Analyse fonctionnelle des lymphocytes T régulateurs dans les maladies métaboliques hépatiques par des approches sur cellules uniques // Functional analysis of regulatory T cell heterogeneity in metabolic liver disease using single-cell assays

La stéatose hépatique associée à un dysfonctionnement métabolique (MASLD) est une maladie hépatique chronique très répandue, dont la gravité et la progression varient considérablement d'un individu à l'autre. Si les facteurs métaboliques tels que la suralimentation sont des facteurs déterminants dans le développement de la maladie, les mécanismes immunitaires sont de plus en plus reconnus comme des contributeurs clés à l'inflammation et à la fibrose hépatiques. Cependant, la contribution de la variabilité interindividuelle du système immunitaire à l'évolution de la pathologie demeure inconnue
Les cellules T régulatrices (Treg) jouent un rôle central dans le contrôle de l'activation immunitaire et de l'inflammation, mais leur rôle fonctionnel dans la MASLD reste mal défini chez l'homme. En particulier, les différences dans la capacité suppressive des Treg entre les personnes atteintes de MASLD et les donneurs sains, et leur impact sur la gravité de la maladie, reste largement inexplorée.
L'objectif de ce projet de thèse est d'étudier l'hétérogénéité interindividuelle de la fonction des Treg humaines dans la MASLD à l'aide d'une approche fonctionnelle ciblée sur les cellules individuelles. Le projet se concentrera sur l'évaluation de la capacité suppressive et des propriétés phénotypiques des Treg provenant d'échantillons de sang périphérique de patients atteints de MASLD et de donneurs sains.
Tout d'abord, le doctorant mettra au point et appliquera un test de suppression des Treg sur cellules unique basé sur des co-cultures autologues de PBMC. Les Treg seront isolées par cytométrie en flux, réintroduites dans les PBMC à des ratios définis, et les réponses immunitaires seront évaluées après stimulation. Les tests fonctionnels comprendront la prolifération et l'activation de plusieurs populations de cellules immunitaires mesurées à une résolution unicellulaire à l'aide de la cytométrie en flux spectral. Cette approche permet de quantifier l'impact fonctionnel des Treg dans un contexte immunitaire physiologiquement pertinent.
Ensuite, le doctorant analysera les données cytométriques multidimensionnelles obtenues afin de quantifier l'activité suppressive des Treg chez différents donneurs et dans différentes conditions. L'analyse des données sera effectuée à l'aide de programmes établis basés sur R afin d'identifier les différences de réponses immunitaires entre les patients atteints de MASLD et les témoins sains. L'accent sera mis sur le contrôle de la qualité des données, la visualisation et les comparaisons guidées par la biologie plutôt que sur le développement de nouvelles méthodes computationnelles.
Dans l'ensemble, ce projet est conçu comme un projet de doctorat ciblé et réalisable sur trois ans, combinant l'immunologie humaine expérimentale et l'analyse ciblée de données unicellulaires. Il permettra à l'étudiant d'acquérir une solide formation en matière de tests immunitaires fonctionnels, de cytométrie en flux spectral et d'analyse pratique des données, tout en abordant une question importante et clairement définie dans le domaine des maladies métaboliques hépatiques humaines.
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Metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease (MASLD) is a highly prevalent chronic liver disease with marked interindividual variability in disease severity and progression. While metabolic factors such as overnutrition are central drivers of disease development, immune mechanisms are increasingly recognised as key contributors to liver inflammation and fibrosis. However, it remains unclear why immune responses differ so strongly between individuals and how this variability contributes to disease outcome.
Regulatory T cells (Tregs) play a central role in controlling immune activation and inflammation, yet their functional role in MASLD is still poorly defined in humans. In particular, whether Treg suppressive capacity differs between individuals with MASLD and healthy donors, and how this variability relates to disease severity, remains largely unexplored.
The aim of this Ph.D. project is to investigate interindividual heterogeneity in human Treg function in MASLD using a targeted single-cell functional approach. The project will focus on assessing the suppressive capacity and phenotypic properties of Tregs from peripheral blood samples of MASLD patients and healthy donors.
First, the Ph.D. student will establish and apply a single-cell Treg suppression assay based on autologous PBMC co-cultures. Tregs will be isolated by flow cytometry, reintroduced into PBMCs at defined ratios, and immune responses will be assessed after stimulation. Functional readouts will include proliferation and activation of multiple immune cell populations measured at single-cell resolution using spectral flow cytometry. This approach allows the functional impact of Tregs to be quantified in a physiologically relevant immune context.
Second, the student will analyse the resulting high-dimensional cytometry data to quantify Treg suppressive activity across donors and conditions. Data analysis will be performed using established R-based workflows to identify differences in immune responses between MASLD patients and healthy controls. The emphasis will be on data quality control, visualisation, and biologically guided comparisons rather than on the development of new computational methods.
Overall, this project is designed as a focused and feasible three-year Ph.D. project combining experimental human immunology with targeted single-cell data analysis. It will provide the student with solid training in functional immune assays, spectral flow cytometry, and practical data analysis, while addressing an important and clearly defined question in human metabolic liver disease.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Concours pour un contrat doctoral

Université de Lille

446 Biologie Santé de Lille

Le candidat doit posséder de solides connaissances en immunologie expérimentale, en biologie cellulaire ou dans une discipline connexe des sciences de la vie. Une expérience en culture cellulaire et en cytométrie en flux est requise. Un intérêt pour l'analyse de données est requis, car le projet implique l'analyse de données cytométriques unicellulaires. Une expérience préalable avec R ou la programmation est un atout, mais n'est pas obligatoire (une formation sera dispensée). Le projet est principalement expérimental, l'analyse des données servant à soutenir et à interpréter les tests fonctionnels. Le candidat doit être capable de travailler de manière autonome et au sein d'une équipe de recherche interdisciplinaire. De bonnes compétences en communication en anglais, tant à l'écrit qu'à l'oral, sont requises.
The candidate should have a solid background in experimental immunology, cell biology, or a related life-science discipline. Experience with cell culture and flow cytometry is expected. An interest in data analysis is required, as the project involves analysis of single-cell cytometry data. Prior experience with R or programming is an advantage but not mandatory (training will be provided). The project is primarily experimental, with data analysis serving to support and interpret functional assays. The candidate should be able to work both independently and as part of an interdisciplinary research team. Good communication skills in English, both written and oral, are required.