Interactions procaryotes–phages le long de gradients de perturbation et d'eutrophisation : du parasitisme au mutualisme // Prokaryote-phage interactions along disturbance and eutrophication gradients: from parasitism to mutualism

L'eutrophisation et les perturbations sont des facteurs majeurs de la dynamique des communautés microbiennes [1], mais le rôle des interactions procaryotes–phages reste encore mal compris. Les phages influencent les communautés par (i) la lyse des cellules hôtes [2], (ii) la libération de matière organique issue des cellules lysées, et (iii) le transfert de gènes métaboliques auxiliaires (GMA) aux hôtes via les prophages, pouvant faire évoluer les interactions vers le mutualisme.
L'eutrophisation pourrait modifier l'équilibre entre infections lytiques et lysogéniques, affecter la diversité procaryote et influencer les réponses microbiennes aux perturbations. e plus, la prévalence relative des infections lytiques par rapport aux infections lysogéniques pourrait déterminer dans quelle mesure l'activité métabolique microbienne est influencée par les GMA, façonnant ainsi les réponses microbiennes aux changements environnementaux.
L'étudiant(e) sélectionné(e) étudiera ces variations le long de gradients d'eutrophisation et de perturbation à l'aide de mesures d'activité microbienne et virale, de techniques d'imagerie, ainsi que d'analyses métagénomiques et métatranscriptomiques.
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Eutrophication and disturbance regimes are recognized as key drivers of microbial community dynamics [1], yet the role of prokaryote–phage interactions under these conditions remains poorly understood. Phages can shape prokaryotic communities through (i) top-down control via host cell lysis [2], (ii) bottom-up effects mediated by the release of labile organic matter from lysed cells, and (iii) the transfer of auxiliary metabolic genes (AMGs) to prokaryotic hosts via prophages, potentially shifting interactions from parasitic toward mutualistic.
Eutrophication has been hypothesized to influence the balance between lytic and lysogenic infections, as well as viral plasticity. These processes may, in turn, affect prokaryotic species diversity and thus modulate microbial community responses to disturbance through insurance effects. Moreover, the relative prevalence of lytic versus lysogenic infections may determine the extent to which microbial metabolic activity is influenced by AMGs, thereby shaping microbial responses to environmental change.
The selected student will investigate how prokaryote–phage interactions vary across eutrophication and disturbance gradients. This work will involve monitoring microbial and viral activity using metabolic assays and imaging techniques, as well as analyzing metagenomic and metatranscriptomic sequence data.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

Université Clermont Auvergne

65 Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement

Compétences requises : - Formation et intérêt pour l'écologie microbienne - Compétences en scripting (par ex. R, Bash) - Traitement statistique des données - Capacité de synthèse et compétences rédactionnelles - Bon sens de l'organisation, rigueur et autonomie - Une expérience préalable sur les interactions procaryotes–phages est un atout
Required skills include - Background and interest in microbial ecology - Scripting skills (e.g., R, Bash) - Statistical data processing - Ability to synthesize information and writing skills - Good organizational skills, rigor, and autonomy - Previous experience on prokaryote–phage interactions is an advantage