Prévalence et dynamiques spatio-temporelles de la fusariose du vanillier

La vanille constitue un agro-produit tropical emblématique et à forte valeur ajoutée dans le Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI). Dans un contexte de changement climatique, marqué par des modifications des régimes thermiques et hydriques, sa production est soumise à des pressions biotiques accrues, notamment la fusariose du vanillier, principale contrainte phytosanitaire de la culture. Malgré son importance, les déterminants de cette maladie restent encore mal caractérisés, en particulier en ce qui concerne sa distribution spatio-temporelle et la diversité génétique des populations de pathogènes. Cette thèse vise à mieux comprendre les facteurs agro-climatiques, agronomiques et génétiques structurant les dynamiques de la fusariose, afin d’identifier des leviers de gestion adaptés aux contextes de production du SOOI. Le projet repose sur une approche intégrative combinant observations de terrain, analyses moléculaires et modélisation statistique.

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Contrat doctoral (concours Ecole Doctorale Sciences Technologie Santé (ED 542), Université de La Réunion, https://recherche.univ-reunion.fr/doctorat-et-hdr/ecoles-doctorales/ed-sts/contrats-doctoraux)

Le doctorant sera accueilli à l’UMR PVBMT (Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical), au Pôle de Protection des Plantes (3P) à Saint-Pierre (La Réunion, https://umr-pvbmt.cirad.fr/) et bénéficiera des plateformes techniques (biologie moléculaire, mycologie, culture in vitro, phénotypage, …) du site. La collection de vanilliers du Centre de Ressources Biologiques (CRB) Vatel gérée par l’équipe d’accueil (https://umr-pvbmt.cirad.fr/equipes-de-recherche/diversite-et-utilisation-durable-des-ressources-genetiques-vegetales-en-milieu-tropical-equipe-2/les-travaux-de-recherches) sera également à disposition du doctorant (plantes en ombrières et en culture in vitro). Une mycothèque regroupant plus de 50 souches de Fusarium oxysporum f.sp. radicis vanillae est également disponible. Un réseau de vanilliculteurs qui collabore avec l’équipe d’accueil est également déjà en place et le doctorant pourra en bénéficier.

Doctorat en génétique

France

Université de La Réunion

ED Sciences - La Réunion

Le candidat doit avoir des compétences en sciences du végétal, en génétique, en mycologie et en statistique afin de mener à bien (i) la caractérisation des dynamiques épidémiques à La Réunion et à Madagascar, (ii) les analyses des systèmes de culture et des pratiques, (iii) l’analyse de la diversité génétique du pathogène et (iv) les analyses statistiques par des approches multifactorielles.

Le doctorant travaillera à l'interface de plusieurs domaines de la biologie (génétique, agronomie, pathologie végétale) et devra être à même de mener une démarche multidisciplinaire en interaction directe avec les membres de l'équipe (chercheurs et techniciens) et les partenaires de la filière vanillier à La Réunion et à Madagascar.

 

Autres compétences souhaitées :

- Expérience en agronomie tropicale

- Maîtrise de l'anglais et de la rédaction scientifique

- Sens de l'organisation

- Adaptabilité au travail en zones tropicales