Caractérisation du rôle des prophages dans la pathogénie épithéliale des AIEC // Characterisation of the role of prophages in the epithelial pathogenesis of AIEC

Un déséquilibre du microbiote digestif est observé chez les patients atteints de la maladie de Crohn (MC). Cette dysbiose est caractérisée par une diminution de la richesse et de la diversité des espèces bactériennes au profit d'espèces commensales à potentiel pathogène ou pathobiontes. Les Escherichia coli adhérents et invasifs (AIEC) sont des pathobiontes capables d'envahir les cellules épithéliales intestinales et de survivre voire de se répliquer dans les macrophages. Ce phénotype n'est supporté par aucun facteur de virulence ni marqueur génétique spécifique. Au-delà du pan bactérien, la composition du virome des patients atteints de MC est également impactée avec une altération de l'équilibre des populations de bactériophages (ou phages) tempérés et virulents. Les phages tempérés intègrent leur information génétique dans le chromosome de la bactérie-cible sous forme de prophages qui peuvent conférer à la bactérie des propriétés supplémentaires d'adaptation voire de virulence grâce à l'expression de gènes appelés « morons ». Des séquences de prophages ont été identifiées au sein des génomes de souches de E. coli isolées de patients atteints de MC. Leur prévalence dans les génomes de souches AIEC de même que leur rôle dans l'invasion épithéliale par ces souches restent à élucider. L'objectif de ce projet est d'identifier les séquences de prophages au sein des génomes d'une collection de souches d'E. coli isolées de patients atteints de MC et de sujets sains déjà caractérisées au plan phénotypique. La dynamique des prophages et l'expression des morons au cours de l'invasion cellulaire épithéliale sera étudiée in vitro dans un modèle d'épithélium digestif humain sain et de patient MC, et, in vivo dans un modèle murin d'inflammation digestive chez des animaux à flore contrôlée.
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An imbalance of the digestive microbiota is observed in Crohn's disease's (CD) patients. This so-called dysbiosis is characterized by a reduction of both richness and diversity of bacterial species, contrasting with an increase of commensals with pathogenic properties, called pathobionts. Adherent and invasive Escherichia coli (AIEC) are pathobionts that are able to invade intestinal epithelial cells and to survive within macrophages. To date, there is neither specific genetic marker of these bacteria nor any virulence factor supporting this phenotype. Beyond bacteria, the virome composition of CD patients is also altered, with an imbalance of temperate and virulent bacteriophage (or phage) populations. Temperate phages integrate their genetic information into the target bacterium's chromosome as prophages that may provide additional beneficial properties to the host bacterium (e.g. adaptation, virulence) owing to the expression of additional genes called “morons”. Sequences of prophages have been identified in the genomes of E. coli strains isolated from patients with CD. Their prevalence in the genomes of AIEC strains together with their role in AIEC epithelial invasion properties remain to be elucidated. The aims are to identify prophage sequences in the genome of a set of phenotypically characterized E. coli strains isolated from CD patients and healthy subjects. Prophages dynamics and moron expression will be studied in vitro throughout epithelial cell invasion using a human digestive epithelium model from CD patients and healthy subjects, and, in vivo in a mouse model of digestive inflammation with controlled microflora.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

Université de Lille

446 Biologie Santé de Lille

Expérience en microbiologie, culture cellulaire et techniques de biologie moléculaire. Une familiarisation à l'expérimentation animale serait appréciée.
Experience in microbiology, cell culture, and molecular biology techniques. Familiarity with animal experimentation would be appreciated.