De la séquence à la clinique - amélioration du diagnostic de leucémie par l’utilisation de séquençage de 3e génération

Dans une optique d’amélioration de la trajectoire des patients, un vaste projet de recherche reposant sur des données de séquençage de nouvelle génération est en cours. Celui-ci comporte de nombreuses sous-questions auxquelles répondre et plusieurs autres projets pourraient venir s’y greffer en fonction des données générées et des besoins évolutifs du laboratoire.

Séquençage de l’(épi)génome et de l’(épi)transcriptome par Nanopore Grâce à d’importantes subventions de recherche, le laboratoire génère actuellement des données de séquençage du génome et du transcriptome pour une vaste cohorte de patients en oncologie, en utilisant la technologie Nanopore. Cette approche permet le séquençage simultané des modifications des acides nucléiques. Ainsi, les génomes obtenus inclus l’épigénome et les transcriptomes obtenus inclus l’épitranscriptome. Les personnes retenues seront amenées à effectuer l’analyse et la caractérisation de ces profils génomique, épigénomiques, transcriptomiques et épitranscriptomiques à des fins diagnostiques et pour divers sous-groupes de cancer pédiatrique, similairement aux travaux de doctorat du Dr Lavallée.

Le laboratoire du Dr Lavallée s’efforce de mieux comprendre les anomalies génomiques menant au cancer, dans le but d’accélérer le diagnostic chez les patients atteints. Pour ce faire, il recourt à des technologies de pointe telles que le séquençage utilisant la technologie Nanopore. Le laboratoire bénéficie également d’un riche ensemble de données multi-omiques, générées au cours des dernières années par séquençage du génome et du transcriptome, tant en mode conventionnel qu’à l’échelle unicellulaire. L’intégration de ces approches permet de révéler avec une précision accrue la diversité cellulaire et génomique caractéristique des leucémies.

• Un intérêt pour l’analyse informatique et l’interprétation biologique de données est nécessaire.
• La personne recrutée devra être en mesure de travailler de façon autonome et en recherchant le soutien nécessaire auprès des ressources disponibles au sein du laboratoire.