VIKING – Validation Intégrée d’une signature Cinétique d’INstabilité Génomique

Version Française

Mieux personnaliser le traitement du cancer de l’ovaire

Le cancer de l’ovaire est une maladie complexe, pour laquelle il est essentiel de proposer le traitement le plus adapté à chaque patiente. Environ une patiente sur deux présente une anomalie de la réparation de l’ADN dans les cellules cancéreuses, appelée statut HRD (homologous recombination deficiency). Identifier cette anomalie est crucial, car elle permet d’utiliser des traitements ciblés très efficaces, les inhibiteurs de PARP.

Ce projet vise à faire évoluer un test français innovant, développé à Caen et nommé GIScar, afin d’en faire un outil de nouvelle génération : plus précis, plus rapide et plus accessible. Le nouveau test analysera 679 gènes au lieu de 127 auparavant. Cette analyse élargie améliorera la fiabilité du diagnostic tout en réduisant le temps et le coût des analyses, afin que les patientes puissent commencer leur traitement sans attendre.

Le projet apporte également une innovation majeure grâce à un test dit fonctionnel. Au lieu de regarder les traces du passé (c’est-à-dire les cicatrices génomiques présentes dans la tumeur), il observe directement si les cellules sont capables de réparer leur ADN, en détectant une protéine clé appelée RAD51. Cette analyse est rendue possible par un équipement de pointe, le séquenceur AVITI24, qui permet une analyse automatisée et très précise, avec un résultat disponible en moins de 24 heures.

En identifiant les tumeurs qui ne répondraient pas aux traitements ciblés, ce diagnostic permet d’éviter des thérapies inutiles ou toxiques, et garantit aux patientes une prise en charge plus rapide, plus juste et mieux adaptée à leur maladie.

Objectif

L’objectif de cette thèse consistera à développer le test GIScar vers un profilage génomique global (CGP) de 679 gènes afin d’accroître la précision diagnostique. De plus nous prévoyons d’étudier les mécanismes de résistance aux sels de platine et aux inhibiteurs de PARP en exploitant les données du panel CGP. Enfin, la mise au point d’un test fonctionnel RAD51 sur la plateforme AVITI24 vise à détecter en temps réel la restauration de la capacité de réparation de l'ADN, permettant d'identifier les causes biologiques de résistance là où les signatures génomiques classiques restent positives

English version

Improving the personalization of ovarian cancer treatment

Ovarian cancer is a complex disease, for which it is essential to offer the most appropriate treatment for each patient. Approximately one out of two patients has an abnormality in DNA repair in cancer cells, known as HRD (homologous recombination deficiency) status. Identifying this abnormality is crucial, as it allows the use of highly effective targeted treatments, known as PARP inhibitors.

This project aims to develop an innovative French test, developed in Caen and called GIScar, into a new-generation tool that is more accurate, faster, and more accessible. The new test will analyze 679 genes instead of the previous 127. This expanded analysis will improve the reliability of the diagnosis while reducing the time and cost of testing, so that patients can begin treatment without delay.

The project also brings a major innovation thanks to a functional test. Instead of looking at traces of the past (i.e., genomic scars present in the tumor), it directly observes whether cells can repair their DNA by detecting a key protein called RAD51. This analysis is made possible by state-of-the-art equipment, the AVITI24 platform, which enables automated and highly accurate analysis, with results available in less than 24 hours.

By identifying tumors that would not respond to targeted treatments, this diagnosis helps avoid unnecessary or toxic therapies and ensures that patients receive faster, more accurate care best suited to their disease.

Objective

The objective of this thesis will be to expand the GIScar test into a comprehensive genomic profiling (CGP) panel of 679 genes in order to improve diagnostic accuracy. Furthermore, we plan to investigate the mechanisms of resistance to platinum salts and PARP inhibitors by using data from the CGP panel. Finally, the development of a RAD51 functional assay on the AVITI24 platform aims to detect, in real time, the restoration of DNA repair capacity, thereby enabling the identification of the biological causes of resistance in cases where conventional genomic signatures remain positive

Suggested bibliography:

Ray-Coquard, I. et al. N. Engl. J. Med. 381, 2416–2428 (2019).

Leman, R. et al. Clin. Cancer Res. 29, 4419–4429 (2023).

Leman, R. et al. BMC Cancer 25, 1075 (2025).

Fuh, K. et al. Gynecol. Oncol. 159, 877–886 (2020).

Cruz, C. et al. Ann. Oncol. 29, 1203–1210 (2018).

Le Centre François Baclesse est l’un des 18 centres de lutte contre le cancer de France, membre du réseau Unicancer. Il exerce une triple mission : le soin, la recherche et l’enseignement en cancérologie, en mettant au cœur de ses engagements les valeurs d’Unicancer : Humanisme, Innovation, Excellence et Solidarité. Le Centre dispose d'un plateau technique reconnu de haute technologie au niveau national et européen permettant aux patients d'accéder à une offre de soins de grande qualité tout au long de leur parcours.

L’équipe du Laboratoire de Biologie et de Génétique des Cancers (LBGC) mène des projets de recherche dans le domaine de la génétique du Cancer dans le cadre de l’unité INSERM U1245 (oncogénétique). Le laboratoire abrite dans ses locaux la plateforme de séquençage à haut-débit SéSAME et s’appuie sur une équipe de bioinformaticiens permettant des développements dédiés dans le domaine.

Version Française

Nous recherchons un.e candidat.e fortement motivé.e, titulaire d’un Master en biologie-santé, ou domaine équivalent. Nous apportons un intérêt tout particulier aux candidats.es pouvant justifier d’une expérience/formation dans les domaines suivants :

• Biologie moléculaire
• Oncologie médicale
• Biostatistiques
• Bioinformatiques
• Approches multiomiques

Le.la candidat.e devra faire preuve de rigueur scientifique, d’autonomie et d’un réel intérêt pour les approches expérimentales et translationnelles.

 Durant son doctorat, il est attendu que le.la doctorant.e recruté.e soit fortement investi.e dans son sujet, tant sur le plan bibliographique qu’expérimental. Il.elle devra également s’impliquer dans les tâches collectives du laboratoire ainsi que dans des actions de médiation scientifique

English version

We are looking for a highly motivated candidate with a Master’s degree in biology and health sciences, or an equivalent field. We are particularly interested in candidates who can demonstrate experience or training in the following areas:

• Molecular biology
• Medical oncology
• Biostatistics
• Bioinformatics
• Multiomic approaches

The candidate must demonstrate scientific rigor, independence and a genuine interest in experimental and translational approaches.

During their thesis, the candidate is expected to be deeply committed to their research topic, both in terms of literature review and experimental work. They will also be required to participate in the laboratory’s collective tasks as well as in science communication activities.