CRISPR ET QUANTIFICATION DES REMANIEMENTS PAR ANALYSE DE DONNEES DE SINGLE CELL // CRISPR AND QUANTIFICATION OF REARRANGEMENTS BY SINGLE CELL DATA ANALYSIS

Le développement des outils d'édition du génome, et en particulier CRISPR, a révolutionné la thérapie génique. Cependant, quelque soit le type cellulaire (lignées, iPSC, cellules souches hématopoïétiques, CAR-T), et le locus ciblé, la création de la cassure double brin voit l'apparition de nombreux réarrangements chromosomiques. L'approche scDNA-seq est un outil de choix pour l'étude des modifications génomiques induites par le système CRISPR-Cas9-nucléase. C'est cette approche qui est poursuivie depuis 2025 par la collaboration de l'équipe BioGO du BRIC avec S. Karkar de l'equipe Bioinformatique de l'IBGC (CNRS UMR59080 , dir. Macha Nikolski). Les méthodes développées dans cette thèse auront pour but de quantifier avec une grande précision les principaux remaniements génomiques sur une échelle allant du kilobase au chromosome entier, comme les pertes d'hétérozygoties et les délétions, avec un focus particulier sur les gains de copies dont la détection pose un défi bioinformatique particulier. Une première approche sera d'utiliser et d'adapter aux données séquençage scDNA-seq plusieurs outils dédiés à la détection des Copy Number Variations (CNV) dans les données de transcriptomique Single-Cell.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

The development of genome editing tools, and in particular CRISPR, has revolutionized gene therapy. Regardless of the cell type (such as cell lines, iPSCs, hematopoietic stem cells, and CAR-T cells) or the targeted locus, the emergence of numerous chromosomal rearrangements always follows the creation of double-strand breaks. The scDNA-seq approach is a tool of choice for studying genomic modifications induced by the CRISPR-Cas9-nuclease system. This approach was adopted since 2025 in a collaboration between S. Karkar in IBGC Bioinformatics team (dir. Macha Nikolski) and Team BioGO at BRIC. The methods developed during this Ph.D will aim to quantify with high precision the main genomic rearrangements on a scale ranging from kilobases to whole chromosomes, including loss of heterozygosity and deletions, with a particular focus on copy gains which presents specific bioinformatics challenges. The initial approach will be to adapt to scDNA-seq data several existing tools detecting Copy Number Variations (CNV) in single-cell transcriptomic.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Début de la thèse : 01/10/2026
WEB : https://www.linkedin.com/hiring/jobs/4310121228/detail/

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

Université de Bordeaux

39 Mathématiques et Informatique

Master 2 en Bio-informatique Connaissances de CRISPR et des donnés Single-Cell Curiosité, esprit d'initiative et esprit d'équipe
Master's degree (or equivalent) in bioinformatics Knowledge of CRISPR and bioinformatics Curiosity, initiative, and teamwork skills are required