Evaluation des facteurs contribuant à la virulence et au succès du clone international IC1 de Acinetobacter baumannii

Contexte scientifique

Acinetobacter baumannii est un pathogène opportuniste responsable d’infections nosocomiales sévères (pneumonies associées à la ventilation, bactériémies, infections de plaies). Il est reconnu pour sa capacité exceptionnelle à persister dans l’environnement hospitalier, à survivre dans des conditions hostiles et à accumuler des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Cette plasticité génétique favorise l’émergence de souches multirésistantes, voire pan-résistantes, associées à des taux de mortalité élevés (Wong et al. 2017). En 2017, l’Organisation Mondiale de la Santé a classé A. baumannii résistant aux carbapénèmes parmi les agents pathogènes prioritaires critiques pour la santé publique. Les souches résistantes aux carbapénèmes appartiennent majoritairement à 9 clones internationaux (IC1-IC9), parmi lesquels le clone IC1 présente une diffusion mondiale et un fort potentiel épidémique. Ce clone à haut risque combine multirésistance et forte capacité d’adaptation, probablement liée à l’acquisition d’éléments génétiques mobiles par transfert horizontal.

Des travaux préliminaires menés au laboratoire Chrono-Environnement ont identifié, au sein de souches épidémiques IC1 particulièrement virulentes (désignées ABRICO), l’acquisition d’un îlot génomique de 63 kb (données non publiées). Cet îlot confère une résistance aux carbapénèmes ainsi qu’à la colistine, antibiotique de dernier recours. Il porte notamment le régulateur transcriptionnel PmrA, retrouvé constitutivement actif chez ces souches en raison d’une mutation. PmrA est impliqué dans les modifications du lipopolysaccharide (LPS), altérant la composition membranaire et contribuant à la résistance à la colistine. Des données préliminaires suggèrent également un rôle dans la réplication intracellulaire au sein des cellules de l’hôte (collaboration avec le Pr Suzana Salcedo, University of Wisconsin–Madison). Toutefois, les déterminants génétiques responsables de ce phénotype restent à identifier.

Dans ce contexte, ce projet vise à comprendre dans quelle mesure cet îlot génomique contribue à la virulence et au succès épidémique du clone IC1.

Objectifs

Le projet doctoral poursuivra trois objectifs principaux

Caractériser l’îlot génomique de 63 kb et analyser sa distribution au sein du clone IC

Identifier les déterminants génétiques impliqués dans la virulence et la réplication intracellulaire, en particulier ceux régulés par PmrA.

Étudier l’impact des modifications membranaires sur l’interaction avec l’hôte, notamment sur la réponse immunitaire.

Université Marie et Louis Pasteur

Laboratoire d'accueil : CHRONOENVIRONNEMENT

- connaissances et compétences requises

Connaissances pratiques et théoriques en microbiologie et biologie moléculaire.

Bases solides en bio-informatique.

Pratique de l'anglais écrit et lu.

Capacité à communiquer à l'oral et à l'écrit.

Bonne intégration dans le groupe de recherche Agents Pathogènes.