Paysage du fitness de Dickeya lors d'une infection systémique depuis le sol vers les organes aériens de pomme de terre // Fitness landscape of Dickeya during systemic infection from soil to aerial organs of potato plant

Les bactéries du genre Dickeya (notamment D. solani, D. dianthicola et D. dadantii) sont des
pathogènes majeurs des cultures de pomme de terre (Solanum tuberosum) en Europe, capables de coloniser systématiquement les plantes depuis le sol jusqu'aux organes aériens et tubercules. Ce projet vise à identifier, par une approche RB-TnSeq (Random Barcode Transposon Sequencing), les gènes essentiels à chaque étape clé de l'infection : entrée racinaire, colonisation vasculaire, migration
systémique et recolonisation des organes distaux. Les cibles génétiques identifiées seront validées fonctionnellement par création de mutants de délétion et évaluation de leur fitness in planta. Ce travail permettra de révéler les déterminants moléculaires de la dissémination systémique et d'identifier de nouvelles cibles pour bloquer la propagation interne de ces pathogènes.
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Bacteria of the genus Dickeya (D. solani, D. dianthicola, and D. dadantii) are major pathogens of potato (Solanum tuberosum) in Europe, capable of systemic colonization from soil to aerial organs and tubers. This project aims to identify, using Random Barcode Transposon Sequencing (RB-TnSeq), the essential genes for each key step of infection: root entry, vascular colonization, systemic migration, and recolonization of distal organs. Identified genetic targets will be functionally validated through deletion mutant construction and in planta fitness assessment. This work will uncover the molecular determinants of systemic dissemination and identify new targets to block the internal spread of these pathogens.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

INSA Lyon

341 E2M2 - Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation

Formation: Master en microbiologie, biologie moléculaire, ou génétique (1er tiers de sa promotion pour présentation devant l'école doctorale E2M2). Expérience Techniques de mutagenèse bactérienne, culture in planta, qPCR. Idéalement : Analyse de données NGS (R, Python, Galaxy), alignement de séquences, Bioinformatique. Autonomie, Capacité à mettre en place le RB-TnSeq (méthode nouvelle pour le laboratoire). Langues Français ou anglais courants (rédaction, présentations). Qualités Rigueur, esprit analytique, motivation pour la recherche fondamentale et appliquée.
Education: Master's degree in microbiology, molecular biology or genetics (top third of his/her cohort for admission to the E2M2 doctoral school). Experience: Bacterial mutagenesis techniques, in planta culture, qPCR. Ideally: NGS data analysis (R, Python, Galaxy), sequence alignment, bioinformatics. Independence, ability to set up RB-TnSeq (a new method for the laboratory). Languages: Fluent in French or English (writing, presentations). Qualities: Rigorous, analytical mind, motivation for fundamental and applied research.