Biocontrôle de la fusariose : amélioration de la protection par la combinaison de microorganismes et de formulants d’origine naturelle

Le stage se déroulera au LUBEM, Laboratoire de Biodiversité et d’Ecologie Microbienne, à Plouzané, proche de Brest (29). C’est un laboratoire de recherche de l’Université de Bretagne Occidentale spécialisé dans l’étude de la biodiversité et de l’écologie des champignons, et ce principalement dans les domaines agro-alimentaire, marin et en agriculture. Au sein de la thématique « champignons et agriculture » dans laquelle le stagiaire sera intégré, les axes de recherche visent notamment à i) étudier la diversité génétique des populations des pathogènes ciblés, ii) décrire les communautés microbiennes du champ, dans le sol ou les plantes, en utilisant des approches culture- dépendantes et indépendantes, iii) étudier la structure et la fonction de ces communautés microbiennes et iv) développer des moyens de contrôle des pathogènes, en particulier via des approches de biocontrôle.

Le stage sera co-encadré par Flora Pensec et Adeline Picot, maîtresses de conférences au LUBEM ainsi que Jérôme Mounier, Professeur des Universités.

Résumé et cadre général du projet 

Ce projet porte sur le développement d’une solution de protection contre la fusariose du blé, maladie fongique causée par certaines espèces du genre Fusarium. Outre les pertes de rendement, la sécurité des aliments est également en jeu du fait de la capacité de ces champignons à produire des mycotoxines. Actuellement, la fusariose du blé est encore mal contrôlée malgré les mesures prophylactiques et l’utilisation des produits phytosanitaires conventionnels. Des produits de biocontrôle à base de micro-organismes, sont en cours d’homologation. Cependant, la filière des grandes cultures compte un très faible nombre de solutions de biocontrôle. Ainsi, le développement de telles solutions reste un enjeu majeur pour la filière céréalière et l’agriculture française.

Le stage de M2 s’inscrira dans le cadre du projet BATMAN, coordonné par le LUBEM et en collaboration avec Vegenov, qui vise à évaluer l’efficacité de protection et les mécanismes d’action de solutions basées sur une combinaison de microorganismes et de formulants d’origine naturelle vis-à-vis de la fusariose des céréales. Dans le cadre d’un précédent projet ANR, nous avons isolé et sélectionné des isolats qui ont montré des activités antagonistes vis-à-vis d’un spectre large de cibles fusariennes sur modèle grains de blé (Nguyen et al., 2025 -  https://doi.org/10.1016/j.biocontrol.2025.105856). Ces résultats prometteurs nous ont incités à poursuivre les efforts de recherche et à optimiser l’efficacité de protection, notamment en combinant les microorganismes avec des formulants d’origine naturelle, mis en évidence au LUBEM dans un autre projet ANR.

Les objectifs du stage viseront ainsi à évaluer les mécanismes d’inhibition de nos solutions en termes d’activité antifongique (mycoparasitisme, production de composés antifongiques, inhibition de la germination des spores et périthèces) ou indirecte (compétition de l’espace et des nutriments ou stimulation des défenses des plantes). Les essais seront centrés sur l’étude des deux micro-organismes les plus efficaces, Trichoderma gamsii et Cistella sp. Les génomes de ces deux souches étant également disponibles, ils pourront être exploités et analysés au cours du stage.

Une expérience préalable en microbiologie est attendue pour ce stage. Le candidat retenu devra également faire preuve d'autonomie, d'initiative et d'une bonne capacité à travailler en équipe.