mécanismes de réponse aux pressions anthropiques et environnementales, en particulier au cours des phases précoces de la vie.

Axes de recherche et objectifs :
Le projet s’articulera autour de deux axes principaux :

Axe 1 : Stratégies des adultes et pressions environnementales.

Compréhension fine de l’utilisation de l’espace par les adultes chez différentes espèces en réponse aux mosaïques d’habitats et aux perturbations (naturelles et anthropiques) à l’échelle du paysage littoral. Intégration de données multi-sources pour une approche comparative.

Axe 2 : Ontogenèse comportementale, dispersion juvénile et vulnérabilité.

Quantification de la plasticité comportementale des juvéniles (goélands – si financement obtenu, et cigognes). Rôle de l’expérience et de la dispersion dans la sélection des habitats et l’exposition aux risques. Contribution de cette phase à la dynamique des populations.

Questions scientifiques principales :

Pour les adultes (Axe 1) :

• Quelles sont les stratégies de recherche alimentaire et les zones d’importance majeure pour les adultes de sternes, bernaches (données Migratlane, MNHN, OFB) et les quatre espèces de goélands de l’Île de Ré (données LPO) ?
• Comment ces stratégies varient-elles en fonction des contraintes environnementales (saisonnalité, marées, disponibilité des ressources) et des pressions anthropiques (trafic maritime, pêche, infrastructures côtières) ?

Pour les juvéniles et la comparaison adultes/juvéniles (Axe 2) :

• Quelles sont les trajectoires de dispersion et les stratégies d’exploration des juvéniles de cigognes (et potentiellement de goélands) ?
• Comment l’utilisation de l’habitat et l’exposition aux risques diffèrent-elles entre juvéniles et adultes au sein d’une même espèce (et potentiellement entre espèces) ?
• Les patrons de mouvement des juvéniles peuvent-ils servir d’indicateurs précoces des modifications en place ou à venir de l’écosystème littoral ?

Descriptif de l’employeur

Et si vous rejoigniez une université audacieuse et innovante ? 

La Rochelle Université s’est inscrite, dès sa création en 1993, dans une trajectoire de différenciation.

Trente ans plus tard, dans un paysage universitaire qui se recompose, elle continue à affirmer une proposition originale, autour d’une identité forte et de projets audacieux, dans un établissement à taille humaine situé dans un lieu d’exception.

Ancrée sur un territoire aux caractéristiques littorales très marquées, La Rochelle Université a fait de cette singularité une véritable signature, au service d’un nouveau modèle. Elle s’appuie notamment sur la spécialisation de sa recherche autour de la thématique du Littoral Urbain, Durable et Intelligent (LUDI).

Titulaire d’un Master 2 Recherche (ou équivalent) en Écologie, Biologie de la Conservation, ou domaine pertinent.

Compétences solides et démontrées en analyses quantitatives de données écologiques, impérativement avec le logiciel R.

Expérience avérée dans l’analyse de données de mouvement animal (tracking GPS) et/ou d’accélérométrie. La connaissance des méthodes telles que les Step Selection Functions (SSF), Habitat Selection Functions (HSF) et les Modèles Linéaires Généralisés Mixtes (GLMMs) est shouhaitable.

Excellentes capacités de rédaction scientifique en anglais.

Grand intérêt pour l’écologie comportementale, l’ornithologie et la conservation des écosystèmes littoraux.

Autonomie, rigueur, curiosité scientifique et aptitude au travail en équipe.

Une première expérience de publication scientifique serait un plus.