Contrat doctoral en génomique environnementale pour le suivi de la diversité végétale en forêt

Dans le cadre du lancement du PEPR DYNABIOD, nous proposons une offre de thèse portant sur le développement d’approches innovantes de génomique environnementale pour le suivi de la diversité végétale amazonienne.

Les forêts amazoniennes abritent une biodiversité exceptionnelle et fournissent des services écosystémiques essentiels à des millions de personnes. Les végétations jouent un rôle clé dans l’équilibre écologique de ces écosystèmes complexes, mais leurs dynamiques spatio-temporelles restent mal connues. L’ADN environnemental constitue une approche prometteuse pour caractériser et suivre la biodiversité à partir d’échantillons environnementaux. Cependant, son application en Amazonie est encore limitée, notamment par le manque de bases de données génomiques pour les espèces amazoniennes et par les verrous méthodologiques liés aux approches de type « barcoding ».

Le projet vise à développer des méthodes de génomique environnementale basées sur les technologies de séquençage de deuxième (Illumina) et troisième génération (Oxford Nanopore), afin de construire des références génomiques et de mettre en place des suivis de la biodiversité végétale amazonienne à partir d’ADNe. Le projet de thèse s’articulera autour de trois axes :

• Construction de références génomiques d’espèces végétales cibles à partir des collections de l’herbier IRD de Guyane et d’échantillons de terrain.
• Développement et optimisation de méthodes d’ADNe : comparaison de matrices (air, eau) et d’approches de séquençage (shotgun, capture ciblée)
• Déploiement de suivis temporels en Guyane et au Pérou (collaboration avec l’Université de San Marcos), afin de produire des séries temporelles de diversité végétale.

Le projet permettra de poser les bases méthodologiques du suivi de la biodiversité végétale par ADNe en Amazonie. Le projet s’inscrit dans une dynamique de coopération entre la Guyane, le Pérou et plusieurs pays amazoniens. Il contribuera au renforcement d’un Réseau International de Recherche « Amazon Bio-Track ».

Dans ce cadre vos activités seront :

• Concevoir, tester et standardiser un cadre méthodologique reproductible pour l’analyse de l’ADN environnemental en milieux tropicaux complexes
• Contribuer à la construction de bases de références génomiques pour des espèces végétales amazoniennes
• Assurer le traitement bioinformatique et l’analyse des données produites, interpréter les données
• Valoriser les résultats sous forme d’articles scientifiques
• Participer à des missions de terrain en Guyane et au Pérou

Opportunités.

Le ou la candidat(e) évoluera dans un environnement très dynamique, et bénéficiera du soutien du PEPR DYNABIOD, complété par un financement ECOS Nord, garantissant un environnement de travail particulièrement favorable. Ce cadre offre une opportunité privilégiée de formation par la recherche, permettant l’acquisition de compétences solides en génomique environnementale et en analyse de données à fort enjeu scientifique.

• Votre future équipe

Sous la responsabilité de Louise Brousseau (chargée de recherche IRD au sein de l’UMR AMAP), le ou la candidat(e) retenu(e) rejoindra l’équipe de la plateforme GUYOMIQUE à Cayenne. GUYOMIQUE est une plateforme mutualisée CNRS – IRD – UG de recherche exploratoire en génomique de la biodiversité Amazonienne cogérée par l’UMR AMAP et l’UAR LEEISA. Ses domaines de recherche recouvrent l’écologie évolutive, la phylogénomique, la génomique environnementale et la bioinformatique appliquée au contexte Amazonien. Pour en savoir plus :  https://www.ird.fr/guyomique-genomique-de-la-biodiversite

• L’Institut de recherche pour le développement

Institut français de recherche scientifique internationale, l’IRD contribue à renforcer la résilience des sociétés face aux bouleversements globaux. Il est présent dans plus de 50 pays d’Afrique, d’Amérique latine, d’Asie et du Pacifique, ainsi qu’en France hexagonale et dans les Outre-mer.

Ses activités de recherche répondent de manière concrète à des besoins prioritaires : atténuation et adaptation aux changements climatiques, lutte contre la pauvreté et les inégalités, préservation de la biodiversité, accès aux soins, prise en compte des dynamiques sociales. Les questions de recherche sont élaborées avec les acteurs de terrain et les populations locales. Les équipes croisent les regards, les disciplines et les connaissances à travers des partenariats de long terme pour construire des solutions robustes et à fort impact.

L’IRD défend une recherche qui bénéficie au plus grand nombre. Il partage les résultats de ses projets et met la science au service de l’action. Il accompagne ainsi la transformation des sociétés vers des modèles sociaux, économiques et écologiques plus justes et durables.

• La structure que vous allez rejoindre

L’UMR AMAP est une unité mixte de recherche qui travaille à l'acquisition de connaissances fondamentales sur les plantes et les végétations afin d’anticiper la réponse des écosystèmes aux forçages environnementaux en termes de distribution/conservation des espèces et de la biodiversité, de production agronomique, de stockage du carbone dans la biomasse végétale, et de protection de l'environnement et des services écosystémiques. L’UMR AMAP a son implantation principale à Montpellier et deux implantations secondaires à Cayenne en Guyane française et à Nouméa en Nouvelle-Calédonie. L’UMR AMAP assure la gestion des herbiers tropicaux IRD de Guyane (CAY) et la cogestion la plateforme mutualisée CNRS – IRD – UG GUYOMIQUE de recherche exploratoire en génomique de la biodiversité située à Cayenne.

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Solides connaissances en écologie moléculaire, génomique environnementale, avec une bonne compréhension des enjeux liés à la biodiversité tropicale
• Compétences en bioinformatique en environnement Linux (traitement de données de séquençage à haut débit, gestion de données)
• Maîtrise des méthodes d’analyses statistiques et de programmation sous R
• Intérêt et/ou expérience en génomique à grande échelle et en technologies de séquençage de deuxième et troisième génération
• Une expérience préalable en analyse de données d’ADN environnemental ou en écologie moléculaire appliquée sera particulièrement appréciée
• Bonnes capacités rédactionnelles et de communication scientifique, en particulier en anglais
• Maîtrise des outils bureautiques ainsi que des logiciels de gestion bibliographique (Zotero, Mendeley).
• Anglais et Français niveau B2-C1.

Vous faites preuve des qualités humaines suivantes :

• Forte motivation pour travailler en Guyane française et contribuer au développement de la recherche en Amazonie
• Intérêt pour les approches interdisciplinaires associant écologie, génomique, bioinformatique et terrain
• Très bonnes capacités de travail en équipe dans un contexte international
• Rigueur scientifique, sens de l’organisation et autonomie
• Esprit critique, curiosité scientifique et capacité d’adaptation à des environnements de travail variés (laboratoire, terrain, analyses computationnelles)

Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 7 Master en Génomique Environnementale ou Biodiversité Ecologie Evolution, avec de solides compétences analytiques.