Ingénieur numérique pour l’halieutique (H/F)

Date de clôture de réception de candidatures : 28/05/2026

Qui sommes-nous ?

L'unité mixte de recherche (UMR) "Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan" (DECOD) regroupe des chercheurs, ingénieurs et techniciens de l'Ifremer, de l'INRAE et de l'Institut Agro Rennes-Angers avec des laboratoires à Brest, Lorient, Nantes et Rennes (https://www.umr-decod.fr). Les activités de DECOD portent sur l'analyse des processus écologiques et évolutifs à l'œuvre dans les milieux aquatiques et leurs interfaces, de la source à l'océan, sur l'évaluation de l'état des écosystèmes et sur la construction de scénarios pour ces écosystèmes. Pour répondre à ces questions, le Laboratoire de Biologie Halieutique (LBH) acquiert des connaissances sur les organismes marins exploités, de l'échelle individuelle à celle de la population et met en œuvre des modèles et des approches quantitatives basées sur des données empiriques, dans le cadre d'une approche écosystémique des pêches.
 

La mise en œuvre de l’approche écosystémique des pêches nécessite la prise en compte des différents compartiments des socio-écosystèmes marins, en particulier des poissons et autres espèces exploitées et leur habitats biotiques et abiotiques. La caractérisation des compartiments écologiques s’appuie sur une diversité de données (in-situ, télédétection, expérimentations, modèles) qui sont intégrées dans des modèles numériques. Ces modèles permettent d’explorer les mécanismes influençant la dynamique des individus, populations et communautés soumis à différentes pressions environnementales et anthropiques, dont la pêche. 
 

Dans ce contexte, les modèles numériques simulant les compartiments de haut niveau trophique permettent de reconstruire et projeter le devenir des différents niveaux d’organisation biologique, sous différents scénarios climatiques et de pressions anthropiques. Les modèles peuvent concerner l’évaluation des stocks ou intégrer davantage de mécanismes pour une ou plusieurs espèces afin de répondre à des questions de recherche (ex: modèles intégrés de cycle de vie ; modèles individus-centrés intégrant la bioénergétique des organismes ; modèles écosystémiques end-to-end). Plusieurs modèles sont développés ou appliqués dans l’unité : DEB-IBM, OSMOSE, Atlantis, modèle de cycle de vie, etc.. 
 

Vous serez en charge de la configuration de modèles, leur maintenance et leur utilisation dans le cadre de projets de recherche et d’expertises. Ceci comprend d’interfacer différents modèles écologiques avec les modèles physiques et biogéochimiques en vue de contribuer à un jumeau numérique pour les haut-niveaux trophiques (par ex. poissons). Il/Elle contribuera à l’exploration de scénarios utiles pour la gestion écosystémique des pêches. 

Quelle sera votre mission ?

• Vous contribuerez au développement, à la maintenance et à la diffusion de certains modèles de l’unité représentant les haut-niveaux trophiques et réalisez des simulations sur différents horizons de temps pour différents scénarios climatiques et de pressions ;
• Vous travaillerez sur le couplage/forçage des modèles représentant différentes échelles spatiales (downscaling de scénarios globaux pour traiter les échelles régionales et locales, upscaling de comportements à fine échelle spatiale), temporelles (hindcast – nowcast – forecast) et niveaux écosystémiques (couplages physiologie-individu-population, bas et hauts niveaux trophiques, poisson-pêche) ;
• Vous contribuerez à développer des scénarios numériques de l’évolution de l’océan dans sa dimension haut-niveaux trophiques, en particulier pour les populations et communautés exploitées dans le cadre de projets de recherche et de l’expertise. 

Quelles seront vos activités ?

• Vous développerez, maintiendrez et partagerez les codes numériques de différents modèles du laboratoire (p. ex. DEB-IBM, modèle de cycle de vie) et de leurs composantes (p. ex. dérive larvaire, bioénergétique, physiologie, comportement, mouvement), et vous contribuerez à leur couplage avec les modèles hydrodynamiques et de bas-niveaux trophiques ;
• Vous mettrez en œuvre les outils assurant les flux de données pour les forçages ou le couplage des modèles ainsi que le calcul d’indicateurs (environnementaux, biologiques, pressions anthropiques) ; 
• Vous assurerez une veille et initierez de nouvelles applications sur les outils numériques de modélisation, dont les développements de coupleurs et de l’IA hybride pour combinaison avec les outils de modélisation existants. Vous appliquerez des méthodes de paramétrisation, de calibration et d’analyse de sensibilité des modèles ;
• Vous participerez aux projets de recherche et aux expertises halieutiques ponctuelles mettant en œuvre les modèles pertinents pour les analyses historiques et les projections selon différents scénarios ;
• Vous serez la.le référent.e CROCO (code communautaire hydrodynamique, https://www.croco-ocean.org/) et Datarmor (supercalculateur de l’Ifremer) de l’unité et assisterez les membres de l’unité pour l’utilisation du supercalculateur. 

Avec qui travaillerez-vous ?

• En interne : UMR DECOD, Unités Ifremer (HMMN, MARBEC, HISSEO, DYNECO, LOPS, IRSI...).
• En externe : Mercator Ocean International, IRD, INRAE, CLS, Instituts européens, CIEM, consortium FishMIP.

Qui êtes-vous ?

• Docteur ou ingénieur en modélisation appliquée à l’écologie ou à l’océanographie ou en mathématique appliquée
• Expérience requise

Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :

• Modélisation et simulation en océanographie, en halieutique ou en écologie
• Méthodes de couplage de modèles, de paramétrisation, d’optimisation, d’analyse de sensibilité et de validation des modèles
• Informatique et programmation (R, Python, Fortran, C, Java, git, HPC)
• Traitements statistiques de larges jeux de données (des statistiques classiques aux réseaux de neurones profonds)
• Anglais courant
• Application des principes FAIR pour une recherche reproductible et ouverte
• Capacités rédactionnelles (rapports, documentations)
• Capacités à l’encadrement (stagiaires, CDD)

Vous avez les qualités suivantes :

• Autonomie, rigueur, curiosité, bonne gestion du temps
• Qualité de communication orale
• Capacité à travailler en équipe et en collaboration
• Capacité d’animation d’une communauté d’utilisateurs
• Goût pour le travail en réseau pluridisciplinaire