Génomique pour la survie et la santé du lapin // Genomics for rabbit survival and health

La filière cunicole française produit environ 15 millions de lapins par an, mais subit de fortes pertes économiques liées à la mortalité des jeunes : près de 20 % avant sevrage et 9 % en engraissement. Ces pertes sont dues à des troubles digestifs et respiratoires d'origine multifactorielle, ainsi qu'à la Maladie hémorragique virale (VHD), hautement létale. Malgré une baisse globale de l'usage des antibiotiques depuis 2011, l'espèce cunicole reste la plus exposée en France, avec 11 tonnes vendues en 2023. Dans un contexte de transition agroécologique et de réduction de la dépendance aux intrants médicamenteux, le renforcement de la résistance des lapins par sélection génétique apparaît comme une solution durable. Le projet vise à identifier les bases génétiques de la santé et de la survie du jeune lapin, en combinant trois axes : 1) la résistance non spécifique aux maladies post-sevrage, 2) la résistance à la VHD et 3) la qualité du lait maternel, notamment sa composition en oligosaccharides, bénéfiques pour la santé du lapereau. Les données disponibles sur une même lignée de lapins incluent des phénotypes de santé (17 000 lapins suivis), de résistance à la VHD (500 lapins), de composition du lait (120 femelles), et des données génomiques (956 reproducteurs génotypés avec la puce lapin 200K SNP et 22 fondateurs séquencés). La méthodologie repose sur : 1) l'imputation des génotypes SNP au niveau séquence à l'aide des fondateurs séquencés, 2) des analyses pangénomiques (GWAS) pour détecter les régions associées à la résistance non spécifique, à la résistance à la VHD et à la composition du lait, 3) une comparaison des résultats entre axes pour identifier des gènes ou voies biologiques communs, et 4) une analyse ciblée de la diversité génétique des gènes FUT1, FUT2 et FUT3, impliqués à la fois dans la biosynthèse des oligosaccharides et dans la sensibilité à la VHD. Ces gènes seront étudiés en mobilisant des données supplémentaires issues d'autres projets et de bases publiques, afin de caractériser leur variabilité haplotypique dans différentes lignées de lapins. Trois publications scientifiques sont envisagées : 1) sur les régions associées à la résistance non spécifique et à la VHD, 2) sur les régions liées à la composition du lait, et 3) sur les convergences génétiques identifiées et la diversité des gènes FUT.
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The French rabbit industry produces around 15 million rabbits per year, but suffers heavy economic losses due to mortality among young rabbits: nearly 20% before weaning and 9% during fattening. These losses are due to digestive and respiratory disorders of multifactorial origin, as well as highly lethal viral haemorrhagic disease (VHD). Despite an overall decline in antibiotic use since 2011, rabbits remain the most exposed species in France, with 11 tons sold in 2023. In a context of agroecological transition and reduced dependence on antimicrobial inputs, strengthening the resistance of rabbits through genetic selection appears to be a sustainable solution. The project aims to identify the genetic basis of young rabbit health and survival by combining three areas of focus: 1) non-specific resistance to post-weaning diseases, 2) resistance to VHD, and 3) the quality of breast milk, particularly its oligosaccharide composition, which is beneficial to the health of young rabbits. The data available on a single rabbit line includes phenotypes for health (17,000 rabbits monitored), resistance to VHD (500 rabbits), milk composition (120 females), and genomic data (956 breeding rabbits genotyped with the 200K SNP rabbit chip and 22 sequenced founders). The methodology is based on: 1) imputation of SNP genotypes at the sequence level using sequenced founders, 2) genome-wide association studies (GWAS) to detect regions associated with non-specific resistance, VHD resistance, and milk composition, 3) a comparison of results between axes to identify common genes or biological pathways, and 4) a targeted analysis of the genetic diversity of the FUT1, FUT2, and FUT3, which are involved in both oligosaccharide biosynthesis and VHD susceptibility. These genes will be studied using additional data from other projects and public databases to characterize their haplotypic variability in different rabbit lines. Three scientific publications are planned: 1) on regions associated with non-specific resistance and HDV, 2) on regions linked to milk composition, and 3) on identified genetic convergences and the diversity of FUT genes.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

Institut National Polytechnique de Toulouse

458 SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries

Le candidat devra avoir une forte appétence pour l'analyse de données et devra avoir une bonne maitrise d'un logiciel d'analyses statistiques (de type R). Une expérience en analyse de données génétiques serait un plus ainsi qu'une formation en sciences animales.
The candidate should have a strong interest in data analysis and should have a good expertise of statistical analysis softwares (such as R). Experience in genetic analysis and quantitative genetics would be a plus. A background in animal sciences would be appreciated.