Contribution à une approche « une seule santé » par la détection virale environnementale : preuve de concept basée sur l'épidémiologie des virus influenza aviaires. // Contributing to a One-Health approach through environmental viral detection : a proof-o

Les VIAHP H5Nx du lignage Goose/Guandong (Gs/Gd), causent depuis quasi trente ans des dommages importants chez les oiseaux sauvages et domestiques. L'importance de l'élevage de palmipèdes en France rend ce pays particulièrement sensible aux épizooties, avec des dizaines de millions d'oiseaux d'élevages morts ou abattus ces cinq dernières années et la mise en place de la vaccination anti influenza H5 des palmipèdes d'élevage. Dans ce contexte, la détection et le suivi des VIA est indispensable. Le projet doctoral proposé s'inscrit dans le contexte de recherche déjà actif de l'UMR IHAP sur la thématique (PEPR PREZODE ZOO-FLU et projet OBEPINE+), et a pour objectif d'appliquer des stratégies de détection virale environnementales au suivi de la circulation et à la caractérisation des VIA dans les compartiments aviaires sauvages et d'élevage. Deux matrices seront ciblées : i) les effluents d'élevages de palmipèdes et ii) les eaux de surface accueillant des oiseaux sauvages. Les approches de biologie moléculaire, séquençage haut débit et analyses phylogénétiques employées permettront i) d'optimiser la détection et le génotypage fin des VIA présents dans ces matrices, ii) de suivre quantitativement et qualitativement dans le temps les VIA présents dans les compartiments aviaires sauvages et domestiques et iii) d'analyser les flux génétiques entre ces compartiments. In fine ce projet contribuera à une meilleure compréhension de l'écologie des VIA et à leur contrôle.
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VIAHP H5Nx of the Goose/Guandong (Gs/Gd) lineage have caused huge losses in wild and domestic birds for almost thirty years. The importance of duck farming in France makes the country particularly vulnerable to epizootics, with tens of millions of farmed birds dead or slaughtered over the last five years and the introduction of H5 anti-influenza vaccination for farmed ducks. In this context, the detection and monitoring of AIVs is essential. The aim of the proposed doctoral project is to apply environmental viral detection strategies to the monitoring of AIVs present in wild and farmed birds. Two matrices will be targeted: i) effluents from duck farms and ii) surface waters used by wild birds. The molecular biology approaches, high-throughput sequencing and phylogenetic analyses employed will aim to i) optimise the detection and fine genotyping of AIVs present in these matrices, ii) monitor quantitatively and qualitatively over time the AIVs present in the wild and domestic avian compartments and iii) analyze the genetic flows between these compartments. Ultimately, this project will contribute to a better understanding of the ecology of AIVs and their control.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

Université de Toulouse

458 SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries

Les candidats doivent être titulaires d'un master, idéalement en biologie cellulaire, en microbiologie, en virologie ou dans un domaine équivalent. Une expérience de travail en biologie moléculaire serait un plus. Des compétences en bio-informatique (alignement et analyse de séquence) et en statistique sont fortement souhaitées. Un enthousiasme pour les maladies infectieuses, la santé animale et le travail en équipe et interdisciplinaire est souhaitable.
Candidates should have a Master's degree, ideally in cell biology, microbiology, virology or an equivalent field. Experience in molecular biology would be an advantage. Skills in bioinformatics (sequence alignment and analysis) and statistics are highly desirable. An enthusiasm for infectious diseases, animal health and team and interdisciplinary work is desirable.