Signaux et réponses racinaires impliqués dans « l’immunité de couple » des mélanges intraspécifiques de blé tendre

Contexte scientifique

Les racines des plantes échangent des signaux moléculaires qui modulent leur physiologie et reconfigurent leurs défenses face aux pathogènes, mais les mécanismes impliqués restent mal compris en particulier pour les interactions intraspécifiques. Ce projet propose de décrypter les bases moléculaires de la sensibilité aux maladies modulée par le voisinage chez le blé tendre. Grâce à une approche de GWAS des allèles voisins, nous avons identifié plusieurs gènes candidats proches d’un allèle associé à la modulation de la sévérité d’une maladie fongique chez une plante receveuse. Cette thèse vise à passer de l’association statistique à la démonstration mécanistique du rôle de ces gènes candidats à la production d’un signal, ainsi que de comprendre les réponses systémiques de la plante receveuse aux signaux émis.

Objectifs scientifiques

• Identifier les gènes requis pour l’émission d’un signal par le génotype voisin (VIGS).
• Identifier les molécules impliquées et les mécanismes associés.
• Explorer la réponse au non-soi intraspécifique et identifier des récepteurs potentiels (RNA-seq, HPLC-MS/MS non-ciblée, mutants EMS).
• Phénotyper les interactions racinaires dans la rhizosphère (rhizobox, compartimentation racinaire) en lien avec les signaux/récepteurs identifiés et les maladies foliaires

Ambition et impact

Ce projet a pour ambition de proposer un cadre conceptuel renouvelé de la communication plante-plante en agroécosystème. Il contribuera à identifier des leviers génétiques et métaboliques mobilisables pour concevoir des systèmes de culture plus soutenables, intégrant la dimension collective des plantes dans les stratégies de protection.

Profil recherché

• Master 2 en biologie/génétique/génomique fonctionnelle des plantes.
• Compétences solides en biologie moléculaire.
• Intérêt marqué pour les approches multi-omiques, l’analyse de données, les statistiques.

Environnement scientifique

La thèse, co-financée par l’INRAE et l’ANR, se déroulera dans l’équipe MOMIE à l’Institut de Santé des Plantes de Montpellier (début octobre-novembre 2026), un environnement scientifique internationalement reconnu en santé des plantes, incluant des partenariats avec des plateformes de transcriptomique et de métabolomique. Le/la doctorant·e sera pleinement intégré·e dans une dynamique de publication à impact et pourra participer à des congrès internationaux.

Environnement scientifique

La thèse, co-financée par l’INRAE et l’ANR, se déroulera dans l’équipe MOMIE à l’Institut de Santé des Plantes de Montpellier (début octobre-novembre 2026), un environnement scientifique internationalement reconnu en santé des plantes, incluant des partenariats avec des plateformes de transcriptomique et de métabolomique. Le/la doctorant·e sera pleinement intégré·e dans une dynamique de publication à impact et pourra participer à des congrès internationaux.

Profil recherché

• Master 2 en biologie/génétique/génomique fonctionnelle des plantes.
• Compétences solides en biologie moléculaire.
• Intérêt marqué pour les approches multi-omiques, l’analyse de données, les statistiques.