Dynamique des variants d'histones H3.3 et CENP-A lors d'une infection virale par HSV-1

Le laboratoire Physiopathologie et Génétique du Neurone et du Muscle (PGNM), situé au sein de l'Institut NeuroMyoGène (INMG) UCBL - CNRS UMR 5261 - INSERM U1315 offre l'équipement et le savoir-faire nécessaires pour réaliser cette étude. L’unité possède plusieurs microscopes à épifluorescence classiques, un microscope apotome, un microscope Révolution (Discover Echo), un spinning-disk, ainsi qu'un microscope de super-résolution STORM (Vutara VXL, Bruker) et tous les logiciels requis (Metamorph, AutoQuant X, etc) pour traiter les images. Un accès à la microscopie confocale (Zeiss LSM 780) est également possible par la plateforme « Centre Imagerie Quantitative Lyon Est » située à proximité du laboratoire. Le laboratoire possède aussi deux machines pour faire de la PCR quantitative, et possède tous les équipements de base et les autorisations OGM pour réaliser des expériences de biochimie et biologie moléculaire (laboratoire P2 dédié aux cultures bactériennes), ou pour faire de la culture cellulaire (espace de culture cellulaire L2 avec hottes PSM2 + hotte et incubateur dédiés à la production de retro- et lentivirus).

Sujet de stage :

Le virus HSV-1 possède un génome à ADN double-brin qui est chromatinisé lors de son entrée dans le noyau. Il a été montré que le variant d'histone H3.3 s’associe avec l’ADN viral lors d'une infection lytique ou latente. Nos données préliminaires démontrent notamment une association rapide du variant H3.3 avec les génomes viraux entrants dans le noyau de la cellule infectée, à condition que la protéine virale ICP0, une E3 ubiquitine ligase, ne soit pas exprimée. En revanche, lors d'une infection lytique avec un virus exprimant ICP0, H3.3 ne s'associe plus aux génomes viraux entrants, mais colocalise transitoirement aux centromères endommagés, à la place du variant d'histones CENP-A, une cible d’ICP0.

L'objectif du projet est donc de déterminer plus précisément la dynamique des variants d'histones H3.3 et CENP-A lors d'une infection par le virus HSV-1. L'association de ces variants d'histones avec le génome viral et le génome cellulaire sera analysée grâce à des techniques d'immunofluorescence, de FISH, d'IF-FISH, ou de ChIP. L'étudiant(e) utilisera des approches de perte de fonction, via siRNA ou le système CRISPR-Cas9, pour identifier les acteurs moléculaires responsables de la dynamique de ces variants d'histones. Ce projet permettra de mieux comprendre le rôle des variants d'histones dans le contrôle de l'infection virale par HSV-1.

Encadré(e) par Armelle Corpet, maîtresse de conférences disposant d'une large décharge d'enseignements lui permettant un fort investissement dans la recherche, l’étudiant(e) bénéficiera d’un environnement de travail à la fois stimulant et bienveillant pour son stage de Master 2. Il/elle intégrera une équipe reconnue pour son expertise sur les variants d’histones et le HSV-1, au sein de l’Institut NeuroMyoGène, qui offre l’ensemble des équipements nécessaires à la réalisation de ce projet.

Modèle et techniques utilisées :

Cellules humaines primaires (BJ, RPE-1) ou cancéreuses (HeLa, 293T, U20S)

Immunofluorescence, FISH, Immuno-FISH, WB, RT-QPCR

Immunoprécipitation de chromatine, CUT&RUN, PiCH

Microscopie fluorescente, confocal, ou de super-résolution (STORM)

Publications d’intérêt :

1. Roubille S*, Escure T*, Juillard F*, Corpet A*, Néplaz R, Binda O, Seurre C, Gonin M, Bloor S, Cohen C, Texier P, Haigh O, Pascual O, Ganor Y, Magdinier F, Labetoulle M, Lehner PJ, Lomonte P. 2024. The HUSH epigenetic repressor complex silences PML nuclear body-associated HSV-1 quiescent genomes. Proc Natl Acad Sci USA 121:e241225812 doi:10.1073/pnas.2412258121 [IF 9.4] *equal contribution

2. Kleijwegt C, Bressac F, Seurre C, Bouchereau W, Cohen C, Texier P, Simonet T, Schaeffer L, Lomonte P*, Corpet A*. 2023. Interplay between PML NBs and HIRA for H3.3 dynamics following type I interferon stimulus. eLife 12:e80156. doi:10.7554/eLife.80156 [IF 8.713] *co-corresponding authors

3. Corpet A*, Kleijwegt C, Roubille S, Juillard F, Jacquet K, Texier P, Lomonte P*. 2020. PML nuclear bodies and chromatin dynamics: catch me if you can! Nucleic Acids Research 48:11890–11912. doi:10.1093/nar/gkaa828 [IF 16.971] *co-corresponding authors

4. Cohen C, Corpet A, Roubille S, Ali Maroui MA, Poccardi N, Rousseau A, Kleijwegt C, Binda O, Texier P, Sawtell N, Labetoulle M, and Lomonte P. 2018. Promyelocytic Leukemia (PML) Nuclear Bodies (NBs) induce latent/quiescent HSV-1 genomes chromatinization through a PML NB/Histone H3.3/H3.3 Chaperone axis. PLoS Pathog 14:e1007313. doi:10.1371/journal.ppat.1007313 [IF 6.158]

Le/La candidat(e) doit être titulaire d'un master 1 (ou d'un diplôme universitaire équivalent) et manifester un intérêt marqué pour la recherche en biologie avec l'objectif de poursuivre en thèse. Il/Elle devra posséder d'excellentes notes sur le parcours universitaire et de bonnes compétences en communication, tant pour les présentations orales que pour la rédaction scientifique. Une formation universitaire en génétique moléculaire et en épigénétique serait un atout.