Stage master 2 Biologie moléculaire et microbiologie

Le laboratoire de sécurité des aliments (LSAl) est situé sur deux sites, Maisons-Alfort et Boulogne-sur-Mer. Le site de Boulogne-sur-Mer, spécifique des produits de la pêche et de l’aquaculture, intervient sur les dangers biologiques et chimiques apportés par les aliments et qui peuvent affecter la santé des consommateurs. Il exerce des missions de référence, de recherche, de surveillance et d’expertise sur les contaminants biologiques (Listeria monocytogenes, Vibrio spp., Anisakidae) et chimiques (histamine, microplastiques). Vous travaillerez au sein de l’unité sécurité sanitaire des aliments d’origine aquatique (SANAQUA), dans la nouvelle thématique scientifique centrée autour de la sécurité sanitaire des algues alimentaires.

Optimisation d’une méthode de RT-qPCR pour l’analyse transcriptomique de la réponse des algues aux contaminants environnementaux et identification de la flore bactérienne en surface.

Assurer la sécurité sanitaire des algues est essentiel pour développer une filière algale française solide et compétitive. Faire un état des lieux des contaminants, qu’ils soient connus ou émergents, permet d’anticiper les évolutions réglementaires et de protéger les consommateurs. Ce projet de stage s’inscrit dans cette dynamique. Il repose sur l’hypothèse qu’une meilleure caractérisation des dangers sanitaires liés aux algues permettra de proposer des outils de surveillance adaptés et de soutenir le développement durable de cette filière.

Il n’existe actuellement pas de méthode de RT-qPCR adaptée et validée pour l’analyse de leur réponse transcriptomique face aux contaminants environnementaux. La problématique de ce stage sera donc de développer et d’optimiser une approche méthodologique fiable, depuis l’extraction d’ARN jusqu’à l’analyse quantitative de l’expression génique, afin de permettre une caractérisation précise et reproductible de la réponse moléculaire des algues aux stress chimiques et microbiologiques. Une attention particulière sera portée à l’identification et à la quantification de la flore bactérienne de surface, permettant d’intégrer la dimension microbiologique à l’évaluation de la sécurité sanitaire et d’anticiper les risques émergents.

Les activités de ce stage seront les suivantes :

Activité 1 : Optimisation de la méthode RT-qPCR pour l’analyse transcriptomique des algues

Activité 2 : Identification et caractérisation de la flore bactérienne de surface des algues

Activité 3 : Veille et rédaction scientifique

Bac +4 en biologie moléculaire et/ou microbiologie

Bonne connaissance des techniques de biologie moléculaire (qPCR, extraction ARN) est attendue

Rigueur et organisation

Curiosité scientifique

Autonomie

Esprit d’équipe