Contrat doctoral en génomique des populations de microcèbes F/H

Contexte

Les niveaux remarquables de spéciation et d’endémisme observés à Madagascar sont souvent liés aux cycles climatiques historiques de réchauffement et de refroidissement. Des études précédentes ont montré que les fluctuations climatiques du Quaternaire ont façonné les forêts tropicales des régions d’altitude, entraînant d’importantes variations de taille des populations. Cependant, l’étendue des variations climatiques et leur impact écologique dans les habitats de basse altitude restent peu explorés.

Ce projet vise à étudier comment les changements climatiques du Quaternaire et les pressions anthropiques récentes ont influencé la composition génétique, la distribution et la dynamique démographique de deux microcèbes endémiques forestiers (Microcebus murinus et M. ravelobensis) dans les forêts de plaine du nord-ouest de Madagascar.

Dans ce contexte, vous sera impliqué dans les activités suivantes :

• Bioinformatique : analyser les données de séquençage (données RADseq de plus de 200 microcèbes), en incluant toutes les étapes nécessaires telles que le filtrage des SNP, le mappage sur un génome de référence et l’identification des variants.
• Fragmentation de l’habitat : étudier l’existence et l’étendue des effets moléculaires de bordure chez les deux espèces sympatriques de microcèbes.
• Biogéographie : évaluer la structure génétique des populations et les schémas de connectivité à travers la zone de sympatrie des espèces.
• Démographie : inférer les réponses des espèces aux changements climatiques du Quaternaire en utilisant des méthodes avancées d’inférence démographique.
• Diffusion scientifique : préparer et publier des articles dans des revues à comité de lecture.
• Travail de laboratoire : vous pourrez également participer aux travaux de laboratoire moléculaire (extraction d’ADN, préparation des plaques pour le séquençage).

Votre future équipe

Au sein de l'ISEM vous serez encadré par une chercheure IRD et en étroite collaboration avec les partenaires de l’équipe.

Vous serez accueilli au sein de l’équipe Phylogénie et Évolution Moléculaire (PEM). Vous bénéficierez également de l’environnement de recherche du projet ANR dirigé par une chaire de professeur, qui prendra en charge les matériaux de recherche et la participation à au moins une conférence internationale. Des opportunités de collaborations internationales ainsi que de participation à des missions de terrain à Madagascar seront également offertes.

Descriptif de l'employeur

L'IRD est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français.

Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en œuvre des Objectifs de développement durable (ODD).

Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement.

Descriptif de la structure

L’Institut des Sciences de l’Évolution de Montpellier - ISEM  étudie les origines et la dynamique de la biodiversité, ainsi que les processus évolutifs qui la façonnent. En combinant des approches de terrain, expérimentales et théoriques, l’Institut s’intéresse à une question centrale : dans quelle mesure la biodiversité peut-elle faire face aux changements globaux en cours ?

Les recherches menées à l’ISEM couvrent un large éventail de disciplines, notamment la paléontologie, la bioarchéologie, les reconstructions paléoclimatiques et paléoenvironnementales, la phylogénétique et la génétique des populations. Elles portent sur tous les types d’organismes (animaux, plantes, champignons et micro-organismes), sur différents niveaux d’organisation biologique (des molécules aux communautés), dans divers environnements (terrestres et aquatiques ; naturels ou influencés par l’homme ; tropicaux et tempérés) et sur des échelles de temps allant du Paléozoïque à aujourd’hui.

L'Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et de celui chargé des Affaires Étrangères.

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Maîtrise des langages de programmation (R, bash) et connaissances de base sur les clusters de calcul haute performance.
• Expérience préalable dans l’analyse de données génomiques (par ex. RADseq, génomes complets).
• Connaissance des concepts et outils de la génomique des populations (structure des populations, diversité génétique, modélisation démographique).
• Maîtrise de l’anglais à l’écrit et à l’oral niveau C1.
• Capacité à rédiger des articles scientifiques et à présenter ses travaux lors de conférences internationales

Les candidats possédant une expertise partielle dans ces domaines mais ayant une forte motivation pour apprendre sont également encouragés à postuler.

Vous faites preuves des qualités humaines suivantes : 

• Motivation et proactivité fortes.
• Excellentes compétences en communication.
• Capacité d’adaptation et sens développé de la résolution de problèmes.
• Organisation et rigueur.
• Capacité à travailler en collaboration.

Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 7  Master  en biologie évolutive ou en génétique/génomique des populations.