Fonctions cellulaires et moléculaires des protéines codées dans les cadres ouverts de lecture non-canoniques

Nous étudions une portion largement sous-étudiée du protéome eucaryote : les protéines alternatives. Le dogme actuel de l’expression génique eucaryote indique qu’une seule protéine est encodée par chaque ARNm mature. Cependant, nous avons montré qu’en plus de cette protéine de référence, un grand nombre d’ARNm permettent l’expression d’une ou plusieurs protéines additionnelles distinctes, par l’utilisation de cadres ouverts de lecture alternatifs. Par ailleurs, une grande proportion de longs ARN dits « non-codants » sont en réalité traduits en protéines. Ces sources non-canoniques de protéines augmentent considérablement la complexité du protéome eucaryote. Cependant, l’immense majorité de ces protéines dites alternatives n’ont jamais été étudiées auparavant, et leur caractérisation fonctionnelle ouvre un tout nouveau champ de recherche.

Quelles sont les fonctions moléculaires, cellulaires et dans les organismes eucaryotes de ces nouvelles protéines (en particulier dans l'autophagie et le contrôle qualité mitochondrial) ? Comment ce potentiel multi-codant des gènes eucaryotes affecte notre compréhension de leur fonction physiologique et pathologique ? Pour répondre à ces questions, nous utilisons le génie génétique, la génomique fonctionnelle (criblages génomiques CRISPR/Cas9, transcriptomique, protéomique), la microscopie confocale (incluant à haut débit ou à super-résolution), et la biochimie dans des cellules en culture incluant des cellules neurales dérivées d’iPSC. Nos découvertes contribuent à l’avancement des connaissances en génétique moléculaire, et pourraient ouvrir de nouvelles voies thérapeutiques pour certaines maladies liées au vieillissement.

Date de début du stage: En tout temps. Possibilité d’effectuer un stage pendant l’été avant le début officiel des études.

Milieu de travail : Le laboratoire est situé dans le Pavillon des Sciences Biologiques de l’UQAM, au centre-ville de Montréal, une ville connue pour sa qualité de vie. Intégré au département des Sciences Biologiques et au CERMO-FC, notre nouveau laboratoire a un accès privilégié à de nombreuses ressources de pointe et favorise les collaborations locales, nationales et internationales. L’ambiance de travail est respectueuse et dynamique. Notre labo est membre du CERMO-FC, de RARE.Qc et de PROTEO, offrant de nombreuses ressources de formation et de soutien additionnels.

Financement : Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG), Centre d’excellence de recherche sur les maladies orphelines – Fondation Courtois (CERMO-FC), Fonds de recherche du Québec – Nature et technologies. Soutien financier sous forme de bourse de recherche disponible.

Des étudiant·es au PhD sont recherché·es afin de caractériser de nouvelles protéines alternatives, par approche gène candidat et à l’échelle génomique, principalement dans des modèles de cellules en culture. Le projet de recherche nécessitera l’utilisation d’un large éventail de techniques de pointe en biologie moléculaire et cellulaire, ainsi que de type « omiques ».

Expérience dans un domaine pertinent et un fort intérêt à relever le défi d’un domaine de recherche nouveau. De l’expérience en biologie moléculaire, biologie cellulaire et/ou génomique est un atout. Les personnes sélectionnées sauront travailler aussi bien en équipe que de manière indépendante, et faire preuve de proactivité. Une bonne capacité à la communication scientifique est requise. Nous favorisons l’équité, la diversité et l’inclusion: tous les profils seront considérés.