Génétique de l'adaptation d'une bactérie phytopathogène à son environnement // Genetics of phytopathogenic bacteria to plant tissues and environnement

Ce projet porte sur la caractérisation des déterminants génétiques associés à l'adaptation de la bactérie phytopathogène Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) à son environnement. Xcc est responsable de la nervation noire des Brassicacées (e.g. choux, navet, radis, Arabidopsis). Au cours de son cycle de vie, Xcc vit et se multiplie à la surface des feuilles puis accède au système vasculaire végétal via les blessures ou les hydathodes. Une fois dans ces tissus, les bactéries expriment des facteurs de pathogénie pour contourner l'immunité végétale, coloniser les tissus distants et se fournir en nutriments.
Grâce à une approche de criblage innovante appelée RB-TnSeq (Transposon sequencing), nous avons identifiés plusieurs gènes impliqués dans la colonisation de différents tissus végétaux (mésophylle, système vasculaire et hydathode).
Le projet de thèse se divisera en 2 axes principaux:
- L'axe 1 portera sur l'identification et la caractérisation des déterminants génétique de l'adaptation de Xcc à chacun des compartiments végétaux rencontrés au cours du cyclel. Le croisement des données RB-TnSeq permettra de sélectionner une quinzaine de gènes bactériens candidats à caractériser au niveau moléculaire via des approches de génétiques inverse et de phenotypage in vitro et in planta.
- L'axe 2 portera sur l'identification et la caractérisation des déterminants génétique de l'adaptation de Xcc aux variations de température. Pour cela, des criblages RB-TnSeq seront réalisés in vitro et in planta dans différentes conditions de températures. D'autre part, des analyses multi-omiques (RNAseq, protéomique, lipidomique) permettant de caractériser la réponse bactérienne aux variations de températures seront réalisées en collaboration avec une équipe de recherche du laboratoire MAP à l'INSA de Lyon (UMR5240).
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This project focuses on characterizing the genetic factors associated with the adaptation of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) to its environment. Xcc is responsible for black rot disease in Brassicaceae (e.g., cabbage, turnip, radish, Arabidopsis). During its life cycle, Xcc lives and multiplies on the surface of leaves and then enters the plant vascular system via wounds or hydathodes. Once inside these tissues, the bacteria express pathogenicity factors to evade plant immunity, colonize distant tissues, and obtain nutrients.
Using an innovative screening approach called RB-TnSeq (Transposon sequencing), we have identified several genes involved in the colonization of different plant tissues (mesophyll, vascular system, and hydathodes).
The thesis project will be divided into two main axes:
- The first axe will focus on identifying and characterizing the genetic determinants of Xcc's adaptation to each of the plant compartments encountered during the life cycle. Cross-referencing RB-TnSeq data will enable the selection of approximately fifteen candidate bacterial genes to be characterized at the molecular level using reverse genetics, in vitro and in planta phenotyping approaches.
- Axe 2 will focus on identifying and characterizing the genetic determinants of Xcc's adaptation to temperature variations. To this end, RB-TnSeq screenings will be conducted in vitro and in planta under various temperature conditions. In addition, multi-omic analyses (RNA-Seq, proteomics, lipidomics) to characterize the bacterial response to temperature fluctuations will be carried out in collaboration with a research team from the MAP laboratory at INSA Lyon (UMR5240).
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Début de la thèse : 01/10/2026

Concours de l'École Doctorale

Université de Toulouse

458 SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries

Nous recherchons une personne titulaire d'un Master 2 en microbiologie ou en phytopathologie. Des compétences en phytopathologie, génétique bactérienne et en microbiologie moléculaire sont nécessaire à la réalisation du projet ainsi que des compétences en biostatistique et une maitrise de Rstudio.
We are looking for someone with a Master's degree in microbiology or plant pathology. Skills in plant pathology, bacterial genetics and molecular microbiology are necessary to carry out the project, as well as skills in biostatistics and proficiency in Rstudio.