CRISPR interference chez Streptococcus agalactiae : identification des gènes essentiels à la colonisation et à la virulence // CRISPR interference in Streptococcus agalactiae: identification of genetic determinants essential for colonisation and virulence

Streptococcus agalactiae est un pathogène opportuniste responsable d'infections néonatales sévères et d'infections animales. Sa capacité à coloniser divers hôtes reflète une grande plasticité génétique encore mal comprise. Ce projet vise à optimiser un système de CRISPR interférence (CRISPRi) chez S. agalactiae, permettant une répression génique spécifique et réversible via une dCas9 associée à des ARN guides. Trois axes structureront le travail : (i) optimisation du CRISPRi dans une souche de référence, puis extension à des souches cliniques humaines et animales ; (ii) criblage génomique à grande échelle en conditions de stress et en modèles d'infection pour identifier les gènes impliqués dans la survie, l'adaptation et la virulence ; (iii) validation fonctionnelle et analyses transcriptomiques pour caractériser les réseaux de régulation. Ce projet établira un cadre expérimental robuste pour décrypter les déterminants génétiques d'adaptation et de virulence, identifier de nouvelles cibles antibactériennes et fournir un outil transférable à d'autres contextes pathogéniques.
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Streptococcus agalactiae is an opportunistic pathogen responsible for invasive infections in neonates and animals. Its remarkable ability to colonize a broad range of hosts reflects substantial genetic plasticity that remains poorly understood. This project aims to optimize a CRISPR interference (CRISPRi) system in S. agalactiae, allowing specific and reversible gene repression through the use of a catalytically inactive Cas9 (dCas9) associated to single-guide RNAs (sgRNAs). The work will be structured around three complementary objectives: (i) optimization of the CRISPRi system in a reference strain, secondary extended to clinical human and animal strains; (ii) large-scale genomic screening under various conditions (stress exposure, animal models) to identify genes essential for survival, adaptation and virulence; and (iii) functional validation and transcriptomic analyses to characterize regulatory networks. This project will establish a robust experimental framework to decipher the genetic determinants of adaptation and virulence, identify potential new antibacterial targets and provide the scientific community with a transferable CRISPRi platform to other pathogenic contexts.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Financement d'un établissement public Français

Université de Tours

549 Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV

Un candidat ayant des bases de connaissances et compétences en microbiologie (culture bactérienne, modèles de colonisation) et en biologie moléculaire (construction de mutants, RT-qPCR) sera fortement recherché. De plus, la génération de la librairie de sgRNA ainsi que les analyses de fitness des gènes à partir du criblage CRISPRi nécessitent la manipulation d'outils bio-informatiques avancés (packages R et Python notamment). Ainsi, un candidat présentant déjà une appétence pour la bio-informatique sera particulièrement attendu, car il pourra prendre en main le traitement et la visualisation des données, garantissant une exploitation optimale du criblage à grande échelle.
✔ Master's degree in microbiology, molecular biology, or a related field ✔ Experience in bacterial culture and molecular biology techniques ✔ Interest in bioinformatics (R, Python) ✔ Strong analytical skills, curiosity, and autonomy