Développement d'un indice de risque et d'un observatoire territorial de l'antibiorésistance en contexte de changement global sur le site atelier du fleuve Tech. // Development of a risk index and establishment of a regional observatory for antimicrobial r

La résistance aux antibiotiques est reconnue par l'OMS comme une menace sanitaire mondiale majeure. Les milieux aquatiques continentaux jouent un rôle déterminant dans sa dissémination, car ils reçoivent des rejets multiples : eaux usées domestiques et hospitalières, effluents agricoles (notamment liés à l'élevage), et ruissellement urbain. Ces apports contiennent des antibiotiques mais aussi des co-polluants (métaux lourds, nutriments, pesticides) qui favorisent la sélection et la persistance de bactéries résistantes et de gènes de résistance aux antibiotiques.
Ce phénomène est amplifié dans les zones soumises à des stress hydriques, comme le département des Pyrénées-Orientales (PO), où les étiages sévères et prolongés de ces dernières années réduisent le phénomène de dilution des polluants, et modifient alors l'équilibre microbien des écosystèmes aquatiques.
Le projet RESISTECH vise à créer un observatoire de l'antibiorésistance le long du continuum terre-mer du Tech, fleuve côtier des PO, afin de proposer un indice innovant d'évaluation du risque d'antibiorésistance, directement exploitable par les collectivités locales et gestionnaires de l'eau.
Nous souhaitons placer nos expertises pluridisciplinaires en écologie microbienne et chimique pour étudier 3 compartiments du Tech : les eaux superficielles, les sédiments et les biofilms. Ces 2 derniers concentrent les contaminants, abritent des densités cellulaires élevées et offrent des microniches où les transferts horizontaux de gènes sont facilités, faisant d'eux des «hot spots » de dissémination des bactéries résistantes (ARB) et des gènes de résistance (ARG). Si la littérature est fournie sur la présence d'ARG dans les eaux douces et sédiments des rivières, et croissante pour les biofilms, les données intégrant simultanément les co-polluants et les indicateurs de résistance restent encore rares et fragmentés. Notre projet contribuera également à la production de jeux de données substantiels sur l'état microbiologique et chimique d'un bassin versant confronté à des épisodes répétés de stress hydrique, comme c'est le cas dans les PO depuis 2022.
L'objectif de RESISTECH est de caractériser, du bassin versant jusqu'au littoral, le couplage entre niveau de pollution chimique et abondance des ARG dans les eaux superficielles, les biofilms et les sédiments, puis d'estimer leur export vers le milieu côtier.
Nous souhaitons ainsi (i) définir et établir un observatoire territorial de l'antibiorésistance sur le Tech, (ii) Identifier et quantifier les sources et les corridors de diffusion des ARB et ARG dans les compartiments aquatiques de l'étude et milieux associés (STEP, REUT, effluents agricoles, etc.), (iii) Construire un indice innovant de suivi de l'antibiorésistance adapté aux enjeux locaux, utilisable par les collectivités pour la surveillance, les alertes, la décision d'actions.
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Antibiotic resistance is recognized by the WHO as a major global health threat. Inland water bodies play a key role in its spread, as they receive multiple sources of discharge: domestic and hospital wastewater, agricultural effluents (particularly from livestock farming), and urban runoff. These inputs contain antibiotics as well as co-pollutants (heavy metals, nutrients, pesticides) that promote the selection and persistence of resistant bacteria and antibiotic resistance genes.
This phenomenon is amplified in areas subject to water stress, such as the Pyrénées-Orientales (PO) department, where the severe and prolonged low water levels of recent years reduce the dilution of pollutants, thereby altering the microbial balance of aquatic ecosystems.
The RESISTECH project aims to establish an antibiotic resistance observatory along the land-to-sea continuum of the Tech, a coastal river in the PO, to develop an innovative index for assessing antibiotic resistance risk that can be directly utilized by local authorities and water managers.
We aim to apply our multidisciplinary expertise in microbial and chemical ecology to study three compartments of the Tech: surface waters, sediments, and biofilms. These two environments concentrate contaminants, harbor high cell densities, and provide micro-niches where horizontal gene transfer is facilitated, making them “hot spots” for the spread of antibiotic-resistant bacteria (ARB) and antibiotic resistance genes (ARG). While there is a wealth of literature on the presence of ARGs in freshwater and river sediments, and a growing body of research on biofilms, data that simultaneously integrate co-pollutants and resistance indicators remain scarce and fragmented. Our project will also contribute to the production of substantial datasets on the microbiological and chemical status of a watershed facing repeated episodes of water stress, as has been the case in the PO region since 2022.
The objective of RESISTECH is to characterize, from the watershed to the coastline, the relationship between chemical pollution levels and the abundance of ARGs in surface waters, biofilms, and sediments, and then to estimate their export to the coastal environment.
We therefore aim to (i) define and establish a regional observatory on antibiotic resistance in the Tech region, (ii) identify and quantify the sources and pathways of ARB and ARG dissemination in the aquatic compartments under study and associated environments (WWTPs, wastewater treatment plants, agricultural effluents, etc.), (iii) develop an innovative antibiotic resistance monitoring index tailored to local challenges, which local authorities can use for surveillance, alerts, and decision-making.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Financement d'un établissement public Français

Université de Perpignan Via Domitia

305 Energie et Environnement

Etudiant.e motivé.e, titulaire d'un Master de Biologie ou Ecologie ou Ecotoxicologie avec une forte compétence en Microbiologie, et un intéret pour la chimie environnementale. Des compétences en bioinformatique/biostatistique seront appréciées. Un bon niveau d'anglais est requis (B1).
A motivated student with a master's degree in biology, ecology, or ecotoxicology and strong expertise in microbiology, and an interest in environmental chemistry. Skills in bioinformatics and biostatistics are a plus.